; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh05G013250 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh05G013250
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationCmo_Chr05:10257732..10259568
RNA-Seq ExpressionCmoCh05G013250
SyntenyCmoCh05G013250
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.7e-20399.42Show/hide
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KAG7030401.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.7e-20399.42Show/hide
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 311.5e-1132.35Show/hide
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 561.8e-4635.08Show/hide
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Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 123.1e-4634.9Show/hide
Query:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEVQQPPFKRARNFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR
        PPP + +   GD S  W+    Y R    +P  +  +   PP K+ R               PS+S     +A  N  K I  +FFKT++C KF+ G C 
Subjt:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEVQQPPFKRARNFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR

Query:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD
           +CNFAH VE++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D+
Subjt:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD

Query:  SGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------
        + R RES AIS+G  G     G  S         SSS    L   G S         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL         
Subjt:  SGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------

Query:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSLATSV----PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
          G++G     +   T  N K L          V   A +S  T V     SSA+ +    ++  KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSLATSV----PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 391.5e-8048.41Show/hide
Query:  NDLFDPQSQFEVQ---QPPFKRARNFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L + QSQ +     QP  KR R  ++N  +P   +P P S++    P+    P+NKG  NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDPQSQFEVQ---QPPFKRARNFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGS

Query:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEA----PSSLATSV
         S+  E  +  S  VP  +   G  +  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  S+GR EGE  N   ++N + +V A EA    P +  T+ 
Subjt:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEA----PSSLATSV

Query:  PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE
         S    EG+ K+ LLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein2.2e-4734.9Show/hide
Query:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEVQQPPFKRARNFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR
        PPP + +   GD S  W+    Y R    +P  +  +   PP K+ R               PS+S     +A  N  K I  +FFKT++C KF+ G C 
Subjt:  PPPLHSYGANGDASGCWS---QYPRNDLFDP-QSQFEVQQPPFKRARNFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMN--KGINNIFFKTRMCAKFKLGLCR

Query:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD
           +CNFAH VE++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D+
Subjt:  NGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDD

Query:  SGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------
        + R RES AIS+G  G     G  S         SSS    L   G S         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL         
Subjt:  SGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNS---------RPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------

Query:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSLATSV----PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
          G++G     +   T  N K L          V   A +S  T V     SSA+ +    ++  KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  SIGREG-----EVSNTALNVKPLV---------VAMEAPSSLATSV----PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0528.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0528.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein4.8e-2630.3Show/hide
Query:  INNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGASCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFR
        I   FFKT++C KF+ G C  + +SC+FAH  E++R    PPPNWQE V                                                   
Subjt:  INNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGASCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFR

Query:  DDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSEL----------QLSIGR
         ++ R RES A+S+G  G                    +V   L++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL          +  IG 
Subjt:  DDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSEL----------QLSIGR

Query:  EGEVSNTALNVKPLVVAMEAP--SSLATSVPSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
           +          V ++ +P  SS  TS   +  P G   Q   KWKGP KI+R+Y DW+DD+
Subjt:  EGEVSNTALNVKPLVVAMEAP--SSLATSVPSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.1e-8148.41Show/hide
Query:  NDLFDPQSQFEVQ---QPPFKRARNFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L + QSQ +     QP  KR R  ++N  +P   +P P S++    P+    P+NKG  NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDPQSQFEVQ---QPPFKRARNFEENQSSP-MPYPNPPSNSRVQPPN---APMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGS

Query:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEA----PSSLATSV
         S+  E  +  S  VP  +   G  +  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  S+GR EGE  N   ++N + +V A EA    P +  T+ 
Subjt:  DSSYPEPIKAASSSVPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGR-EGEVSN--TALNVKPLVVAMEA----PSSLATSV

Query:  PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE
         S    EG+ K+ LLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  PSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSQLE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATGCGAGGCTCTGTTATACCGCCGCCATTGCATTCTTATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGCTGGTCTCAGTATCCTAGGAACGATCTATT
TGATCCACAATCACAATTTGAGGTACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTTCGAAGAAAATCAATCTAGTCCTATGCCTTATCCAAATCCACCATCGAATTCCA
GAGTTCAGCCTCCAAATGCTCCGATGAATAAAGGAATAAACAACATCTTCTTTAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCTAGTTGC
AACTTTGCGCATGGTGTTGAAGACATGCGGCAACCCCCTCCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATACGGGAGGATGATCAATCTGTAAGCAACTGGAATGACGATCAGAA
AATTATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTCTATAATGGAGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGTAATTTTCTTCATGAAGATCCTGCTAAGTTTAGAGATGATT
CAGGGAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGCATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATCAATGGAAGTGATTCTAGCTACCCTGAACCTATCAAGGCAGCTTCTAGCTCT
GTTCCTGATGCTCTTCGTGCTAATGGAAATTCTAGGCCTTCATTCTGGAAGACGAAGCTTTGCACCAAATGGGAGATTACAGGCCATTGCCCCTTCGGTGAAAAGTGCCA
TTTTGCTCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCCATTGGACGTGAAGGGGAGGTATCTAATACTGCCCTCAATGTAAAGCCTCTCGTTGTGGCCATGGAAGCACCTTCAA
GTTTGGCGACGAGTGTTCCGTCCTCCGCCCTGCCGGAGGGCCAAGCGAAGCAGTCCTTGCTGAAATGGAAGGGACCCAAGAAGATAAATCGGATCTATGCGGATTGGCTC
GATGATTTGCCTCTGTCCCCAAGCTCAACGAGCCAATTGGAGGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TGACTACTTCGCTTACATCCTTTGTGGCGATTGTGAAGATTCCATGGTTTTTGCCTTCCTCAATCTCTGATTTCATTAGGGTTTTTGATTCTCCTTGGCGGCTAGGGTTT
TGATTCTTAGATTAGTTTGTTTTTTCTCCCTGTTATGTAATTACATGACTATAAGGCCTCCACTTTCGCCATTGTTTTGATTGCTTCTTCCATTGATCTCGATTCCGCCG
GCATATGCGTTTCTACAAACTGTTTTGATCATTATTCCAAACACACACTTCTGTTTTTTTGGCGAATTGGATTTCAATTTTGGTTAGAATCGTCGCTTTTGGCTGTTTTC
GGTGTTGTTTTCAGTTTTGGATATTGAATCCTCTAGTTTATTTTCTGGCGTTTGATCACATAGATAGATTGATATTTTTGTTGATTCCTTGTTCTGATTGATTAAAGAGA
ATTGGTTTATTTGATTTTAGAAGATGAGTTTCAATGATATGCGAGGCTCTGTTATACCGCCGCCATTGCATTCTTATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGCTGGTCT
CAGTATCCTAGGAACGATCTATTTGATCCACAATCACAATTTGAGGTACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTTCGAAGAAAATCAATCTAGTCCTATGCCTTA
TCCAAATCCACCATCGAATTCCAGAGTTCAGCCTCCAAATGCTCCGATGAATAAAGGAATAAACAACATCTTCTTTAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTT
TGTGTAGGAATGGTGCTAGTTGCAACTTTGCGCATGGTGTTGAAGACATGCGGCAACCCCCTCCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATACGGGAGGATGATCAATCTGTA
AGCAACTGGAATGACGATCAGAAAATTATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTCTATAATGGAGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGTAATTTTCTTCATGAAGA
TCCTGCTAAGTTTAGAGATGATTCAGGGAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGCATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATCAATGGAAGTGATTCTAGCTACCCTGAAC
CTATCAAGGCAGCTTCTAGCTCTGTTCCTGATGCTCTTCGTGCTAATGGAAATTCTAGGCCTTCATTCTGGAAGACGAAGCTTTGCACCAAATGGGAGATTACAGGCCAT
TGCCCCTTCGGTGAAAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCCATTGGACGTGAAGGGGAGGTATCTAATACTGCCCTCAATGTAAAGCCTCTCGT
TGTGGCCATGGAAGCACCTTCAAGTTTGGCGACGAGTGTTCCGTCCTCCGCCCTGCCGGAGGGCCAAGCGAAGCAGTCCTTGCTGAAATGGAAGGGACCCAAGAAGATAA
ATCGGATCTATGCGGATTGGCTCGATGATTTGCCTCTGTCCCCAAGCTCAACGAGCCAATTGGAGGGTTGAGTTGTTCGGGTTGAAGAAGTTCATTGTAGTTTCGTTTTG
AAGGTGGTTTGCTGAGATTCAATTGATTAGTGAAAAGGGTTCTGCTGAGAATTCATGGGGAATAGAAGAGAGTGAGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDMRGSVIPPPLHSYGANGDASGCWSQYPRNDLFDPQSQFEVQQPPFKRARNFEENQSSPMPYPNPPSNSRVQPPNAPMNKGINNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASC
NFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLINGSDSSYPEPIKAASSS
VPDALRANGNSRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSIGREGEVSNTALNVKPLVVAMEAPSSLATSVPSSALPEGQAKQSLLKWKGPKKINRIYADWL
DDLPLSPSSTSQLEG