; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh01G016230 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh01G016230
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like
Genome locationCmo_Chr01:12363741..12367895
RNA-Seq ExpressionCmoCh01G016230
SyntenyCmoCh01G016230
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6608210.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.0e-11285.99Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]1.2e-9397.35Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]2.7e-98100Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]7.5e-9698.94Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.8e-9799.47Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein1.7e-9394.79Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.2e-9295.24Show/hide
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        GHFARECR R   GGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRS+SRSPPYRGREE+PYANGNG+KDRRRSRS
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like5.8e-9497.35Show/hide
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        GHFARECR R GGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREE+PYANGNGVKDRRRSRS
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.3e-98100Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like3.6e-9698.94Show/hide
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        GHFARECRSR  GGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREEVPYANGNGVKDRRRSRS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.1e-7376.92Show/hide
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        CYECGE GHFARECR+R        GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REEVPYANGNG+
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        K+RRRSRS
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.1e-6071.79Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+  G      GGR R G S+ KCYECGE 
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        GHFARECR R G GG G G      R RSRSPRYRRSPSYGRRSYSP GRSPRRRS+SP R RSYSRSP Y RGR+E P Y NG      RRSRS
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.0e-6069.95Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS         GGR R GGS++KCYECGE 
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        GHFARECR R G GG G G      R RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRS+SP RGRSYSRSP  RGR   PYA+G      RRSRS
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ231.0e-5564.25Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +      G G GR RSGGSD+KCYECGEP
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        GHFARECR R G GG G G              GR RSRSPRYRRSPSYGR   SPR RSP+RRS S      R RSYSRSPP                R
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Query:  EEVPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.5e-7278.43Show/hide
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        ECGE GHFARECRSRGG G       GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+EVPYANGNG+KD R
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Query:  RSRS
        RSRS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 216.2e-5665.66Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +    GGRGGG GR GG  D KCYECGE
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         GHFARECR         G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 216.2e-5665.66Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +    GGRGGG GR GG  D KCYECGE
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         GHFARECR         G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein2.5e-7378.43Show/hide
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        ECGE GHFARECRSRGG G       GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+EVPYANGNG+KD R
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        RSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 227.8e-7576.92Show/hide
Query:  MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHN--SRGGGG-----GGRGGGRGRSGGSDLK
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        CYECGE GHFARECR+R        GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REEVPYANGNG+
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 227.8e-7576.92Show/hide
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Query:  CYECGEPGHFARECRSRGGGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPRGRS---PRRRSLSP---RGRSYSRS-PPYRGREEVPYANGNGV
        CYECGE GHFARECR+R        GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REEVPYANGNG+
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Query:  KDRRRSRS
        K+RRRSRS
Subjt:  KDRRRSRS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTCGACGGACGTGCGGCGGAGGCATCGTAGTCAGTGATCTATGCAGCGTTCGGGTCACAGGCGGTGCTGACGGACGCCGAGATGGAGGCGATGGCGCTTGGATTGG
AGGATTCCGGGTGACCCGCAATCGGGGGGTTTCTGAGCCACTGCGGGTGGAACTCGATAATGGAGAGTTTGGCGGCGGCGGTGCCGATTCTGGCGTGGCCAATGATGGTT
TTTCCTGTACGTTCATCGTCGTCTCCGATCTGTTCGTTACTTGGCAAAAAATGTCTCGGGTGTACGTTGGGAATTTGGACCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTGGAAGAC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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