; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh06G002860 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh06G002860
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionRING-type E3 ubiquitin transferase
Genome locationCmo_Chr06:1428072..1429095
RNA-Seq ExpressionCmoCh06G002860
SyntenyCmoCh06G002860
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR010543 - Domain of unknown function DUF1117
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6596400.1 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.7e-144100Show/hide
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XP_022145737.1 probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A [Momordica charantia]4.2e-13887.23Show/hide
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XP_022971599.1 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1-like [Cucurbita maxima]5.2e-15797.86Show/hide
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XP_023540034.1 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.3e-15999.29Show/hide
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XP_038906308.1 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1-like [Benincasa hispida]1.7e-13988.65Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3B6J2 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like1.1e-13384.81Show/hide
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A0A5A7TL92 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like1.1e-13384.81Show/hide
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A0A6J1CXJ7 probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A2.0e-13887.23Show/hide
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A0A6J1F5C6 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1-like1.5e-13386.12Show/hide
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        M HDDASD DP FVPRLRRS RN EDRS FNRIIVLR+PSN GAISNN +GGGGNYEIYYDDGTGASLR LP NISEFLMGSG DRLLNQLAQLEVNGV 
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        PLE PPASKAAIESLPVVKIL S VP+ESHCAVCKEPFELDSEAR+MPCKHIYHSDCI PWLSIRNSCPVCRHQLPT+   SGRSSPASAEEVVGLTIWR
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        LPGGGFAVGRFTWGR A +H+LPVVYTEIDG FSTTSGVPR ITWASS  RSNE GGFRR+ R+F SFFGRFRS+SRRS S
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A0A6J1I914 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF1-like2.5e-15797.86Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O22283 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A1.6e-6346.79Show/hide
Query:  HDDASDPDPFFVPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGG---GNYEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--
        H D S P P  V R R       +RSP N +IVLR   +  A S++ +  G     +++YYDDGT + LRPLP +++EFL+GSGFDRLL+Q++Q+E+N  
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Query:  -GVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV--PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTN--------SGRSSPAS
          +   E PPASK+AIE+LP+++I  +H+    +SHCAVCKE F L S AREMPC HIYH DCILPWL+IRNSCPVCRH+LP          +  +  A+
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Query:  AEE----VVGLTIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSRGRSNEGGGFRRLLRSFSS----FFGRFRSSSRRSSS
        AEE      GLTIWRLPGGGFAVGR   G       +PVVYTE+DG       +PRR+ W S RG   +GGG R     F+      FG F  SS   ++
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Query:  GPDAQGGIITLWRPSPRRTISFLLSYT
           A  G  +  R + RRT SF +  T
Subjt:  GPDAQGGIITLWRPSPRRTISFLLSYT

P0CH30 E3 ubiquitin-protein ligase RING13.7e-2852.29Show/hide
Query:  LPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHVPME-SHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCP
        LP NI ++ +G G ++L+ QLA+ + N       PPASK+AIE+LP+V I  S++  E + CAVC + FE  +EA++MPCKH+YH DC+LPWL + NSCP
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Query:  VCRHQLPTN
        VCRH+LPT+
Subjt:  VCRHQLPTN

Q940T5 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF23.7e-6549.48Show/hide
Query:  VPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGGGN-------YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--GVSPLEQ
        V R RRSGR    R  FN +IVL+     G     + G  G+       +E YYDDG+G+ LRPLP ++SE LMGSGF+RLL QL+Q+E +  G+     
Subjt:  VPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGGGN-------YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--GVSPLEQ

Query:  PPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEE-VVGLTIWRLPGGGF
        PPASK+AIESLP V+I D H+  E++CAVC E FE ++EAREMPCKH++H DCI+PWLSIRNSCPVCR +LP+   R S  + E+  VG+TIWRLPGGGF
Subjt:  PPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEE-VVGLTIWRLPGGGF

Query:  AVGRFTWGREATQHNLPVVYTEID-GSFSTTSGVPRRITWASSRGR-----------SNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS
        AVGRF       +  LPVV TE+D G    +   PRRI+W  S G            S  GG  RR++R   S   R R +   SSS
Subjt:  AVGRFTWGREATQHNLPVVYTEID-GSFSTTSGVPRRITWASSRGR-----------SNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS

Q94AK4 E3 ubiquitin-protein ligase RZF13.4e-2647.41Show/hide
Query:  NISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV-PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCR
        N  ++  G G + L+ QL+    +G      PPA K++I++LP +KI   H+   +SHC VCK+ FEL SEA++MPC HIYHSDCI+PWL   NSCPVCR
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Query:  HQLPTNSGRSSPASAE
         +LP+    SS  S++
Subjt:  HQLPTNSGRSSPASAE

Q9SNB6 E3 ubiquitin-protein ligase RDUF11.2e-6650.34Show/hide
Query:  ASDPDPFFVPRLRRS---GRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAIS--NNDIGGGGN-----YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLE
        AS P+   V    RS    R S  R+ FN +IVL      GA     N+ G G       YE YYDDG+G+ LRPLP ++SE LMGSGF+RLL QL+Q+E
Subjt:  ASDPDPFFVPRLRRS---GRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAIS--NNDIGGGGN-----YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLE

Query:  V--NGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEEVVGL
           NG+     PPASK+AIESLP V+I D H   E++CAVC E FE   E REMPCKHI+H DCI+PWLSIRNSCPVCR +LP++  + S    E  VG+
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Query:  TIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSR---------GRSNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS
        TIWRLPGGGFAVGRF  G    +  LPVV TE+DG    ++  PRRI+W  +          GRS  GG  RR +R   SF  R R S   S+S
Subjt:  TIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSR---------GRSNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G39720.1 RING-H2 finger C2A1.1e-6446.79Show/hide
Query:  HDDASDPDPFFVPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGG---GNYEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--
        H D S P P  V R R       +RSP N +IVLR   +  A S++ +  G     +++YYDDGT + LRPLP +++EFL+GSGFDRLL+Q++Q+E+N  
Subjt:  HDDASDPDPFFVPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGG---GNYEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--

Query:  -GVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV--PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTN--------SGRSSPAS
          +   E PPASK+AIE+LP+++I  +H+    +SHCAVCKE F L S AREMPC HIYH DCILPWL+IRNSCPVCRH+LP          +  +  A+
Subjt:  -GVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV--PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTN--------SGRSSPAS

Query:  AEE----VVGLTIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSRGRSNEGGGFRRLLRSFSS----FFGRFRSSSRRSSS
        AEE      GLTIWRLPGGGFAVGR   G       +PVVYTE+DG       +PRR+ W S RG   +GGG R     F+      FG F  SS   ++
Subjt:  AEE----VVGLTIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSRGRSNEGGGFRRLLRSFSS----FFGRFRSSSRRSSS

Query:  GPDAQGGIITLWRPSPRRTISFLLSYT
           A  G  +  R + RRT SF +  T
Subjt:  GPDAQGGIITLWRPSPRRTISFLLSYT

AT3G46620.1 zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein8.3e-6850.34Show/hide
Query:  ASDPDPFFVPRLRRS---GRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAIS--NNDIGGGGN-----YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLE
        AS P+   V    RS    R S  R+ FN +IVL      GA     N+ G G       YE YYDDG+G+ LRPLP ++SE LMGSGF+RLL QL+Q+E
Subjt:  ASDPDPFFVPRLRRS---GRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAIS--NNDIGGGGN-----YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLE

Query:  V--NGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEEVVGL
           NG+     PPASK+AIESLP V+I D H   E++CAVC E FE   E REMPCKHI+H DCI+PWLSIRNSCPVCR +LP++  + S    E  VG+
Subjt:  V--NGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEEVVGL

Query:  TIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSR---------GRSNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS
        TIWRLPGGGFAVGRF  G    +  LPVV TE+DG    ++  PRRI+W  +          GRS  GG  RR +R   SF  R R S   S+S
Subjt:  TIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLPVVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSR---------GRSNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS

AT3G56580.1 RING/U-box superfamily protein2.4e-2747.41Show/hide
Query:  NISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV-PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCR
        N  ++  G G + L+ QL+    +G      PPA K++I++LP +KI   H+   +SHC VCK+ FEL SEA++MPC HIYHSDCI+PWL   NSCPVCR
Subjt:  NISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV-PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCR

Query:  HQLPTNSGRSSPASAE
         +LP+    SS  S++
Subjt:  HQLPTNSGRSSPASAE

AT3G56580.2 RING/U-box superfamily protein2.4e-2747.41Show/hide
Query:  NISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV-PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCR
        N  ++  G G + L+ QL+    +G      PPA K++I++LP +KI   H+   +SHC VCK+ FEL SEA++MPC HIYHSDCI+PWL   NSCPVCR
Subjt:  NISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKAAIESLPVVKILDSHV-PMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCR

Query:  HQLPTNSGRSSPASAE
         +LP+    SS  S++
Subjt:  HQLPTNSGRSSPASAE

AT5G59550.1 zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein2.7e-6649.48Show/hide
Query:  VPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGGGN-------YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--GVSPLEQ
        V R RRSGR    R  FN +IVL+     G     + G  G+       +E YYDDG+G+ LRPLP ++SE LMGSGF+RLL QL+Q+E +  G+     
Subjt:  VPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGGGN-------YEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVN--GVSPLEQ

Query:  PPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEE-VVGLTIWRLPGGGF
        PPASK+AIESLP V+I D H+  E++CAVC E FE ++EAREMPCKH++H DCI+PWLSIRNSCPVCR +LP+   R S  + E+  VG+TIWRLPGGGF
Subjt:  PPASKAAIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEE-VVGLTIWRLPGGGF

Query:  AVGRFTWGREATQHNLPVVYTEID-GSFSTTSGVPRRITWASSRGR-----------SNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS
        AVGRF       +  LPVV TE+D G    +   PRRI+W  S G            S  GG  RR++R   S   R R +   SSS
Subjt:  AVGRFTWGREATQHNLPVVYTEID-GSFSTTSGVPRRITWASSRGR-----------SNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTACCACGACGACGCTTCCGACCCAGACCCTTTCTTCGTTCCGAGATTGCGCCGCAGCGGAAGAAACAGCGAGGATCGCTCCCCTTTCAATCGTATCATTGTTCTACG
CAATCCTTCTAATGTTGGTGCTATTAGTAATAATGATATTGGAGGTGGAGGAAATTATGAGATTTATTATGATGATGGTACCGGGGCTAGCCTGCGCCCTTTACCTTATA
ATATATCCGAGTTCTTGATGGGATCGGGGTTCGATCGTCTTCTCAATCAATTGGCGCAGCTGGAGGTGAACGGGGTTAGCCCATTGGAACAACCACCGGCTTCTAAGGCT
GCAATCGAATCGTTGCCTGTGGTTAAGATTCTTGATAGTCATGTGCCTATGGAATCGCATTGTGCGGTCTGTAAGGAGCCATTTGAGCTCGACTCTGAAGCTCGAGAAAT
GCCGTGTAAACATATTTACCATTCGGATTGCATACTTCCTTGGCTTTCTATCCGGAATTCTTGTCCTGTTTGTCGGCACCAGTTGCCTACCAACAGTGGCAGAAGCTCCC
CTGCGTCTGCTGAAGAAGTTGTTGGATTAACAATTTGGAGGCTTCCGGGTGGGGGATTTGCTGTTGGAAGGTTTACTTGGGGTAGGGAAGCTACCCAACATAACCTTCCT
GTTGTTTACACTGAAATTGATGGTAGTTTTAGTACCACCAGTGGTGTTCCAAGGAGGATTACATGGGCGTCGAGCCGAGGAAGATCAAACGAAGGTGGTGGTTTTCGTCG
TCTTCTACGCAGTTTCTCCTCCTTTTTTGGGAGGTTTAGAAGTTCATCCCGTCGTTCTAGTTCGGGACCTGACGCTCAAGGAGGAATAATCACCCTATGGCGTCCAAGTC
CGAGGCGAACTATAAGTTTCCTTCTTAGTTATACTTACAGAGAGGTTGAATTCCCACACCATGTACTCACTTTAGAAATTGCAAGCGACACGGAATGCATAACG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTACCACGACGACGCTTCCGACCCAGACCCTTTCTTCGTTCCGAGATTGCGCCGCAGCGGAAGAAACAGCGAGGATCGCTCCCCTTTCAATCGTATCATTGTTCTACG
CAATCCTTCTAATGTTGGTGCTATTAGTAATAATGATATTGGAGGTGGAGGAAATTATGAGATTTATTATGATGATGGTACCGGGGCTAGCCTGCGCCCTTTACCTTATA
ATATATCCGAGTTCTTGATGGGATCGGGGTTCGATCGTCTTCTCAATCAATTGGCGCAGCTGGAGGTGAACGGGGTTAGCCCATTGGAACAACCACCGGCTTCTAAGGCT
GCAATCGAATCGTTGCCTGTGGTTAAGATTCTTGATAGTCATGTGCCTATGGAATCGCATTGTGCGGTCTGTAAGGAGCCATTTGAGCTCGACTCTGAAGCTCGAGAAAT
GCCGTGTAAACATATTTACCATTCGGATTGCATACTTCCTTGGCTTTCTATCCGGAATTCTTGTCCTGTTTGTCGGCACCAGTTGCCTACCAACAGTGGCAGAAGCTCCC
CTGCGTCTGCTGAAGAAGTTGTTGGATTAACAATTTGGAGGCTTCCGGGTGGGGGATTTGCTGTTGGAAGGTTTACTTGGGGTAGGGAAGCTACCCAACATAACCTTCCT
GTTGTTTACACTGAAATTGATGGTAGTTTTAGTACCACCAGTGGTGTTCCAAGGAGGATTACATGGGCGTCGAGCCGAGGAAGATCAAACGAAGGTGGTGGTTTTCGTCG
TCTTCTACGCAGTTTCTCCTCCTTTTTTGGGAGGTTTAGAAGTTCATCCCGTCGTTCTAGTTCGGGACCTGACGCTCAAGGAGGAATAATCACCCTATGGCGTCCAAGTC
CGAGGCGAACTATAAGTTTCCTTCTTAGTTATACTTACAGAGAGGTTGAATTCCCACACCATGTACTCACTTTAGAAATTGCAAGCGACACGGAATGCATAACG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MYHDDASDPDPFFVPRLRRSGRNSEDRSPFNRIIVLRNPSNVGAISNNDIGGGGNYEIYYDDGTGASLRPLPYNISEFLMGSGFDRLLNQLAQLEVNGVSPLEQPPASKA
AIESLPVVKILDSHVPMESHCAVCKEPFELDSEAREMPCKHIYHSDCILPWLSIRNSCPVCRHQLPTNSGRSSPASAEEVVGLTIWRLPGGGFAVGRFTWGREATQHNLP
VVYTEIDGSFSTTSGVPRRITWASSRGRSNEGGGFRRLLRSFSSFFGRFRSSSRRSSSGPDAQGGIITLWRPSPRRTISFLLSYTYREVEFPHHVLTLEIASDTECIT