; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh05G005200 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh05G005200
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SC35-like
Genome locationCmo_Chr05:2511879..2516519
RNA-Seq ExpressionCmoCh05G005200
SyntenyCmoCh05G005200
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6598682.1 Serine/arginine-rich splicing factor SC35, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.6e-12799.6Show/hide
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XP_022997246.1 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X1 [Cucurbita maxima]4.3e-12799.2Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BCG4 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like1.9e-12094.82Show/hide
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A0A6J1HDE4 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X11.4e-128100Show/hide
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A0A6J1HFJ8 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X25.5e-128100Show/hide
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A0A6J1K4H2 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X28.0e-12799.2Show/hide
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A0A6J1K6Z8 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X12.1e-12799.2Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P30352 Serine/arginine-rich splicing factor 24.0e-2744.39Show/hide
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Q01130 Serine/arginine-rich splicing factor 26.9e-2744.39Show/hide
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Q3MHR5 Serine/arginine-rich splicing factor 26.9e-2744.39Show/hide
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Q62093 Serine/arginine-rich splicing factor 26.9e-2744.39Show/hide
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Q9FMG4 Serine/arginine-rich splicing factor SC356.8e-6763.14Show/hide
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        I KG+V+E    S ++R RS                    RSRSPR R RDDYR++DYR+RSRSRS   RERH ++DR HR      R+RSRSASPD  K
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         R+RGR D E RS S S  S SPAR SP   RS SP++T P+R     E SP        DK  + RSPSP +S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 332.6e-1337.69Show/hide
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Query:  ------------SRSRSPRPRH-RDDYRDRDY-----RR---RSRSRSRERHDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIKDRLRGRDDVERRSASHSD-RSM
                    SRSRSP PR  R   R  DY     RR   RS S   ER+D  R +        SR RS +P  ++ + R      RRS S S  RS 
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Query:  SPARHSPDTRRSISPRRT---PPSRGRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKSDADE
        SP   SP   RS+SPRR+    P R R     SPRR   S   +P  SRS SP     DE
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AT1G55310.2 SC35-like splicing factor 334.2e-1133.91Show/hide
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Query:  SRSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSRSRERHDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIKDRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSR
         R           +RDR                    R    RY SRSRS  P R + R R  D        H  RS+SP     D RRS S  R+P S 
Subjt:  SRSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSRSRERHDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIKDRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSR

Query:  GRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKSDA
        G      +P R           SRS SP + +A
Subjt:  GRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKSDA

AT3G13570.1 SC35-like splicing factor 30A1.1e-1135.25Show/hide
Query:  FGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRK
        FG S   D+    SLLV N+      +DL   F+++G V D+++PRD  TGD RGF F+++    +A +A  ++DG +L GRE+ V FA+   N +K  +
Subjt:  FGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRK

Query:  GKVMESSSKA-RGRSRSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSR-----------SRERHDRDRPHRSERERYR------SRSRSASPDRIKDRLRGRDDVERR
         +  +   ++ R + R RSP    R     R  R RSRSR           SR    +DR +  ER   R      SR RS SP R+K   R      RR
Subjt:  GKVMESSSKA-RGRSRSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSR-----------SRERHDRDRPHRSERERYR------SRSRSASPDRIKDRLRGRDDVERR

Query:  SAS-HSDRSMSPAR---HSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSP
        S S   +RS +P +    SP  R+S SP  TP  RG  + + SP
Subjt:  SAS-HSDRSMSPAR---HSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSP

AT5G64200.1 ortholog of human splicing factor SC354.8e-6863.14Show/hide
Query:  MSHFGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEK
        MSHFGRSGPPDI DTYSLLVLNITFRTTADDLYPLF KYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKY DEA KA+++LDGR++DGREI VQFAKYGPNAEK
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Query:  IRKGKVME---SSSKARGRS--------------------RSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSRS---RERH-DRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIK
        I KG+V+E    S ++R RS                    RSRSPR R RDDYR++DYR+RSRSRS   RERH ++DR HR      R+RSRSASPD  K
Subjt:  IRKGKVME---SSSKARGRS--------------------RSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSRS---RERH-DRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIK

Query:  DRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS
         R+RGR D E RS S S  S SPAR SP   RS SP++T P+R     E SP        DK  + RSPSP +S
Subjt:  DRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS

AT5G64200.2 ortholog of human splicing factor SC354.8e-6863.14Show/hide
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Query:  IRKGKVME---SSSKARGRS--------------------RSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSRS---RERH-DRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIK
        I KG+V+E    S ++R RS                    RSRSPR R RDDYR++DYR+RSRSRS   RERH ++DR HR      R+RSRSASPD  K
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Query:  DRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS
         R+RGR D E RS S S  S SPAR SP   RS SP++T P+R     E SP        DK  + RSPSP +S
Subjt:  DRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCGCACTTCGGAAGATCCGGTCCTCCCGACATCAGAGATACCTACTCGCTTCTCGTCCTCAACATCACTTTCCGAACCACCGCCGATGATCTTTACCCCCTTTTCGA
TAAGTATGGAAAGGTCGTCGATGTCTTCATCCCCAGAGACCGCAGGACTGGGGATTCCCGAGGATTTGCGTTTGTTCGATATAAGTATGCGGATGAAGCACAGAAGGCAA
TTGACAAGCTTGACGGACGAATGTTGGATGGCAGAGAAATTATGGTTCAATTCGCTAAGTACGGTCCCAATGCCGAGAAAATTCGCAAGGGGAAGGTGATGGAGTCATCA
TCCAAGGCAAGGGGCAGGTCAAGGAGTCGCAGTCCACGTCCAAGGCACCGCGATGACTATAGGGATAGAGATTATAGGAGAAGAAGTCGCAGTAGAAGCCGTGAGAGACA
TGATCGTGATAGACCCCACAGAAGTGAGAGAGAACGCTATCGTAGCAGGAGTCGTAGTGCTAGTCCTGATCGTATTAAAGATCGTCTGCGGGGAAGAGATGATGTTGAAC
GGCGTAGTGCTAGCCACTCTGATAGAAGCATGTCGCCTGCCCGACATTCCCCTGATACTCGGAGAAGCATATCTCCACGTAGGACGCCACCATCTAGGGGTAGAAGCGAT
GACGAACATTCACCAAGGCGAGACAATGGCTCACCGGATGACAAACCAGTTGATTCTCGAAGTCCATCTCCTGCTAAATCCGATGCCGATGAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTTCTCCAGGTGCAACATTTTAACTGAGCTCGGGAGTAATGCAATTCTTCAAGTGCAGCATTTTAACCGAGCTCGGGGGTAATTCAGTTATCCAAGTGCAGTATTTTAAC
CGAGATTTCAAGACTCGATAGCGTAGAGAATGAGCGAGGAGCCATCATTTTTAACCATTGTTTTTTAAAACAAGGGTCGTTTATCTATTATAGATAAAATTAGGGACCTT
CCATGAAATATACACAAAATTGTTAGAATCTCTTGTTCCATCAGAGACCTAGTTGAGCTTGAGCCCTGAATCCGCCGCTGCTGCTCGCCACTCTCTCCATAGCTGAATCC
ATTAGTTGCAGAGAGAAATGTCGCACTTCGGAAGATCCGGTCCTCCCGACATCAGAGATACCTACTCGCTTCTCGTCCTCAACATCACTTTCCGAACCACCGCCGATGAT
CTTTACCCCCTTTTCGATAAGTATGGAAAGGTCGTCGATGTCTTCATCCCCAGAGACCGCAGGACTGGGGATTCCCGAGGATTTGCGTTTGTTCGATATAAGTATGCGGA
TGAAGCACAGAAGGCAATTGACAAGCTTGACGGACGAATGTTGGATGGCAGAGAAATTATGGTTCAATTCGCTAAGTACGGTCCCAATGCCGAGAAAATTCGCAAGGGGA
AGGTGATGGAGTCATCATCCAAGGCAAGGGGCAGGTCAAGGAGTCGCAGTCCACGTCCAAGGCACCGCGATGACTATAGGGATAGAGATTATAGGAGAAGAAGTCGCAGT
AGAAGCCGTGAGAGACATGATCGTGATAGACCCCACAGAAGTGAGAGAGAACGCTATCGTAGCAGGAGTCGTAGTGCTAGTCCTGATCGTATTAAAGATCGTCTGCGGGG
AAGAGATGATGTTGAACGGCGTAGTGCTAGCCACTCTGATAGAAGCATGTCGCCTGCCCGACATTCCCCTGATACTCGGAGAAGCATATCTCCACGTAGGACGCCACCAT
CTAGGGGTAGAAGCGATGACGAACATTCACCAAGGCGAGACAATGGCTCACCGGATGACAAACCAGTTGATTCTCGAAGTCCATCTCCTGCTAAATCCGATGCCGATGAA
TGAATGATCTATACATGCCATAGCGTTGGGTTTTAGAAATTATCTATGCATTTTATGATGGAAAACAAGCATGGCATCCCAGAGGGGATATTTTGCACGATTGTATCTGC
CTTTATACTTCAAGGATTGGTTGGATGTCAAGATAGAGACATGTAGGATCCTGTTCCTAATTAGCTTATGAGTTCTTTTTTCTTTTTAGATTTCAATGTAGTATCTGTAC
TATTTAACATGCGAAGTAAGAGTCTTCCCAGTGTTTGGTTTTTACCTCCTTAGATGTATAATGATTATGAATTGATTCTTCTGCATTGTATCTGTCTTTTTGGATCACTG
TTCATCACATATTTTGTAGCTATTTATTTTTTACCAGCATAGGTTTGATTGATTGATTATGGATGAAGTTTGTCGTTGAGATTCATGAGCCGATTGATATTTTGGATCCG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSHFGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRKGKVMESS
SKARGRSRSRSPRPRHRDDYRDRDYRRRSRSRSRERHDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRIKDRLRGRDDVERRSASHSDRSMSPARHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSD
DEHSPRRDNGSPDDKPVDSRSPSPAKSDADE