; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh06G005740 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh06G005740
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33
Genome locationCmo_Chr06:2813720..2817351
RNA-Seq ExpressionCmoCh06G005740
SyntenyCmoCh06G005740
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_022948454.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X1 [Cucurbita moschata]5.5e-118100Show/hide
Query:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
        MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
Subjt:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD

Query:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
        AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD

Query:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
        SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR

XP_022948463.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X2 [Cucurbita moschata]1.1e-113100Show/hide
Query:  KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE
        KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE
Subjt:  KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE

Query:  LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYS
        LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYS
Subjt:  LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYS

Query:  RSRSRSRSYSRSYSR
        RSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  RSRSRSRSYSRSYSR

XP_022948470.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X3 [Cucurbita moschata]3.5e-112100Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG
        MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG

Query:  QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSR
        QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSR
Subjt:  QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSR

Query:  SRSRSYSRSYSR
        SRSRSYSRSYSR
Subjt:  SRSRSYSRSYSR

XP_023005833.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X1 [Cucurbita maxima]1.9e-11094.64Show/hide
Query:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
        MEG+VYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFG+FGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDP+D
Subjt:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD

Query:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
        AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSS GRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYS SPEYYSPARS RYSRSISPRD+ +RERSYSRSPY+
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD

Query:  SRDRGY--SRSRSRSRSYSRSYSR
        SRDRGY  SRSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  SRDRGY--SRSRSRSRSYSRSYSR

XP_023539101.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.4e-11396.85Show/hide
Query:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
        MEG+VYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDP+D
Subjt:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD

Query:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
        AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSS GRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYS SPEYYSPARS RYSRSISPRDRRYRE SYSRSPYD
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD

Query:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
        SRDRGYSRSRSRSRSYS SYSR
Subjt:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1G9D2 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X25.2e-114100Show/hide
Query:  KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE
        KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE
Subjt:  KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE

Query:  LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYS
        LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYS
Subjt:  LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYS

Query:  RSRSRSRSYSRSYSR
        RSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  RSRSRSRSYSRSYSR

A0A6J1G9Y1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X31.7e-112100Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG
        MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG

Query:  QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSR
        QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSR
Subjt:  QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSR

Query:  SRSRSYSRSYSR
        SRSRSYSRSYSR
Subjt:  SRSRSYSRSYSR

A0A6J1G9Y3 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X12.7e-118100Show/hide
Query:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
        MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
Subjt:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD

Query:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
        AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD

Query:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
        SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR

A0A6J1L0E4 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X28.1e-10794.93Show/hide
Query:  KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE
        KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFG+FGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDP+DAADAKYE
Subjt:  KLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYE

Query:  LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGY-
        LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSS GRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYS SPEYYSPARS RYSRSISPRD+ +RERSYSRSPY+SRDRGY 
Subjt:  LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGY-

Query:  -SRSRSRSRSYSRSYSR
         SRSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  -SRSRSRSRSYSRSYSR

A0A6J1L3A1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X19.2e-11194.64Show/hide
Query:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
        MEG+VYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFG+FGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDP+D
Subjt:  MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD

Query:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
        AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSS GRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYS SPEYYSPARS RYSRSISPRD+ +RERSYSRSPY+
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD

Query:  SRDRGY--SRSRSRSRSYSRSYSR
        SRDRGY  SRSRSRSRSYSRSYSR
Subjt:  SRDRGY--SRSRSRSRSYSRSYSR

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O75494 Serine/arginine-rich splicing factor 103.7e-2440.93Show/hide
Query:  TSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDS--------
        TSL VRN+  D R EDLR  FGR+GP+ D+Y+P D+Y+ +PRGF +VQ+ D  DA DA + LD + + GR++ + FA+ +RK P QM+A++         
Subjt:  TSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDS--------

Query:  ---------SSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDR-RYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSYS
                 S  RSY  RRS    S+S  +  + S SP    P    R SRS S  DR ++R RS+SRS  +SR R  S+ +   ++ SRS S
Subjt:  ---------SSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDR-RYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSYS

Q1PDV2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL281.7e-3245.61Show/hide
Query:  KMRGRSYSYSP-----SPPRSY-----GRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPS
        + R RS SYSP     SPPR        R     S R H   G   P+ LL+RNL  D RP DLR  F RFGPLKDIYLPR+YY+G+PRGFGFV+Y    
Subjt:  KMRGRSYSYSP-----SPPRSY-----GRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPS

Query:  DAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYR----RSPLQYSQSPPHGRKYSP-----------SPEYYSPARSGR-YSRSIS
        DAA+A   ++ +V+ GRE+ +VFAEENRK P++MR  + +SGR   Y+    RSP +  +S  H R  SP             + YSP R  R  SRS  
Subjt:  DAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYR----RSPLQYSQSPPHGRKYSP-----------SPEYYSPARSGR-YSRSIS

Query:  PRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
        PR+ R  +    RSP + R     RSR  SRS SRS SR
Subjt:  PRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR

Q8L3X8 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL304.5e-3043.64Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSP----RGHGGRG------RDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD
        MR  S  Y   P R YG R RS  P    RG+GG G           SLLVRN+  DCRPE+LR  F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+++D  D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSP----RGHGGRG------RDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSD

Query:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD
        A +A+  ++ +   GRE+TVV A E+RKRPE+MR +  +  R  S  R    + +S       S SP   S +RS   SRS SP  RR         P  
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYD

Query:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSY
          D  YSR     RSYS  Y
Subjt:  SRDRGYSRSRSRSRSYSRSY

Q9LHP2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A6.0e-5963.18Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGH--GGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYEL
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RS SPRG   G R  DLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G PRGFGF+Q++DP+DAA+AK+++
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGH--GGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYEL

Query:  DGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARD--SSSGRSYSYRRSPLQYSQSPP--HGRK-YSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSR
        DG +LLGRELTVVFAEENRK+P +MR RD    S R    RRSP +YS+SPP   GR+  S S  Y SP      SRS+SP+DRRY +ERSYSRSP  + 
Subjt:  DGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARD--SSSGRSYSYRRSPLQYSQSPP--HGRK-YSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSR

Query:  DRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
         R  S S  R +S+SRS  R
Subjt:  DRGYSRSRSRSRSYSRSYSR

Q9SEU4 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL331.3e-6164Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELD
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RS SPRG +GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G PRGFGFVQ++DP+DAADAK+ +D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELD

Query:  GQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSRD
        G +LLGRELTVVFAEENRK+P +MRAR+   GR    RR+P +Y   S+SPP   GR  S S +YYSP     + RSISPR+ RY   RSYSRSP     
Subjt:  GQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSRD

Query:  RGYS------RSRSRSRSYSRSYSR
        RG S      +SRS S S  RS SR
Subjt:  RGYS------RSRSRSRSYSRSYSR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 339.3e-6364Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELD
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RS SPRG +GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G PRGFGFVQ++DP+DAADAK+ +D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELD

Query:  GQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSRD
        G +LLGRELTVVFAEENRK+P +MRAR+   GR    RR+P +Y   S+SPP   GR  S S +YYSP     + RSISPR+ RY   RSYSRSP     
Subjt:  GQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSRD

Query:  RGYS------RSRSRSRSYSRSYSR
        RG S      +SRS S S  RS SR
Subjt:  RGYS------RSRSRSRSYSRSYSR

AT1G55310.2 SC35-like splicing factor 331.6e-6264.35Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELD
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RS SPRG +GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G PRGFGFVQ++DP+DAADAK+ +D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELD

Query:  GQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSRD
        G +LLGRELTVVFAEENRK+P +MRAR+   GR    RR+P +Y   S+SPP   GR  S S +YYSP     + RSISPR+ RY   RSYSRSP     
Subjt:  GQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSRD

Query:  RGYSRSRSRSRSYSRS
        RG S +  R +S S S
Subjt:  RGYSRSRSRSRSYSRS

AT1G55310.3 SC35-like splicing factor 338.1e-5960.5Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGK------------PRGFGFVQYID
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RS SPRG +GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G             PRGFGFVQ++D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRG-HGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGK------------PRGFGFVQYID

Query:  PSDAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSG-RSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-R
        P+DAADAK+ +DG +LLGRELTVVFAEENRK+P +MRAR+   G R    RR+P +Y   S+SPP   GR  S S +YYSP     + RSISPR+ RY  
Subjt:  PSDAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSG-RSYSYRRSPLQY---SQSPP--HGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-R

Query:  ERSYSRSPYDSRDRGYS------RSRSRSRSYSRSYSR
         RSYSRSP     RG S      +SRS S S  RS SR
Subjt:  ERSYSRSPYDSRDRGYS------RSRSRSRSYSRSYSR

AT3G13570.1 SC35-like splicing factor 30A4.3e-6063.18Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGH--GGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYEL
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RS SPRG   G R  DLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G PRGFGF+Q++DP+DAA+AK+++
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGH--GGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYEL

Query:  DGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARD--SSSGRSYSYRRSPLQYSQSPP--HGRK-YSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSR
        DG +LLGRELTVVFAEENRK+P +MR RD    S R    RRSP +YS+SPP   GR+  S S  Y SP      SRS+SP+DRRY +ERSYSRSP  + 
Subjt:  DGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARD--SSSGRSYSYRRSPLQYSQSPP--HGRK-YSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRY-RERSYSRSPYDSR

Query:  DRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
         R  S S  R +S+SRS  R
Subjt:  DRGYSRSRSRSRSYSRSYSR

AT5G18810.1 SC35-like splicing factor 281.2e-3345.61Show/hide
Query:  KMRGRSYSYSP-----SPPRSY-----GRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPS
        + R RS SYSP     SPPR        R     S R H   G   P+ LL+RNL  D RP DLR  F RFGPLKDIYLPR+YY+G+PRGFGFV+Y    
Subjt:  KMRGRSYSYSP-----SPPRSY-----GRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPS

Query:  DAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYR----RSPLQYSQSPPHGRKYSP-----------SPEYYSPARSGR-YSRSIS
        DAA+A   ++ +V+ GRE+ +VFAEENRK P++MR  + +SGR   Y+    RSP +  +S  H R  SP             + YSP R  R  SRS  
Subjt:  DAADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYR----RSPLQYSQSPPHGRKYSP-----------SPEYYSPARSGR-YSRSIS

Query:  PRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR
        PR+ R  +    RSP + R     RSR  SRS SRS SR
Subjt:  PRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSYSR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAGGAAGAGTTTATAAGAAATTGAAAATGAGAGGTCGAAGTTACAGTTACAGTCCATCGCCACCAAGGAGTTATGGCAGGAGAAATCGAAGCCTTAGCCCAAGGGG
TCATGGAGGCCGTGGAAGGGATCTGCCGACAAGTCTTTTGGTTCGGAACCTAAGGCATGACTGCAGGCCAGAGGACCTACGTGGATTATTTGGGCGGTTTGGTCCTCTGA
AGGACATCTACTTGCCACGAGATTATTATTCCGGAAAACCACGCGGCTTTGGGTTTGTTCAGTACATTGATCCTTCTGATGCTGCTGATGCAAAGTATGAATTAGATGGC
CAAGTTCTATTGGGTCGTGAATTAACTGTTGTGTTCGCTGAGGAGAACAGGAAGAGACCTGAACAGATGAGAGCAAGAGACTCATCAAGTGGTCGGTCCTACAGTTACAG
GCGTTCCCCGCTGCAATATTCTCAATCACCCCCCCATGGTCGAAAATATTCACCTAGTCCTGAATATTATTCCCCTGCTCGGTCTGGACGATATTCAAGGTCAATCTCGC
CTAGGGACCGAAGGTACAGGGAGCGATCCTACTCAAGGTCACCATATGATTCAAGGGACCGTGGCTATAGCCGAAGCAGGAGCCGGAGCCGGAGCTATAGCCGAAGCTAT
TCTAGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TGAAACAAATCCGAGGGAAGTTTCTCGAACATAAAGGGCGTTCGAGGTAGAGGAGACAAAAGCCCCAAGGAAGATTGCAGAATTTGTCTCTGGAGGAAAAGGCTCCGTTC
GATTTATCGGTTCTCTGATTCTCAGTTTCCTGGTGATATTTTGTTTCCTCCGATATCGATCTCATTCGTTCTGAAGAAATATTGGAGCAGTTGATGGAAGGAAGAGTTTA
TAAGAAATTGAAAATGAGAGGTCGAAGTTACAGTTACAGTCCATCGCCACCAAGGAGTTATGGCAGGAGAAATCGAAGCCTTAGCCCAAGGGGTCATGGAGGCCGTGGAA
GGGATCTGCCGACAAGTCTTTTGGTTCGGAACCTAAGGCATGACTGCAGGCCAGAGGACCTACGTGGATTATTTGGGCGGTTTGGTCCTCTGAAGGACATCTACTTGCCA
CGAGATTATTATTCCGGAAAACCACGCGGCTTTGGGTTTGTTCAGTACATTGATCCTTCTGATGCTGCTGATGCAAAGTATGAATTAGATGGCCAAGTTCTATTGGGTCG
TGAATTAACTGTTGTGTTCGCTGAGGAGAACAGGAAGAGACCTGAACAGATGAGAGCAAGAGACTCATCAAGTGGTCGGTCCTACAGTTACAGGCGTTCCCCGCTGCAAT
ATTCTCAATCACCCCCCCATGGTCGAAAATATTCACCTAGTCCTGAATATTATTCCCCTGCTCGGTCTGGACGATATTCAAGGTCAATCTCGCCTAGGGACCGAAGGTAC
AGGGAGCGATCCTACTCAAGGTCACCATATGATTCAAGGGACCGTGGCTATAGCCGAAGCAGGAGCCGGAGCCGGAGCTATAGCCGAAGCTATTCTAGGTGAGTAAAAAA
TACTTCCCCAAGTTACAAAGTGGGTTAAGCTTAGTTGGCTGAGTTTTCTAAAAACCCAGAAACTATTAAGGTAGAGAGATGTTGGGATTTCGGAAGTCTGTATATGATTT
AGAAAATGGTTTGGTCTTTTCTGTTAGAGCCACTGATTTCATGTTCTTATTTTAAAATGTACGGACCATGTGGTGGTTTTCTCTATGTAGAATGGAACCTGAGAATTTTA
GGCCCTTCTTTTTACCCCAAACGCTTCTCTCCAATTTTGTGTCTTACTTCTGGTCTAGTCCTCCAACGACTCGATCCATTCGATTAGGCACTTGTCATCTATTTTTGTTG
TTGAATTCTTTGACAACACGAAAAAAAATCATCTCTCTGTAAATCAAAAGAAAGCTCTGTCCTCTCTCTTTCTATCCATCCAATGGGTGTATGGGCAGAGGTCTTTGGTG
TCTCCTCGAGTCTATGCCTTTTTTAGTTCACGGTTTGATATCCTGGTGTTCTAGGTGTAGAGGAACTACACCATTCCAACTCGAACTATTGTGGCGATGATAGTGTAGGA
GAGGTCTCGTGGAAAAAATAGCTAGCTAGCTGCCGGGGTGATGGATTGACTTCATTTGAATGTTAAGAGGATTGATCCATCCACTCCAAATGTTTGAACTCATCTTTTAT
ATTTTTAGTACCTAACAAAGTTCTGATTTCATTTGAAAAACATTAAATTTTTACACGTGGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MEGRVYKKLKMRGRSYSYSPSPPRSYGRRNRSLSPRGHGGRGRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGKPRGFGFVQYIDPSDAADAKYELDG
QVLLGRELTVVFAEENRKRPEQMRARDSSSGRSYSYRRSPLQYSQSPPHGRKYSPSPEYYSPARSGRYSRSISPRDRRYRERSYSRSPYDSRDRGYSRSRSRSRSYSRSY
SR