CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh04G024160
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	60S ribosomal protein L30-like
Genome location	Cmo_Chr04:17965282..17967312
RNA-Seq Expression	CmoCh04G024160
Synteny	CmoCh04G024160
Gene Ontology terms	GO:0006807 - nitrogen compound metabolic process (biological process) GO:0044238 - primary metabolic process (biological process) GO:0044260 - cellular macromolecule metabolic process (biological process) GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000231 - Ribosomal protein L30e IPR004038 - Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 IPR022991 - Ribosomal protein L30e, conserved site IPR029064 - 50S ribosomal protein L30e-like IPR039109 - Ribosomal protein L30/YlxQ

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6602049.1 60S ribosomal protein L30, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

8.8e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLPSEQ
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

XP_008460497.1 PREDICTED: 60S ribosomal protein L30-like [Cucumis melo]

1.7e-54

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

XP_022141723.1 60S ribosomal protein L30-like [Momordica charantia]

4.9e-54

97.32

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MA AKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

XP_022952815.1 60S ribosomal protein L30-like [Cucurbita moschata]

8.8e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLPSEQ
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

XP_022990953.1 60S ribosomal protein L30-like [Cucurbita maxima]

1.5e-55

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTV+RTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLPSEQ
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5D3DSZ7 60S ribosomal protein L30-like

8.1e-55

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

A0A6J1FH91 60S ribosomal protein L30-like

8.1e-55

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

A0A6J1GMT2 60S ribosomal protein L30-like

4.3e-56

100

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLPSEQ
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

A0A6J1JUT0 60S ribosomal protein L30-like

7.3e-56

99.11

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTV+RTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLPSEQ
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

A0A6J1JWW8 60S ribosomal protein L30-like

8.1e-55

96.43

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O49884 60S ribosomal protein L30

4.3e-53

87.5

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVL+++RSSKGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKY+RV CLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIK+LP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

Q8VZ19 60S ribosomal protein L30-2

3.4e-50

82.14

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKS+P +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

Q9C8F7 Putative 60S ribosomal protein L30-1

1.2e-50

83.93

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYN +NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

Q9LSA3 60S ribosomal protein L30-3

3.7e-49

81.25

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVH YNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIK+LP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

Q9M5M6 60S ribosomal protein L30

1.5e-50

85.59

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKKTHESIN+RLALVMKSGK+TLGYKTVL ++RS+KGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKYFRV CLSIID G
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSE
        DSDIIKS+P +
Subjt:  DSDIIKSLPSE

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G36240.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

8.3e-52

83.93

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M  AKKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYN +NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

AT1G77940.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

2.4e-51

82.14

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++R SKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIKS+P +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

AT3G18740.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

2.7e-50

81.25

Show/hide

Query:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALVMKSGKYTLGYK+VL+++RSSKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVH YNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPSEQ
        DSDIIK+LP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPSEQ

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCCGGCGAAGAAGACTAAGAAGACTCATGAGAGTATTAACAACAGGCTTGCCCTTGTGATGAAGAGCGGCAAGTACACGCTGGGGTACAAAACCGTCCTTCGCAC
TATCCGCAGCTCCAAAGGGAAGCTTATTATTCTATCGAACAACTGCCCGCCCCTGCGTAAATCCGAGATTGAGTACTACGCAATGCTTGCTAAAGTTGGGGTTCACCACT
ACAACGGAAGCAATGTTGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTTCCGTGTATCCTGCCTCAGCATTATTGACCCAGGTGATTCTGATATTATCAAATCGCTTCCCAGT
GAGCAGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TAACAATTGAGTCTTCTCTTTGCAGTCGCGCCACTCCTTGTCGTGGAAAAGCTTCAGAACAGGAATTTTGTACACGAGAAGCGACAATGGCGCCGGCGAAGAAGACTAAG
AAGACTCATGAGAGTATTAACAACAGGCTTGCCCTTGTGATGAAGAGCGGCAAGTACACGCTGGGGTACAAAACCGTCCTTCGCACTATCCGCAGCTCCAAAGGGAAGCT
TATTATTCTATCGAACAACTGCCCGCCCCTGCGTAAATCCGAGATTGAGTACTACGCAATGCTTGCTAAAGTTGGGGTTCACCACTACAACGGAAGCAATGTTGATCTTG
GAACTGCTTGTGGCAAGTATTTCCGTGTATCCTGCCTCAGCATTATTGACCCAGGTGATTCTGATATTATCAAATCGCTTCCCAGTGAGCAGTGATGATACCCATCATTC
AGAACGATGTATTCAATGTGGTACCACCTTTTCTCTTCAGTAAACGGTAGAATTGCATCTTTTTCAATGTCCTTAGAATAGCCCTTCTTAATTTCTGCACTTTAATCTTT
TACATTGATGGCCAGATTTTGTCATTGACTTCGAGGTTTTGTTTAATTGACATGGTTGAGTAGAATGTTCAATTAGTTTTTATCTATTTATTCCCAGACAATTATTTACT
CCAAATCTCCTTGCCTTTTGCATTAACAATGAAACACCCTATTTATTTACAGGATTACCTAGTTGAAAACATGAATATTTTTTTGGTTTTCATTTTTGTTTTGCAAACTT
TATTCAACTATTCC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAPAKKTKKTHESINNRLALVMKSGKYTLGYKTVLRTIRSSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPS
EQ

CmoCh04G024160 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome