; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh05G000370 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh05G000370
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionhomeobox protein knotted-1-like 6
Genome locationCmo_Chr05:133814..144689
RNA-Seq ExpressionCmoCh05G000370
SyntenyCmoCh05G000370
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001356 - Homeobox domain
IPR005539 - ELK domain
IPR005540 - KNOX1
IPR005541 - KNOX2
IPR008422 - Homeobox KN domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017970 - Homeobox, conserved site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6598232.1 Homeobox protein knotted-1-like 6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.3e-16897.39Show/hide
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KAG7029210.1 Homeobox protein knotted-1-like 6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.8e-17997.81Show/hide
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XP_022961750.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita moschata]1.3e-184100Show/hide
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XP_022997562.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita maxima]6.4e-17695.92Show/hide
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XP_023546842.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.9e-17696.24Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
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        DDELN GERE+QD QMRLEDKGLKDMLLSRFG HIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWW+VHYKWPYPTEADK+ALAETTGLDPKQINNWFINQRK
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        RHWKPSESMQF ++D+  EQ  ARLDS
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A0A6J1B2J8 homeobox protein knotted-1-like 64.1e-11265.4Show/hide
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A0A6J1BPB0 homeobox protein knotted-1-like 67.5e-13077.57Show/hide
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A0A6J1K5E4 homeobox protein knotted-1-like 63.1e-17695.92Show/hide
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A2Y007 Homeobox protein knotted-1-like 101.7e-7054.69Show/hide
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        TE DK+ LA  TGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSE M+FA M+ V
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P46640 Homeobox protein knotted-1-like 25.4e-9358.15Show/hide
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        G RST  +S  +     T ++P DY + + ST     D    FGSDEL +    ++ + P    A+D    SVIK+KI SHP YPRLL  YIDC KVGAP
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           D+Q R  D+ LKD LL +FGSHI +LKLEFSKKKKKGKLP+E R+ LL+WWNVH KWPYPTE DK++LAE TGLD KQINNWFINQRKRHWKPSE+M
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         F  MDD  E  +
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Q7GDL5 Homeobox protein knotted-1-like 101.7e-7054.69Show/hide
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        TE DK+ LA  TGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSE M+FA M+ V
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Q84JS6 Homeobox protein knotted-1-like 61.7e-9961.44Show/hide
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        +  Y   S   +S  S L  SP + + P DY A L S+     +R+   FGSDELLS A         SI P+     D  S  VIKAKI  HP+YPRLL
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         AYIDC KVGAPPEIACLLEEI+RE+D +KQ  + S+CFG DPELDEFMETYCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FL+ IE+QL NLC G  S R  S +  +
Subjt:  HAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAM-STCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAGA-STRSSSNEDAM

Query:  SSDDELNWGEREV-QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFIN
        SSD+EL+ G+ EV +D + R ED+ LKD LL +FGS I TLKLEFSKKKKKGKLP+E R+ LL+WWN+HYKWPYPTE DK+ALA+ TGLD KQINNWFIN
Subjt:  SSDDELNWGEREV-QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFIN

Query:  QRKRHWKPSESMQFASMDD
        QRKRHWKPSE+M FA MDD
Subjt:  QRKRHWKPSESMQFASMDD

Q9FP29 Homeobox protein knotted-1-like 14.3e-7456.45Show/hide
Query:  AQDVPSVIKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAMSTCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIEL
        + D+  ++KA+I  HP YP LL AYI+C KVGAPPE+A LL+EI RE  +      +   G DPELDEFME YC +LV+YK +LSRPF EA+SFLS+I+ 
Subjt:  AQDVPSVIKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAMSTCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIEL

Query:  QLSNLCAG-----ASTRSSSNEDAMSSDDELNWGEREV----QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKW
        QLSNLC+G     A+T + S+E   SSD++   GE ++    Q+   RL D  LK+MLL ++   +  L+ EF KK+KKGKLPK+ R  LLEWWN HY+W
Subjt:  QLSNLCAG-----ASTRSSSNEDAMSSDDELNWGEREV----QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKW

Query:  PYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMDDV
        PYPTE DK+ LA  TGLDPKQINNWFINQRKRHWKPS+ M+FA M+ V
Subjt:  PYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMDDV

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23380.1 KNOTTED1-like homeobox gene 61.2e-10061.44Show/hide
Query:  ENTYGMRSTPQFSPNSFL--SPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRI-PAFGSDELLSDA-----EPTTSITPDFPLAQDVPS--VIKAKILSHPTYPRLL
        +  Y   S   +S  S L  SP + + P DY A L S+     +R+   FGSDELLS A         SI P+     D  S  VIKAKI  HP+YPRLL
Subjt:  ENTYGMRSTPQFSPNSFL--SPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRI-PAFGSDELLSDA-----EPTTSITPDFPLAQDVPS--VIKAKILSHPTYPRLL

Query:  HAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAM-STCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAGA-STRSSSNEDAM
         AYIDC KVGAPPEIACLLEEI+RE+D +KQ  + S+CFG DPELDEFMETYCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FL+ IE+QL NLC G  S R  S +  +
Subjt:  HAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAM-STCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAGA-STRSSSNEDAM

Query:  SSDDELNWGEREV-QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFIN
        SSD+EL+ G+ EV +D + R ED+ LKD LL +FGS I TLKLEFSKKKKKGKLP+E R+ LL+WWN+HYKWPYPTE DK+ALA+ TGLD KQINNWFIN
Subjt:  SSDDELNWGEREV-QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFIN

Query:  QRKRHWKPSESMQFASMDD
        QRKRHWKPSE+M FA MDD
Subjt:  QRKRHWKPSESMQFASMDD

AT1G23380.2 KNOTTED1-like homeobox gene 64.0e-9961.06Show/hide
Query:  ENTYGMRSTPQFSPNSFL--SPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRI-PAFGSDELLSDA-----EPTTSITPDFPLAQDVPS--VIKAKILSHPTYPRLL
        +  Y   S   +S  S L  SP + + P DY A L S+     +R+   FGSDELLS A         SI P+     D  S  VIKAKI  HP+YPRLL
Subjt:  ENTYGMRSTPQFSPNSFL--SPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRI-PAFGSDELLSDA-----EPTTSITPDFPLAQDVPS--VIKAKILSHPTYPRLL

Query:  HAYIDCHK--VGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAM-STCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAGA-STRSSSNED
         AYIDC K  VGAPPEIACLLEEI+RE+D +KQ  + S+CFG DPELDEFMETYCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FL+ IE+QL NLC G  S R  S + 
Subjt:  HAYIDCHK--VGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAM-STCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAGA-STRSSSNED

Query:  AMSSDDELNWGEREV-QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWF
         +SSD+EL+ G+ EV +D + R ED+ LKD LL +FGS I TLKLEFSKKKKKGKLP+E R+ LL+WWN+HYKWPYPTE DK+ALA+ TGLD KQINNWF
Subjt:  AMSSDDELNWGEREV-QDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWF

Query:  INQRKRHWKPSESMQFASMDD
        INQRKRHWKPSE+M FA MDD
Subjt:  INQRKRHWKPSESMQFASMDD

AT1G62360.1 KNOX/ELK homeobox transcription factor2.9e-6552.94Show/hide
Query:  IKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAMST-CFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNL-
        +KAKI++HP Y RLL AY++C KVGAPPE+   LEE      +   +   T C G DP LD+FME YC+MLVKY+ +LS+PF+EA  FL  +E Q  +L 
Subjt:  IKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAMST-CFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNL-

Query:  CAGASTRSSSNEDAM------SSDDELNWGEREVQDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADK
         +  S+ S   E A+      SS++E++     V     + ED+ LK  LL ++  ++G+LK EF KK+KKGKLPKE R+ LL+WW+ HYKWPYP+E  K
Subjt:  CAGASTRSSSNEDAM------SSDDELNWGEREVQDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADK

Query:  MALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMD
        +ALAE+TGLD KQINNWFINQRKRHWKPSE MQF  MD
Subjt:  MALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMD

AT1G70510.1 KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana 23.8e-9458.15Show/hide
Query:  GMRSTPQFSPNSFLSPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRIPAFGSDELLSDAEPTTSITPDFPLAQD--VPSVIKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAP
        G RST  +S  +     T ++P DY + + ST     D    FGSDEL +    ++ + P    A+D    SVIK+KI SHP YPRLL  YIDC KVGAP
Subjt:  GMRSTPQFSPNSFLSPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRIPAFGSDELLSDAEPTTSITPDFPLAQD--VPSVIKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAP

Query:  PEIACLLEEIRRENDSHKQN-AMSTCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAG-ASTRSSSNEDAMSSDDELNWGER-
         EIAC+LEEI+REN  +K++ A  +CFG DPELDEFMETYCD+LVKYK+DL+RPF EA++F++ IE+QL NLC G AS  + S++ A+SSD+EL   +  
Subjt:  PEIACLLEEIRRENDSHKQN-AMSTCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAG-ASTRSSSNEDAMSSDDELNWGER-

Query:  EVQDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESM
           D+Q R  D+ LKD LL +FGSHI +LKLEFSKKKKKGKLP+E R+ LL+WWNVH KWPYPTE DK++LAE TGLD KQINNWFINQRKRHWKPSE+M
Subjt:  EVQDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESM

Query:  QFASMDDVGEQLY
         F  MDD  E  +
Subjt:  QFASMDDVGEQLY

AT4G08150.1 KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana4.7e-6851Show/hide
Query:  IKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAMSTCFGG--DPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNL
        +KAKI++HP Y  LL AY+DC K+GAPP++   +   R++ ++ +Q +  +      DPELD+FME YCDMLVKY+ +L+RP +EA  F+  IE QLS L
Subjt:  IKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAMSTCFGG--DPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNL

Query:  CAG---ASTRSSSNEDAMSSDDE----LNWGEREVQDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEAD
        C              D M S DE     + GE E+ +   R ED+ LK+ LL ++  ++ +LK E SKKKKKGKLPKE R+ LL WW +HYKWPYP+E++
Subjt:  CAG---ASTRSSSNEDAMSSDDE----LNWGEREVQDAQMRLEDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEAD

Query:  KMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMDDVGEQLYARL
        K+ALAE+TGLD KQINNWFINQRKRHWKPSE MQF  MD +    +A L
Subjt:  KMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMDDVGEQLYARL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGGGAGAACACGTACGGCATGCGCTCCACTCCCCAATTCTCGCCCAACTCCTTCCTTTCACCCCACACTCCTATCCTTCCCCTCGATTACCCGGCCTTCCTT
CCCTCCACCAACTACTTTCCCCGCGATCGGATTCCTGCGTTCGGATCCGATGAACTGCTTTCCGATGCTGAACCAACAACTTCCATCACTCCAGATTTTCCTCTC
GCTCAAGATGTTCCCAGCGTCATCAAGGCCAAAATTCTCTCTCATCCTACCTATCCTCGTTTGCTTCACGCTTATATTGACTGCCACAAGGTTGGAGCTCCGCCG
GAGATAGCTTGTTTGTTGGAGGAAATCCGGCGAGAAAATGACAGTCATAAACAAAACGCCATGTCCACGTGCTTCGGAGGCGATCCCGAGCTCGATGAGTTCATG
GAAACATACTGTGACATGCTGGTGAAGTATAAATCAGATCTGTCAAGGCCCTTTCGTGAAGCTTCCTCCTTCTTGAGTAACATCGAACTGCAACTTAGCAACCTC
TGTGCTGGTGCCTCCACCAGAAGCTCCTCCAACGAGGATGCCATGTCATCAGATGATGAGCTTAACTGGGGAGAGAGGGAAGTACAAGATGCTCAAATGAGGTTA
GAAGACAAAGGTCTTAAAGATATGCTCTTGAGTAGATTTGGCAGCCACATTGGAACCTTGAAGCTGGAATTTTCAAAGAAGAAGAAGAAAGGAAAACTACCTAAA
GAAGGAAGGAAAGTACTGCTCGAGTGGTGGAATGTGCACTATAAATGGCCATATCCTACGGAAGCTGATAAGATGGCGCTGGCAGAGACAACAGGACTAGATCCG
AAGCAAATTAACAATTGGTTCATAAATCAACGAAAGCGGCACTGGAAACCTTCTGAAAGTATGCAATTTGCAAGTATGGATGATGTGGGTGAACAATTATACGCT
AGGCTGGACTCTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TCCTGTCCTCTTTCTTCCTTTCCTTTCCTGTCCTCTTTCTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTATCCTGTCCTCTTTCTTCTATCCTATCCTAGCACCTATAGTTGAAA
TGGGGGAGAACACGTACGGCATGCGCTCCACTCCCCAATTCTCGCCCAACTCCTTCCTTTCACCCCACACTCCTATCCTTCCCCTCGATTACCCGGCCTTCCTTC
CCTCCACCAACTACTTTCCCCGCGATCGGATTCCTGCGTTCGGATCCGATGAACTGCTTTCCGATGCTGAACCAACAACTTCCATCACTCCAGATTTTCCTCTCG
CTCAAGATGTTCCCAGCGTCATCAAGGCCAAAATTCTCTCTCATCCTACCTATCCTCGTTTGCTTCACGCTTATATTGACTGCCACAAGGTTGGAGCTCCGCCGG
AGATAGCTTGTTTGTTGGAGGAAATCCGGCGAGAAAATGACAGTCATAAACAAAACGCCATGTCCACGTGCTTCGGAGGCGATCCCGAGCTCGATGAGTTCATGG
AAACATACTGTGACATGCTGGTGAAGTATAAATCAGATCTGTCAAGGCCCTTTCGTGAAGCTTCCTCCTTCTTGAGTAACATCGAACTGCAACTTAGCAACCTCT
GTGCTGGTGCCTCCACCAGAAGCTCCTCCAACGAGGATGCCATGTCATCAGATGATGAGCTTAACTGGGGAGAGAGGGAAGTACAAGATGCTCAAATGAGGTTAG
AAGACAAAGGTCTTAAAGATATGCTCTTGAGTAGATTTGGCAGCCACATTGGAACCTTGAAGCTGGAATTTTCAAAGAAGAAGAAGAAAGGAAAACTACCTAAAG
AAGGAAGGAAAGTACTGCTCGAGTGGTGGAATGTGCACTATAAATGGCCATATCCTACGGAAGCTGATAAGATGGCGCTGGCAGAGACAACAGGACTAGATCCGA
AGCAAATTAACAATTGGTTCATAAATCAACGAAAGCGGCACTGGAAACCTTCTGAAAGTATGCAATTTGCAAGTATGGATGATGTGGGTGAACAATTATACGCTA
GGCTGGACTCTTGAGACTGAGGTTATACATCATCCAAATGGGTATACATTACATGCTTTAAAATCACTCACTTTTGCTAAGCCCCAATAGTTTAGCATATATATA
TATATGTCCAAGAACAAACAATTGTGTTGAGTACATGGCTGGGAAACTATCAAAATGGCTTCCGTACTTTTGCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGENTYGMRSTPQFSPNSFLSPHTPILPLDYPAFLPSTNYFPRDRIPAFGSDELLSDAEPTTSITPDFPLAQDVPSVIKAKILSHPTYPRLLHAYIDCHKVGAPP
EIACLLEEIRRENDSHKQNAMSTCFGGDPELDEFMETYCDMLVKYKSDLSRPFREASSFLSNIELQLSNLCAGASTRSSSNEDAMSSDDELNWGEREVQDAQMRL
EDKGLKDMLLSRFGSHIGTLKLEFSKKKKKGKLPKEGRKVLLEWWNVHYKWPYPTEADKMALAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQFASMDDVGEQLYA
RLDS