; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh04G030660 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh04G030660
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionthylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X1
Genome locationCmo_Chr04:21425166..21427681
RNA-Seq ExpressionCmoCh04G030660
SyntenyCmoCh04G030660
Gene Ontology termsGO:0009534 - chloroplast thylakoid (cellular component)
InterPro domainsIPR001646 - Pentapeptide repeat
IPR044213 - Thylakoid lumenal 15kDa protein 1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6602651.1 Thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.5e-11298.17Show/hide
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XP_022991096.1 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X1 [Cucurbita maxima]2.2e-11197.71Show/hide
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XP_023552471.1 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-11298.62Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1BVJ8 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X12.9e-10189.45Show/hide
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A0A6J1GU31 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X12.3e-114100Show/hide
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A0A6J1GWM1 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X28.8e-11499.54Show/hide
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A0A6J1JKT4 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X21.1e-11197.71Show/hide
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A0A6J1JPS6 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X11.1e-11197.71Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B1WVN5 Pentapeptide repeat protein Rfr322.6e-1443.65Show/hide
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        + + LC  ADGVNP TG +TRE+L C
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O22160 Thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic3.3e-7871.88Show/hide
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P73709 Uncharacterized protein slr18193.4e-0640.21Show/hide
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Q8H1Q1 Thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic1.6e-0831.71Show/hide
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        +ANL+NA L  ++ T  +   G+ I GADF+D  +   Q++ LCK A G NP TG  TR++L C
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Q9SE95 FH protein interacting protein FIP25.3e-0737.84Show/hide
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          V LRE   E
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G12250.1 Pentapeptide repeat-containing protein1.2e-0931.71Show/hide
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AT1G12250.2 Pentapeptide repeat-containing protein1.2e-0931.71Show/hide
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        +ANL+NA L  ++ T  +   G+ I GADF+D  +   Q++ LCK A G NP TG  TR++L C
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AT2G44920.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein3.0e-5868.45Show/hide
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AT2G44920.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein2.4e-7971.88Show/hide
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AT5G55000.2 potassium channel tetramerisation domain-containing protein / pentapeptide repeat-containing protein3.7e-0837.84Show/hide
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        R  D  G  F    L + +F ++ LR A   G  L  A+  DA L G     ADLR A    A++T ANL  ANLEGA   G    N +F+G+ +  A  
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          V LRE   E
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTCTGCTCAACGCCTCATTATGTTCTTCCACTTGCAGAATTCCTTCCAGACCTCACCTTCCTCTTCCTCCCTCCGTTTCCGCCTTTTCCAATCCTCAGACGATGAA
GCACCAAGTGGAAGCTACTCGGAATTTTGTTCTTTCCGTTGGAGAATCCGCCTCTAAAGCCAGCTTCCTCGCTTTGATTTCCGCCTCCTTGTTCCTCGCTGATCCTGCGC
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CAGACGTGCCTTTGCGAGAGGATCAGCGGGAGTACCTTTGCAAAGTTGCAGATGGGGTGAATCCAACGACTGGAAATGCAACCCGGGAGACCTTGCTCTGCAATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ACATAAGAAAGATCCGAGCACGGCCACATTATCCAATTCAAAAAGGAAAGCAAAGAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAATCTGGGAAGAACTGCAGCTTTGGAAATGGCTCTG
CTCAACGCCTCATTATGTTCTTCCACTTGCAGAATTCCTTCCAGACCTCACCTTCCTCTTCCTCCCTCCGTTTCCGCCTTTTCCAATCCTCAGACGATGAAGCACCAAGT
GGAAGCTACTCGGAATTTTGTTCTTTCCGTTGGAGAATCCGCCTCTAAAGCCAGCTTCCTCGCTTTGATTTCCGCCTCCTTGTTCCTCGCTGATCCTGCGCTAGCTTTTA
AGGGCGGAGGTCCCTACGGTGCTGGGGTCACTAGAGGTCAGGATCTCACTGGGAAAGATTTCAGTGGGAAGACCTTGATCAAGCAAGATTTCAAAACGTCTATATTACGG
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CAATGTTACCAAGGCAAATTTAAGCAATGCCAACTTAGAGGGAGCGCTTGCTACAGGAAACACTTCTTTTCGTGGATCAATAATAAATGGAGCTGACTTCACAGACGTGC
CTTTGCGAGAGGATCAGCGGGAGTACCTTTGCAAAGTTGCAGATGGGGTGAATCCAACGACTGGAAATGCAACCCGGGAGACCTTGCTCTGCAATTGAGAGTCGAATAAT
ATGGCGAGCTACTAAGGTACAAAGAATCATAAAGATTTACTTTAAAATGTAAGGAATTTAATAACTATGCGAGTATCTAATCCAATGAGTAAAGTTTTGTCATTCTTCTG
TTAATATCTCCTCATACCCTGTTTTCGCGGCTTGTCCATATCATAAAGCTTATGAAAAGTAACACATTCGAAGAATCAGAACACATTGGATGTCATTACTATTGAATTCA
ACATCCAGTTGCTTTAGAACCATATCTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MALLNASLCSSTCRIPSRPHLPLPPSVSAFSNPQTMKHQVEATRNFVLSVGESASKASFLALISASLFLADPALAFKGGGPYGAGVTRGQDLTGKDFSGKTLIKQDFKTS
ILRQANFKGAKLLGASFFDADLTGADLSDADLRGADFSLANVTKANLSNANLEGALATGNTSFRGSIINGADFTDVPLREDQREYLCKVADGVNPTTGNATRETLLCN