; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh01G002760 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh01G002760
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationCmo_Chr01:1287223..1288020
RNA-Seq ExpressionCmoCh01G002760
SyntenyCmoCh01G002760
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.2e-15199.25Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.2e-13387.64Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)1.8e-13489.58Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic3.4e-13387.45Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic9.9e-13386.52Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic2.0e-13386.57Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.7e-12784.64Show/hide
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.7e-12784.64Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L+      S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.3e-12784.64Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L+      S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B24.4e-12885.39Show/hide
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        + MALSS  F GKAV   A     S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B14.7e-13085.39Show/hide
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGYFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFG+FVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGYFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACCTTCACTGGAAAGGCTGTTCCTTTGAATGCACCAACCGAGCTGTTTTCCTCGGTTCGCAGCAATGGAAGAGTCTCAATGAGGAA
GTCTGGAAAGCCAGCTTCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTTAAGTACCTCGGACCATTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACTTGACAGGAGAATTCC
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GGATGTGTATTCCCAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTATGGTTCAAGGCTGGTTCCCAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTTGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTGTTCATGCACAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCATGTCAAGTAGTGCTTATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGTATTGCAGGAGGACCTCTTGGAGAAA
TTACTGATCCCATCTACCCAGGTGGCAGCTTTGATCCCCTCGGGCTGGCCGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAGCTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAACGGTCGTCTCGCA
ATGTTTTCCATGTTCGGGTACTTTGTGCAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAAAACCTCGCAGATCACCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAMALSSTFTGKAVPLNAPTELFSSVRSNGRVSMRKSGKPASSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGYFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK