; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cmc11g0303041 (gene) of Melon (Charmono) v1.1 genome

Gene IDCmc11g0303041
OrganismCucumis melo var. cantalupensis cv. Charmono (Melon (Charmono) v1.1)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCMiso1.1chr11:24301935..24302585
RNA-Seq ExpressionCmc11g0303041
SyntenyCmc11g0303041
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR000477 - Reverse transcriptase domain
IPR043128 - Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
IPR043502 - DNA/RNA polymerase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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KAA0046185.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-11394.91Show/hide
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KAA0047044.1 pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-11394.91Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SPZ2 Pol protein8.7e-11494.91Show/hide
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A0A5A7SUW2 Reverse transcriptase6.6e-11494.91Show/hide
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A0A5A7TLA3 Pol protein3.9e-11495.37Show/hide
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A0A5A7TV57 Ty3-gypsy retrotransposon protein8.7e-11494.91Show/hide
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A0A5A7TXM6 Reverse transcriptase6.6e-11494.91Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04323 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.66.1e-4840.48Show/hide
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P0CT41 Transposon Tf2-12 polyprotein5.9e-4338.86Show/hide
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        + ++DDILI+SK+E EH +H++ VLQ L++  L    +KCEF   QV F+G+ +S+ G +     I+ V  W +P    E+R FLG   Y R+F+   S 
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        +  PL  L +K
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P10401 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon gypsy2.0e-4339.71Show/hide
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        V++DD++I+S+ E +H  H+  VL+ L D  +     K  F+ + V +LG +VSK G   DP K++A+  +P P  V +VRSFLGLA YYR F+++F+ I
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P20825 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 2971.5e-4940.48Show/hide
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Q8I7P9 Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon opus1.7e-4538.76Show/hide
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        V+IDDI+++S+    H ++LR+VL +L    L     K  F   QV FLG++V+  G+  DP K+ A++  P P++V E++ FLG+  YYR+F+++++ +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
ATMG00860.1 DNA/RNA polymerases superfamily protein9.1e-2350Show/hide
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        HL MVLQ  + ++ YA   KC F   Q+++LG  H++S  GVS DPAK+EA+  WP P   +E+R FLGL GYYRRFV+N+  I  PLT+L +K +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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ATTGTGATGTCTTTTGGTTTGACGAATGCTCCGACAGTGTTTATGGACTTGATGAACAGAATGTTTAGGGAGTTCCTAGATACTTTTCTGATCGTGTTTATTGAT
GATATCTTGATATATTCCAAGACGGAGGTCGAGCATGAGGAACATTTACGTATGGTTCTACAAACCCTTCAGGATAATAAATTGTATGCAAAGTTCTCAAAATGT
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TCCACAGTCAGTGAGGTTCGTAGCTTTCTGGGTTTAGCAGGTTATTATCGACGGTTTGTGGAGAACTTTTCCTGTATAGGTACTCCTCTTACTCAATTGACCAGG
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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