CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh02G008160
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	Transmembrane protein
Genome location	Cmo_Chr02:4995501..4996430
RNA-Seq Expression	CmoCh02G008160
Synteny	CmoCh02G008160
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6605469.1 hypothetical protein SDJN03_02786, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

1.9e-161

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        RR DHV IT
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XP_023007067.1 uncharacterized protein LOC111499670 isoform X2 [Cucurbita maxima]

2.4e-151

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XP_023532268.1 uncharacterized protein LOC111794467 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

4.8e-160

96.44

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        RRFDHVFIT
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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7V7S7 Uncharacterized protein

2.3e-107

71.25

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        ESS D DL+RL+SSPPPKF+FLREAEEKLYR+LMEE+Q K  KN GS+Q+ E + IS P  A  +EE              H+VS Y        SSSSS
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        QVLPLASSP S    +H++I
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A0A6J1D323 uncharacterized protein LOC111017117

5.0e-123

77.78

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        SFSGLGIGLSLVFGCLLFALVAELYYLLWWKK SF+SEVE DEFT+YAKEFFHLICW R+ +SSSS+Q NNS     NP++R+QEPD+EIGSSKDLLLKS
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        ASSPPSG+RF++V I
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A0A6J1G835 uncharacterized protein LOC111451693

3.0e-168

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A0A6J1KXJ9 uncharacterized protein LOC111499670 isoform X2

1.1e-151

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A0A6J1KZH4 uncharacterized protein LOC111499670 isoform X1

5.3e-157

94.82

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        SSPPPKFRFLREAEEKLYRRLMEESQKKACKNGGSIQNPET  ISNPIAAAEDEEDDE CC KEKELQNHYVSQYSSSSSQI        LPLASSPPSG
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        RR DHV IT
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SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G39560.1 Putative membrane lipoprotein

2.7e-28

39.29

Show/hide

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        M S S +G+ LS+VFGCLL AL+AELYYLLW KKRS     +   D  T   +E   + C   S++ SSS  +++S  NP+    +    + +       
Subjt:  MISFSGLGIGLSLVFGCLLFALVAELYYLLWWKKRSFNSEVE---DEFTSYAKEFFHLICWRRSSSSSSSIQANNSLRNPEIRSQEPDIEIGSSKDLLLK

Query:  SSGGEDGVELELMRLHNLAGP---PRFLFTIKEETKEDLESED-RSRKGSRTRSLSDLILALDT-----PFLTPLPSPP-FNPP-SPL--SSFKHHGFNI
                        N+ GP   PRFLFTI EET E++ESED  S KG   +SL+DL L +++     P+LTP  SP  F PP +PL   S       I
Subjt:  SSGGEDGVELELMRLHNLAGP---PRFLFTIKEETKEDLESED-RSRKGSRTRSLSDLILALDT-----PFLTPLPSPP-FNPP-SPL--SSFKHHGFNI

Query:  NPLFESSTDFDLNRLI------------SSPPPKFRFLREAEEKLYRRLMEE
        + LFESS+D + NRL+            SSP  +F+FLR+AEEKLY++ + E
Subjt:  NPLFESSTDFDLNRLI------------SSPPPKFRFLREAEEKLYRRLMEE

AT5G59350.1 unknown protein

6.0e-44

49.8

Show/hide

Query:  MISFSGLGIGLSLVFGCLLFALVAELYYLL---WWKKRSFNSEVEDE------FTSYAKEFFHLICWRRSSSSSSSIQANNSLRNPEIRSQE---PDIEI
        M + SGLGIGLSL+FG LL ALV E+YYLL     KKR  + E E+E         YAKE   L C+++      S+Q NN  R  E+   E   PD+E+
Subjt:  MISFSGLGIGLSLVFGCLLFALVAELYYLL---WWKKRSFNSEVEDE------FTSYAKEFFHLICWRRSSSSSSSIQANNSLRNPEIRSQE---PDIEI

Query:  GSSKDLLLKSSGGEDGVELELMRLHNLAGPPRFLFTIKEETKEDLESED--RSRKGSRT--RSLSDLILALDTPFLTPLPSPPFNPPSPLSSFKHHGFNI
        G  K L    +GG+ G E ELM+LHN     RFLFTI EETK DLESED  +SR GSR+  RSLSD+    +TP  TPL SP     SPL S+ HHGF  
Subjt:  GSSKDLLLKSSGGEDGVELELMRLHNLAGPPRFLFTIKEETKEDLESED--RSRKGSRT--RSLSDLILALDTPFLTPLPSPPFNPPSPLSSFKHHGFNI

Query:  NPLFESSTDFDLNRLI---SSPPPKFRFLREAEEKLYRRLMEESQKK
        NPLFES  + + N+     SSPPPKF+F+R+AEEKL +RL+EE++++
Subjt:  NPLFESSTDFDLNRLI---SSPPPKFRFLREAEEKLYRRLMEESQKK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGATTTCTTTCAGTGGATTAGGAATCGGATTGAGTTTGGTTTTCGGGTGCCTTCTGTTTGCTCTTGTTGCCGAGCTTTACTATCTGTTATGGTGGAAGAAGAGAAGCTT
TAATTCAGAGGTTGAAGATGAATTCACCAGTTATGCTAAGGAGTTCTTCCATCTTATTTGCTGGAGAAGGAGTTCCTCTTCTTCTTCTTCAATTCAAGCCAACAATTCCC
TAAGAAATCCAGAAATTAGAAGCCAAGAACCCGACATTGAAATCGGTTCTAGCAAGGATTTGTTATTGAAATCATCTGGAGGAGAAGATGGAGTGGAGTTGGAGCTGATG
AGGCTGCATAATCTTGCAGGCCCTCCAAGATTTCTCTTCACCATTAAAGAGGAAACCAAAGAAGATTTAGAATCAGAAGATCGAAGCAGAAAGGGATCAAGAACAAGAAG
CTTAAGTGATCTTATCTTAGCTCTTGATACTCCATTTCTCACTCCTTTGCCTTCTCCTCCATTCAATCCACCCTCTCCCTTGAGTTCTTTCAAACACCATGGATTCAATA
TAAACCCACTCTTTGAATCATCAACAGATTTCGATTTAAACAGGCTCATATCTTCACCTCCCCCAAAATTTAGATTCTTGAGGGAAGCAGAAGAGAAACTGTACAGAAGA
TTGATGGAAGAATCTCAGAAAAAAGCTTGTAAAAATGGTGGGTCGATTCAAAATCCTGAAACTCAACCCATTTCCAACCCCATAGCTGCAGCTGAAGACGAAGAAGATGA
TGAGGTTTGTTGTACAAAAGAGAAAGAGCTTCAAAATCATTATGTCTCACAGTATTCTTCAAGTTCTTCACAGATTCATTCTTCAAGTTCTTCACAGGTTCTTCCTTTAG
CTTCTTCTCCTCCTTCAGGCCGTAGATTTGATCATGTTTTCATTACATAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MISFSGLGIGLSLVFGCLLFALVAELYYLLWWKKRSFNSEVEDEFTSYAKEFFHLICWRRSSSSSSSIQANNSLRNPEIRSQEPDIEIGSSKDLLLKSSGGEDGVELELM
RLHNLAGPPRFLFTIKEETKEDLESEDRSRKGSRTRSLSDLILALDTPFLTPLPSPPFNPPSPLSSFKHHGFNINPLFESSTDFDLNRLISSPPPKFRFLREAEEKLYRR
LMEESQKKACKNGGSIQNPETQPISNPIAAAEDEEDDEVCCTKEKELQNHYVSQYSSSSSQIHSSSSSQVLPLASSPPSGRRFDHVFIT

CmoCh02G008160 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome