; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh02G006410 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh02G006410
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionTetratricopeptide-like helical
Genome locationCmo_Chr02:3984910..3986996
RNA-Seq ExpressionCmoCh02G006410
SyntenyCmoCh02G006410
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7035286.1 hypothetical protein SDJN02_02081, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.3e-4596.91Show/hide
Query:  FPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFTV
        FPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRL+LFSLPLPTPSDSTEILRCEFFC+REASAAIFRGVSEP ELLDRGRELQALGDFNQTLLCFTV
Subjt:  FPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFTV

XP_022946993.1 uncharacterized protein LOC111451005 [Cucurbita moschata]5.7e-5799.12Show/hide
Query:  MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA
        MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA
Subjt:  MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA

Query:  LGDFNQTLLCFTVK
        LGDFNQTLLCFTV+
Subjt:  LGDFNQTLLCFTVK

XP_023532647.1 uncharacterized protein LOC111794747 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.8e-5860.85Show/hide
Query:  MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA
        MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRL+LFSLPL TPSDSTEIL CEFFC+REASAAIF GVSEP ELLDRGRELQ 
Subjt:  MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA

Query:  LGDFNQTLLCFTVKSMRQWMQLYAWMFMLHCWLKINSPLPLCLILIMKSPITSTCRSC-NSNKWR-NMLGLMCFHSSKMPLLTGQAGSASSKLSGPSTMC
        LGDFNQTLLCFTV+        + ++  L             L     +      R C    +W  N +   C   S + L      +  +       M 
Subjt:  LGDFNQTLLCFTVKSMRQWMQLYAWMFMLHCWLKINSPLPLCLILIMKSPITSTCRSC-NSNKWR-NMLGLMCFHSSKMPLLTGQAGSASSKLSGPSTMC

Query:  PAPVFLNHMFRLLFGIGDLIHTSSTAVILLQVHSI
           V+ +  FRLLFGIGDLIHTSSTAVILLQVHSI
Subjt:  PAPVFLNHMFRLLFGIGDLIHTSSTAVILLQVHSI

XP_038901435.1 uncharacterized protein LOC120088306 isoform X3 [Benincasa hispida]1.7e-2461.29Show/hide
Query:  MGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLP------LPTPSDSTEILRC---EFF-----CKREASAAIFRGVSEP
        MGSA ARVL PHL FPSSSSH+P  NPN K  KP +F +H  LPTRRL+LFSLP      LP  S+S     C   E F      +REASAAI R VSE 
Subjt:  MGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLP------LPTPSDSTEILRC---EFF-----CKREASAAIFRGVSEP

Query:  GELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT
         ELLD+GRELQALGDFNQ LL FT
Subjt:  GELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT

XP_038901436.1 uncharacterized protein LOC120088306 isoform X4 [Benincasa hispida]1.7e-2461.29Show/hide
Query:  MGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLP------LPTPSDSTEILRC---EFF-----CKREASAAIFRGVSEP
        MGSA ARVL PHL FPSSSSH+P  NPN K  KP +F +H  LPTRRL+LFSLP      LP  S+S     C   E F      +REASAAI R VSE 
Subjt:  MGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLP------LPTPSDSTEILRC---EFF-----CKREASAAIFRGVSEP

Query:  GELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT
         ELLD+GRELQALGDFNQ LL FT
Subjt:  GELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LN32 Uncharacterized protein1.3e-2257.14Show/hide
Query:  MGSANARVLIPH--LPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPT---------PSDSTEILRCEFF-----CKREASAAIFRGVS
        MGS  AR+LIPH  LP  SSSSH+PSTN   K SKPLSF +H  LPTRRL+LFSLP+ T         P   +     E F      +++ASAAI R VS
Subjt:  MGSANARVLIPH--LPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPT---------PSDSTEILRCEFF-----CKREASAAIFRGVS

Query:  EPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT
        E  ELLD+GRELQALGDFNQ LL FT
Subjt:  EPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT

A0A1S3CCZ2 uncharacterized protein LOC1034996275.3e-2456.82Show/hide
Query:  MGSANARVLIPHLPFP--------SSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPT---------PSDSTEILRCEFF-----CKREASAA
        MGS  AR+LIPHL FP        SSSSH+PSTNP+ K SKPLSF +H  LPTRRL+LFSLP+ T         P   +     E F      ++EASAA
Subjt:  MGSANARVLIPHLPFP--------SSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPT---------PSDSTEILRCEFF-----CKREASAA

Query:  IFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT
        I R VSE  ELLD+GRELQALGDFNQ LL FT
Subjt:  IFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT

A0A5D3BSI6 Tetratricopeptide-like helical5.3e-2456.82Show/hide
Query:  MGSANARVLIPHLPFP--------SSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPT---------PSDSTEILRCEFF-----CKREASAA
        MGS  AR+LIPHL FP        SSSSH+PSTNP+ K SKPLSF +H  LPTRRL+LFSLP+ T         P   +     E F      ++EASAA
Subjt:  MGSANARVLIPHLPFP--------SSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPT---------PSDSTEILRCEFF-----CKREASAA

Query:  IFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT
        I R VSE  ELLD+GRELQALGDFNQ LL FT
Subjt:  IFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT

A0A6J1DRA5 uncharacterized protein LOC1110235341.1e-2159.68Show/hide
Query:  MGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLP------LPTPSDSTEILRC---EFF-----CKREASAAIFRGVSEP
        M SA ARVLIPHLPFPSSSS   S+NPNPKPSKPL+     RLP+RRL LFSLP      LP P++      C   E F      +R+ASAA+ R VSE 
Subjt:  MGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLP------LPTPSDSTEILRC---EFF-----CKREASAAIFRGVSEP

Query:  GELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT
         ELLD+GRELQALGDFN+ LL FT
Subjt:  GELLDRGRELQALGDFNQTLLCFT

A0A6J1G5E0 uncharacterized protein LOC1114510052.8e-5799.12Show/hide
Query:  MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA
        MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA
Subjt:  MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQA

Query:  LGDFNQTLLCFTVK
        LGDFNQTLLCFTV+
Subjt:  LGDFNQTLLCFTVK

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAATGGGTTCTGCAAATGCAAGAGTTCTGATTCCCCATCTTCCATTTCCTTCTTCTTCCTCTCATGATCCTTCAACAAATCCTAACCCTAAGCCTTCAAAGCCACT
CTCATTTTCTGACCATTATCGATTACCGACCAGACGTTTGATGCTCTTCTCCCTCCCCTTGCCCACTCCATCCGATTCAACCGAGATCTTGCGATGTGAGTTCTTCTGCA
AGAGAGAAGCGAGTGCTGCCATTTTTCGAGGAGTATCGGAACCTGGGGAGCTTCTTGATAGAGGCAGGGAGTTGCAAGCTCTTGGCGATTTCAATCAAACTCTTCTCTGC
TTCACTGTGAAGAGCATGCGGCAATGGATGCAGCTTTATGCGTGGATGTTCATGCTCCATTGCTGGCTGAAAATCAATTCACCATTACCACTTTGCTTGATTCTCATTAT
GAAAAGTCCCATCACAAGTACCTGTCGGAGCTGCAATTCCAACAAATGGAGAAACATGCTGGGTCTGATGTGCTTTCATTCAAGCAAAATGCCATTGCTGACAGGCCAAG
CAGGAAGTGCTTCCAGCAAACTGAGTGGGCCATCAACCATGTGCCCTGCCCCTGTCTTTCTAAATCACATGTTCAGGCTGTTATTTGGCATTGGAGACTTGATCCACACA
TCATCAACGGCTGTGATTCTGCTTCAGGTTCACTCAATCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTAGCACTTATGGTGTTTGTTCTGTCCGTCCGATTTTGTATCGTCATTTCTATCAACGAAAAAGGTGTCTAAGCATCTTATTTCACGTCAAATATTTAGCCAATTTATCA
TGGGAAATATGAAAATAAGGCTGAAAAAGTACTGATTCCACCAAAACCAATGGAAATGGGTTCTGCAAATGCAAGAGTTCTGATTCCCCATCTTCCATTTCCTTCTTCTT
CCTCTCATGATCCTTCAACAAATCCTAACCCTAAGCCTTCAAAGCCACTCTCATTTTCTGACCATTATCGATTACCGACCAGACGTTTGATGCTCTTCTCCCTCCCCTTG
CCCACTCCATCCGATTCAACCGAGATCTTGCGATGTGAGTTCTTCTGCAAGAGAGAAGCGAGTGCTGCCATTTTTCGAGGAGTATCGGAACCTGGGGAGCTTCTTGATAG
AGGCAGGGAGTTGCAAGCTCTTGGCGATTTCAATCAAACTCTTCTCTGCTTCACTGTGAAGAGCATGCGGCAATGGATGCAGCTTTATGCGTGGATGTTCATGCTCCATT
GCTGGCTGAAAATCAATTCACCATTACCACTTTGCTTGATTCTCATTATGAAAAGTCCCATCACAAGTACCTGTCGGAGCTGCAATTCCAACAAATGGAGAAACATGCTG
GGTCTGATGTGCTTTCATTCAAGCAAAATGCCATTGCTGACAGGCCAAGCAGGAAGTGCTTCCAGCAAACTGAGTGGGCCATCAACCATGTGCCCTGCCCCTGTCTTTCT
AAATCACATGTTCAGGCTGTTATTTGGCATTGGAGACTTGATCCACACATCATCAACGGCTGTGATTCTGCTTCAGGTTCACTCAATCTAATCTGCTTTAATGATTTGAC
GATGTATCCTAATAGATTTTGCAGGCTACATAATGTAAAGCAAAAGAAGAAAACAAACGGACGGCCCCATCAAGGCTGTGAGGGATATAATATCATTATTACACCTTATA
GTTTTCTTTTGTCCTCAACCCATTTGGATCTAAGAAGCTTAAGCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MEMGSANARVLIPHLPFPSSSSHDPSTNPNPKPSKPLSFSDHYRLPTRRLMLFSLPLPTPSDSTEILRCEFFCKREASAAIFRGVSEPGELLDRGRELQALGDFNQTLLC
FTVKSMRQWMQLYAWMFMLHCWLKINSPLPLCLILIMKSPITSTCRSCNSNKWRNMLGLMCFHSSKMPLLTGQAGSASSKLSGPSTMCPAPVFLNHMFRLLFGIGDLIHT
SSTAVILLQVHSI