; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh07G012150 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh07G012150
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationCmo_Chr07:6609057..6614882
RNA-Seq ExpressionCmoCh07G012150
SyntenyCmoCh07G012150
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.1e-8897.45Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]1.4e-8394.9Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]1.3e-8997.96Show/hide
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XP_022978292.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita maxima]1.6e-8493.37Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.5e-8594.39Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.6e-8494.9Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.6e-8494.9Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.2e-9097.96Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.2e-9097.96Show/hide
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A0A6J1IKQ7 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.8e-8593.37Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR11.8e-3858.33Show/hide
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        F G   GRGGGGF GGGR GGRGG   RD GPP+ V+E+  F+HACEG+ V + TN K+P FNAPIYL+NKT +GKVDE+ GPIN+ YF+IK  EGI AT
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        S+  GDKFYI   KLLPL RFLP+PK                         G   +RGGGRGGGRGG  G RGGGGF      GRGG PRGGRGG  RGG
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        GRGG
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 19.0e-3864.76Show/hide
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        EIFG + + YFSIK+ E + A+S+    KFYIDPAKLLPL RFLP+P G+    RGGGRGGGRGGGR   GGR GGGGFR GRGG  GG GG    RGGG
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         RGG   R G
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR13.4e-3756.67Show/hide
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        GGF GGRGG RGG G RGG R     GG    +GPP  V+E+  F+H CEGD V +  N K+P+FNAPIYL+NKTQ+GKVDEI GP+NE YF+IK  EG+
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         ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK              G  A RGG RG  GGRGG RGG GG     GGF GRGG RGG GG  RGG RGG   
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        R GS  G  G
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 13.5e-5878.97Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 26.0e-5073.58Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein2.5e-5978.97Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.3e-5173.58Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TGGTCGCGGCGGCGGAGGGTTCCGTGATGAGGGTCCTCCATCTGAAGTAGTTGAGGTTTCAACTTTTCTTCACGCATGCGAGGGAGATGCAGTGACAAAGCTCACAAATG
AGAAGATTCCTTTTTTTAATGCCCCAATCTATCTTCAAAACAAGACCCAGATAGGCAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCTATCAATGAATCCTACTTCTCGATCAAGATG
ATGGAAGGAATTGTGGCCACCTCATATGCTTCTGGGGATAAATTTTATATCGATCCAGCTAAACTTTTACCTCTCGCGAGATTCCTCCCACAACCAAAGGGACAGTTTGC
CGCTAGAGGTGGTGGCCGTGGTGGGGGCAGAGGTGGTGGCAGAGGAGGCCGTGGGGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGGGGTGGCCCAAGAGGTGGCAGAGGCGGCCCTCCAA
GAGGTGGTGGCCGTGGTGGGGAATTCAACAGGAAGGGAAGCACCACTGGGGTGGCGGGTGGAGCATCTCTCCTTTATTTAGAGATGAGAAAAGCAGCTGCTCAGGCTTCC
CAACCCCTCAGTACAGTGGCTCTGGCGACACGGTTGACTCCAAGTGTAAAAGCGCCCATGCGGAGGTCACAATTATGGGATTTGCACATCTCCTTCACATCTTTGAAGCC
ATTCGTCATGCAACCTGTGGACCTGTTCCCATATCAGGCGCTGGAACATCGGTGTGGACACCGACAAGATCATAAATATGACTTCAATATGATTCCCGGATCATTCAAGG
TCTCAAGTTCAAACTTCAAGTTAAAAAGGGACTCTAGAAGGCTGATTCAAGTTACAAATGTTATTCGAAAGATGCATCATTTTGAGCTGTTGGATTATTATAGAGAGAGA
AAGAGAGCTGACCTCAGTGTTAGCACCAAATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TCAGCGCGAAACCACACACATAAAACCCTAAAAACCCTACACGACATATTGCAGTGAGCCTCCGTTCAGTAAAAGCTCCCTCGTTTTAGCACAGCAAGAGCAGAAGAATG
CGACCTCCAAGAGGCGGCGGTGGCTTCAGGGGGGGCCGTGACGGTGGTTTTGGTGGTAGAGGAGGCGGTCGAGGCGGCGGTGGCTTCAGGGGAGGTGGTCGCTTTGGTGG
TCGCGGCGGCGGAGGGTTCCGTGATGAGGGTCCTCCATCTGAAGTAGTTGAGGTTTCAACTTTTCTTCACGCATGCGAGGGAGATGCAGTGACAAAGCTCACAAATGAGA
AGATTCCTTTTTTTAATGCCCCAATCTATCTTCAAAACAAGACCCAGATAGGCAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCTATCAATGAATCCTACTTCTCGATCAAGATGATG
GAAGGAATTGTGGCCACCTCATATGCTTCTGGGGATAAATTTTATATCGATCCAGCTAAACTTTTACCTCTCGCGAGATTCCTCCCACAACCAAAGGGACAGTTTGCCGC
TAGAGGTGGTGGCCGTGGTGGGGGCAGAGGTGGTGGCAGAGGAGGCCGTGGGGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGGGGTGGCCCAAGAGGTGGCAGAGGCGGCCCTCCAAGAG
GTGGTGGCCGTGGTGGGGAATTCAACAGGAAGGGAAGCACCACTGGGGTGGCGGGTGGAGCATCTCTCCTTTATTTAGAGATGAGAAAAGCAGCTGCTCAGGCTTCCCAA
CCCCTCAGTACAGTGGCTCTGGCGACACGGTTGACTCCAAGTGTAAAAGCGCCCATGCGGAGGTCACAATTATGGGATTTGCACATCTCCTTCACATCTTTGAAGCCATT
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CAAGTTCAAACTTCAAGTTAAAAAGGGACTCTAGAAGGCTGATTCAAGTTACAAATGTTATTCGAAAGATGCATCATTTTGAGCTGTTGGATTATTATAGAGAGAGAAAG
AGAGCTGACCTCAGTGTTAGCACCAAATAAGACAAGCAAATAGAGAGAGAAAACAAGCACAGGTTGAGCTATTTACCTTGGAGATCGACAAAAATGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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MEGIVATSYASGDKFYIDPAKLLPLARFLPQPKGQFAARGGGRGGGRGGGRGGRGGGGFRGRGGPRGGRGGPPRGGGRGGEFNRKGSTTGVAGGASLLYLEMRKAAAQAS
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