; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh06G010240 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh06G010240
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RS31-like
Genome locationCmo_Chr06:8013040..8017617
RNA-Seq ExpressionCmoCh06G010240
SyntenyCmoCh06G010240
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005681 - spliceosomal complex (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR029537 - Arginine/serine-rich-splicing factor RSP31/31A
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6597062.1 Serine/arginine-rich splicing factor RS31, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.7e-15197.18Show/hide
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XP_022944500.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X1 [Cucurbita moschata]1.5e-143100Show/hide
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XP_022974852.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X1 [Cucurbita maxima]9.9e-13596.11Show/hide
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XP_022975392.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like [Cucurbita maxima]1.2e-13596.5Show/hide
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XP_023539917.1 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.8e-13696.5Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1D279 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X12.7e-12288.46Show/hide
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        DPI TRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNF+FVQFETQE+ATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDP+D+SPRR AYGRPGD SPYRRSPSP  R
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        RRPSPDYG  RSPAYDRYNGP         ERR+SPDY RNRSPEYGR+RSRSPIRRSRT
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A0A6J1FY41 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X24.2e-123100Show/hide
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        YARNRSPEYGRYRSRSPIRRSRT
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A0A6J1FYP8 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X17.3e-144100Show/hide
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A0A6J1IBE0 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like isoform X14.8e-13596.11Show/hide
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A0A6J1ICY3 serine/arginine-rich splicing factor RS31-like5.6e-13696.5Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P92964 Serine/arginine-rich splicing factor RS318.2e-9270.45Show/hide
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        DPI T+  DIE+HFEPYGKV NVRIRRNFSFVQFETQE+ATKALE T  SKILDRVVSVEYAL+DD ER D     SPRR+    Y R     Y R PSP
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         + RRPSPDYG  RSP YDRY GP   ERR+SPD  RR S DY R RSP Y RYRSRSP+ R R
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P92965 Serine/arginine-rich splicing factor RS403.1e-6755.26Show/hide
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        MKP+F GNF YD R+ +LER F KYG+V+R+DMK+GFAFVY EDERDA+DAIR LD   FG   RRL VEW + ERG   R   GS +S ++ RP+KTLF
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Query:  VINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSP
        VINFD  +TR RD+E+HFEPYGK++NVRIRRNF+F+Q+E QE+AT+AL+ ++ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ +    RR           RRSPSP
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Query:  LRR-RPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPD-YARNR--SPEYGRYR--SRSPIRRSR
         +R R SPDYG  +     Y   R+ R SPD  RR+SP  Y ++R  SPEYGR R  + SP RR R
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P92966 Serine/arginine-rich splicing factor RS414.5e-6653.53Show/hide
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        MKP+F GNF YD R+S+LER F KYG+V+R+DMK+GFAFVY EDERDA+DAIR LD   +G   RRL VEW + +R   GR     +S +  RP+KTLFV
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Query:  INFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL
        INFD  +TR RD+ERHFEPYGK++NVRIRRNF+F+Q+E QE+AT+AL+ T+ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ Y    RR           RRSPSP 
Subjt:  INFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL

Query:  RR-RPSPDYG----PRSPAYDRYN---GPRERRKSPDCERRKSPDYARN-------RSPEYGRYRSRSP
        RR R SPDYG    P +   +R +   G   R  SP    R SPDY R+        SPE G  R+RSP
Subjt:  RR-RPSPDYG----PRSPAYDRYN---GPRERRKSPDCERRKSPDYARN-------RSPEYGRYRSRSP

Q9NEW6 Probable splicing factor, arginine/serine-rich 31.5e-1331.75Show/hide
Query:  IFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSG----FAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARG------------ERGRH--------
        ++VGN   D R+ E+E  F KYGR+  +D+KSG    FAFV FED RDA+DA+R  D   F  D RR+ VE+ RG            + G H        
Subjt:  IFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSG----FAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARG------------ERGRH--------

Query:  RDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRR
        R G +    QR T    ++   P     +D++ H    G V    + R           + T  +E T       R   V+YA+R         DD+  R
Subjt:  RDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRR

Query:  TAYGRPGDSPYRRSPSPLRRRPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIR
        +     G++ Y      +R R     G  S    R    R R +SP  ERR SP Y+  RS    R RSRS  R
Subjt:  TAYGRPGDSPYRRSPSPLRRRPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIR

Q9ZPX8 Serine/arginine-rich splicing factor RS31A6.3e-8467.3Show/hide
Query:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFV
        M+ ++VGNF YDTR S+LER F+K+GRV R+DMKSG+AFVYFEDERDA+DAIR  DN  FG+ RR+LSVEWA+   GERG+ RDG K+++NQRPTKTLFV
Subjt:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFV

Query:  INFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL
        INFDPI TR RD+ERHFEPYGKVLNVR+RRNF+FVQF TQE+ATKAL+ TH SK+LD+VVSVEYALR+ GER D Y  S R            RRSPSP+
Subjt:  INFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL

Query:  -RRRPSPDY-GPRSPAYDRYNGPR--ERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR
         RRRPSPDY   RSP YDRY GP   ERRKSPD  RR S DY R R+   G  RSRSPI+R+R
Subjt:  -RRRPSPDY-GPRSPAYDRYNGPR--ERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G46610.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein4.5e-8567.3Show/hide
Query:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFV
        M+ ++VGNF YDTR S+LER F+K+GRV R+DMKSG+AFVYFEDERDA+DAIR  DN  FG+ RR+LSVEWA+   GERG+ RDG K+++NQRPTKTLFV
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Query:  INFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL
        INFDPI TR RD+ERHFEPYGKVLNVR+RRNF+FVQF TQE+ATKAL+ TH SK+LD+VVSVEYALR+ GER D Y  S R            RRSPSP+
Subjt:  INFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL

Query:  -RRRPSPDY-GPRSPAYDRYNGPR--ERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR
         RRRPSPDY   RSP YDRY GP   ERRKSPD  RR S DY R R+   G  RSRSPI+R+R
Subjt:  -RRRPSPDY-GPRSPAYDRYNGPR--ERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR

AT2G46610.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein5.3e-7066.09Show/hide
Query:  IDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRR
        + + +G+AFVYFEDERDA+DAIR  DN  FG+ RR+LSVEWA+   GERG+ RDG K+++NQRPTKTLFVINFDPI TR RD+ERHFEPYGKVLNVR+RR
Subjt:  IDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWAR---GERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRR

Query:  NFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL-RRRPSPDY-GPRSPAYDRYNGPR--ERRK
        NF+FVQF TQE+ATKAL+ TH SK+LD+VVSVEYALR+ GER D Y  S R            RRSPSP+ RRRPSPDY   RSP YDRY GP   ERRK
Subjt:  NFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPL-RRRPSPDY-GPRSPAYDRYNGPR--ERRK

Query:  SPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR
        SPD  RR S DY R R+   G  RSRSPI+R+R
Subjt:  SPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR

AT3G61860.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein5.8e-9370.45Show/hide
Query:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINF
        M+P+FVGNF Y+TRQS+LER F KYGRVDR+DMKSG+AFVYFEDERDA+DAIR LDN PFG+++RRLSVEWA+GERGR R  +K+ +N +PTKTLFVINF
Subjt:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINF

Query:  DPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDD-SPRRT---AYGRPGDSPYRRSPSP
        DPI T+  DIE+HFEPYGKV NVRIRRNFSFVQFETQE+ATKALE T  SKILDRVVSVEYAL+DD ER D     SPRR+    Y R     Y R PSP
Subjt:  DPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDD-SPRRT---AYGRPGDSPYRRSPSP

Query:  LR-RRPSPDYG-PRSPAYDRYNGPR--ERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR
         + RRPSPDYG  RSP YDRY GP   ERR+SPD  RR S DY R RSP Y RYRSRSP+ R R
Subjt:  LR-RRPSPDYG-PRSPAYDRYNGPR--ERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSPIRRSR

AT4G25500.1 arginine/serine-rich splicing factor 352.2e-6855.26Show/hide
Query:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERG---RHRDGS-KSMANQRPTKTLF
        MKP+F GNF YD R+ +LER F KYG+V+R+DMK+GFAFVY EDERDA+DAIR LD   FG   RRL VEW + ERG   R   GS +S ++ RP+KTLF
Subjt:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERG---RHRDGS-KSMANQRPTKTLF

Query:  VINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSP
        VINFD  +TR RD+E+HFEPYGK++NVRIRRNF+F+Q+E QE+AT+AL+ ++ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ +    RR           RRSPSP
Subjt:  VINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSP

Query:  LRR-RPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPD-YARNR--SPEYGRYR--SRSPIRRSR
         +R R SPDYG  +     Y   R+ R SPD  RR+SP  Y ++R  SPEYGR R  + SP RR R
Subjt:  LRR-RPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPD-YARNR--SPEYGRYR--SRSPIRRSR

AT4G25500.4 arginine/serine-rich splicing factor 352.2e-6855.26Show/hide
Query:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERG---RHRDGS-KSMANQRPTKTLF
        MKP+F GNF YD R+ +LER F KYG+V+R+DMK+GFAFVY EDERDA+DAIR LD   FG   RRL VEW + ERG   R   GS +S ++ RP+KTLF
Subjt:  MKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRIDMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERG---RHRDGS-KSMANQRPTKTLF

Query:  VINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSP
        VINFD  +TR RD+E+HFEPYGK++NVRIRRNF+F+Q+E QE+AT+AL+ ++ SK++D+V+SVEYA++DD  RG+ +    RR           RRSPSP
Subjt:  VINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEATKALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSP

Query:  LRR-RPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPD-YARNR--SPEYGRYR--SRSPIRRSR
         +R R SPDYG  +     Y   R+ R SPD  RR+SP  Y ++R  SPEYGR R  + SP RR R
Subjt:  LRR-RPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPD-YARNR--SPEYGRYR--SRSPIRRSR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGTGGTTTCGTGGACTGCAATTGGTATAATGGGTCTGCTAAGATGGTACGAAGCATGAGACTTGATGATGTGAGATTCGTGGGGCTTCTCTTGGGCTGCAGTTATGG
GAGCATGATTGCTAAAGGTCGACAACTCTTTGAACCAATGGAGAGCTTTCTCTTCCTCTTCCTCTCTCCTAGGGTTTTTCTTGTGTTCGAGTCCAAGAATCTGCAAGCGC
GTTTGATAGTATCAACGATGAAGCCGATATTTGTTGGGAACTTTGGGTATGACACCCGGCAATCTGAGCTGGAGCGGGCATTCGCCAAATATGGGAGGGTCGATAGGATC
GACATGAAATCTGGTTTTGCTTTTGTTTACTTTGAAGACGAGAGGGATGCTGATGATGCTATTCGTGGCCTTGATAACATGCCATTTGGTCATGATAGACGCAGATTGTC
TGTGGAATGGGCTAGGGGTGAACGGGGTCGTCATCGTGATGGATCCAAGTCGATGGCAAATCAGAGGCCAACCAAAACCTTGTTTGTGATCAATTTCGACCCTATTCATA
CTAGAGTTCGTGATATTGAAAGACATTTTGAACCTTATGGGAAGGTCCTCAATGTTCGCATAAGAAGGAACTTTTCATTTGTACAATTTGAGACGCAGGAGGAGGCAACC
AAAGCCCTTGAGTGTACCCACATGAGCAAAATATTAGACAGGGTTGTGTCAGTTGAGTATGCTTTGAGGGATGATGGTGAGAGGGGTGACCCTTATGATGATAGCCCCCG
GAGAACAGCATATGGGCGGCCTGGGGATAGTCCTTACCGGAGGTCACCTAGTCCGTTGCGCCGTCGACCAAGTCCTGACTATGGGCCACGCAGCCCTGCTTATGACAGGT
ATAATGGCCCTCGTGAACGACGCAAGAGTCCTGATTGTGAACGACGCAAGAGTCCTGATTATGCTCGGAATCGAAGCCCTGAATATGGCAGATACCGCAGTCGTTCACCC
ATTCGGAGGTCAAGAACCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGTGGTTTCGTGGACTGCAATTGGTATAATGGGTCTGCTAAGATGGTACGAAGCATGAGACTTGATGATGTGAGATTCGTGGGGCTTCTCTTGGGCTGCAGTTATGG
GAGCATGATTGCTAAAGGTCGACAACTCTTTGAACCAATGGAGAGCTTTCTCTTCCTCTTCCTCTCTCCTAGGGTTTTTCTTGTGTTCGAGTCCAAGAATCTGCAAGCGC
GTTTGATAGTATCAACGATGAAGCCGATATTTGTTGGGAACTTTGGGTATGACACCCGGCAATCTGAGCTGGAGCGGGCATTCGCCAAATATGGGAGGGTCGATAGGATC
GACATGAAATCTGGTTTTGCTTTTGTTTACTTTGAAGACGAGAGGGATGCTGATGATGCTATTCGTGGCCTTGATAACATGCCATTTGGTCATGATAGACGCAGATTGTC
TGTGGAATGGGCTAGGGGTGAACGGGGTCGTCATCGTGATGGATCCAAGTCGATGGCAAATCAGAGGCCAACCAAAACCTTGTTTGTGATCAATTTCGACCCTATTCATA
CTAGAGTTCGTGATATTGAAAGACATTTTGAACCTTATGGGAAGGTCCTCAATGTTCGCATAAGAAGGAACTTTTCATTTGTACAATTTGAGACGCAGGAGGAGGCAACC
AAAGCCCTTGAGTGTACCCACATGAGCAAAATATTAGACAGGGTTGTGTCAGTTGAGTATGCTTTGAGGGATGATGGTGAGAGGGGTGACCCTTATGATGATAGCCCCCG
GAGAACAGCATATGGGCGGCCTGGGGATAGTCCTTACCGGAGGTCACCTAGTCCGTTGCGCCGTCGACCAAGTCCTGACTATGGGCCACGCAGCCCTGCTTATGACAGGT
ATAATGGCCCTCGTGAACGACGCAAGAGTCCTGATTGTGAACGACGCAAGAGTCCTGATTATGCTCGGAATCGAAGCCCTGAATATGGCAGATACCGCAGTCGTTCACCC
ATTCGGAGGTCAAGAACCTGAAGAAAAAAGCTAATTTGGATTTTCAGTTACATTCTTAGGTGTAGGTAATGGTGGAGTGTTTAGATATTAGTGACAAGTTCCTGTACTAT
AAAACCAACCCCTATATTGACTACTTGAACAATTGTTGGTAGTTTGGGGATGATGATGAAACACGTTTCTCTGTTTTTGCATTAGTAGTTGCTTTGGTGTACAACGTTTT
ACCAAGGCTGTCCTGTCTTAACGATTTGTCAGTGGCCACGAGCCGGCGTCCTTTCAGTTAGTGTTAATTCCTGGTTTACTTCTATCTAGTACGTCTTGTCTAAACGATTT
GTGGCATTGCATGAGCTTCGTTGAATTCCCTCACTGAGGCCCTTTTATTTTTCATCATTTCTCTCCGCCCCCAAGTAAGGTCAGTTCTTTTGAATC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGGFVDCNWYNGSAKMVRSMRLDDVRFVGLLLGCSYGSMIAKGRQLFEPMESFLFLFLSPRVFLVFESKNLQARLIVSTMKPIFVGNFGYDTRQSELERAFAKYGRVDRI
DMKSGFAFVYFEDERDADDAIRGLDNMPFGHDRRRLSVEWARGERGRHRDGSKSMANQRPTKTLFVINFDPIHTRVRDIERHFEPYGKVLNVRIRRNFSFVQFETQEEAT
KALECTHMSKILDRVVSVEYALRDDGERGDPYDDSPRRTAYGRPGDSPYRRSPSPLRRRPSPDYGPRSPAYDRYNGPRERRKSPDCERRKSPDYARNRSPEYGRYRSRSP
IRRSRT