; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh07G001300 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh07G001300
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationCmo_Chr07:703094..703891
RNA-Seq ExpressionCmoCh07G001300
SyntenyCmoCh07G001300
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6594489.1 hypothetical protein SDJN03_11042, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.7e-151100Show/hide
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XP_023518950.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.0e-15099.62Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3AZZ0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.5e-14796.23Show/hide
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A0A5D3CNU3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.5e-14796.23Show/hide
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A0A6J1EKV1 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.7e-151100Show/hide
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A0A6J1KNR2 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.2e-15098.87Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)8.6e-14595.29Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic6.2e-14392.42Show/hide
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P27491 Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic2.2e-14089.14Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic8.1e-14390.19Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.2e-14190.26Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 33.1e-13486.52Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 23.1e-13486.52Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AG A+ LSP A ++ GS R++MRKT +K +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 18.3e-13586.89Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AG A+KLSP A ++ GS R++MRKT +K +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B29.2e-13486.89Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AG A+K  P A D+ GS R++MRKT +K +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B11.7e-13587.22Show/hide
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        MAASTMALSSP+L G A+KLSP A ++ G+ RI+MRK +     SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGNAIKLSPNAPDIQGSSRISMRKTASKQVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCTTCCACAATGGCTCTCTCCTCCCCATCTCTGGCCGGCAACGCCATCAAACTCTCCCCCAATGCCCCTGATATTCAGGGCAGTTCAAGAATCAGCATGAGGAA
GACCGCCTCCAAGCAAGTTTCCTCCGGCAGCCCATGGTATGGCCCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCCCCATCCTACCTCACCGGAGAATTCC
CCGGTGACTACGGCTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCCGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTGATCCACTCCAGGTGGGCCATGCTTGGAGCTTTG
GGCTGTGTCTTCCCCGAGCTTCTCTCCCGCAACGGCGTGAAGTTCGGCGAGGCCGTGTGGTTCAAGGCTGGATCTCAGATCTTCAGCGAGGGAGGTCTCGACTACTTGGG
CAACCCCAGCTTGGTCCACGCACAGAGCATTCTGGCCATCTGGGCCTGCCAGGTCGTGTTGATGGGCGCCGTTGAGGGCTACCGTATTGCCGGCGGTCCCCTCGGGGAGA
TTACCGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCCGATGACCCAGAGGCGTTCGCAGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTCAAAAATGGAAGGCTTGCC
ATGTTCTCCATGTTCGGCTTCTTCGTTCAGGCCATTGTTACTGGAAAGGGACCATTGGAGAACTTGGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGTCCTA
CGCCACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CGCCACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK