; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh08G006240 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh08G006240
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionHistone H2A
Genome locationCmo_Chr08:3807888..3812500
RNA-Seq ExpressionCmoCh08G006240
SyntenyCmoCh08G006240
Gene Ontology termsGO:0009266 - response to temperature stimulus (biological process)
GO:0031507 - heterochromatin assembly (biological process)
GO:0044030 - regulation of DNA methylation (biological process)
GO:0000786 - nucleosome (cellular component)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046982 - protein heterodimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002119 - Histone H2A
IPR007125 - Histone H2A/H2B/H3
IPR009072 - Histone-fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
RZS25832.1 hypothetical protein BHM03_00059093 [Ensete ventricosum]1.0e-3486.32Show/hide
Query:  MQLMMDWVDKVWPFPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        M L++ W+  V  FPVGR+HRQLKTR++ANGRVGATAAVY+AAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  MQLMMDWVDKVWPFPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

XP_022953233.1 probable histone H2A variant 3 [Cucurbita moschata]1.0e-34100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

XP_038693377.1 probable histone H2A variant 3 isoform X1 [Tripterygium wilfordii]1.0e-34100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

XP_038693378.1 probable histone H2A variant 2 isoform X2 [Tripterygium wilfordii]6.5e-3780.56Show/hide
Query:  IWQNYFYILINMQLMMDWVDKVWP--FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLI
        +W +    ++ M+L ++ ++  WP  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLI
Subjt:  IWQNYFYILINMQLMMDWVDKVWP--FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLI

Query:  KGTIAGGG
        KGTIAGGG
Subjt:  KGTIAGGG

XP_038712921.1 histone H2A variant 1-like [Tripterygium wilfordii]1.0e-34100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1GMV1 Histone H2A5.1e-35100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

A0A6J1JQN2 Histone H2A5.1e-35100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

A0A6P6XCE8 Histone H2A5.1e-35100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

A0A7J7D5X3 Histone H2A5.1e-35100Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

F6HX79 Histone H2A3.9e-3594.19Show/hide
Query:  KVWPFPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        ++ PFPVGRVHR LKTRV+ANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  KVWPFPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O23628 Histone H2A variant 13.4e-3695.12Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLKTRV+A+GRVGATAAVYTA+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

Q84MP7 Probable histone H2A variant 32.9e-3593.9Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK R  ANGRVGATAAVY+AAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

Q8H7Y8 Probable histone H2A variant 13.7e-3592.68Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK+R +A+GRVGATAAVY+AAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

Q8S857 Probable histone H2A variant 22.6e-3696.34Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK RV+ANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

Q9SII0 Probable histone H2A variant 21.7e-3593.9Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK RV+A+GRVGATAAVYTA+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G52740.1 histone H2A protein 91.0e-3593.9Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGRVHR LKTR  A+GRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRI+PRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

AT2G38810.1 histone H2A 81.2e-3693.9Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK RV+A+GRVGATAAVYTA+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

AT2G38810.2 histone H2A 81.2e-3693.9Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK RV+A+GRVGATAAVYTA+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

AT2G38810.3 histone H2A 81.2e-3693.9Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLK RV+A+GRVGATAAVYTA+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG

AT3G54560.1 histone H2A 112.4e-3795.12Show/hide
Query:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
        FPVGR+HRQLKTRV+A+GRVGATAAVYTA+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG
Subjt:  FPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCATTGATTGAAGATTCTAAAATTCCGTTGATATGGAATTTCGAATTGATTTCCAGTTATTCATCAACTATAGGTCTTCCCTGTAACATACCCAGACGTAAAAATTT
GAAGATTTGGCAAAACTACTTTTATATTTTGATCAATATGCAACTTATGATGGACTGGGTGGATAAAGTGTGGCCGTTTCCAGTGGGAAGGGTTCACCGGCAACTTAAAA
CAAGAGTTGCCGCCAACGGTCGTGTCGGGGCTACAGCAGCTGTATACACAGCAGCGATCTTGGAGTACCTGACTGCAGAAGTGTTAGAGCTGGCCGGGAACGCGAGCAAG
GATCTGAAGGTAAAGCGTATAACACCAAGGCATTTGCAGCTTGCAATCAGAGGAGATGAAGAACTGGACACACTCATTAAAGGAACCATTGCTGGTGGAGGAGCACAAGG
AGATACGAAGATATTTCTTGTTTTGGAGTTTGGAAGCCATAACTCGGGAAGAGTTGAGGGAGACGAGAGCATCCTCGACACCACCAACCACCAGCACGGGCATCTCTTCA
ACAGACTTCACCAAAGCTTCGACGTTTTGAGGAGAAATCTTCTGCACGGAGCCTCGAAGTTAATCCCCAACCAGGCCGATCATAAGCTGCAACTCTGCAACCAGTCTGCC
TTGCAAGCACCCCCATCACATAAGGAGTCGGAGATCGAGGGATCTTCTGGTAGCCAGAGAACACATTTTTGCAAGAAAGGACCTGCCAAGTCAAATGGGATTCTTCTGGG
TCAACACGATGCAATAGAAGCTTTCTACGTGCTCTGCAGCTTGTTCTGTATGCCACAACCGTATGGCCGAGGGCAAAGGCTACTGAAGATAGAAACAAAACTGGCATCCC
CCATGATTTCTTTAAGTGAAGCCTCTGCCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCATTGATTGAAGATTCTAAAATTCCGTTGATATGGAATTTCGAATTGATTTCCAGTTATTCATCAACTATAGGTCTTCCCTGTAACATACCCAGACGTAAAAATTT
GAAGATTTGGCAAAACTACTTTTATATTTTGATCAATATGCAACTTATGATGGACTGGGTGGATAAAGTGTGGCCGTTTCCAGTGGGAAGGGTTCACCGGCAACTTAAAA
CAAGAGTTGCCGCCAACGGTCGTGTCGGGGCTACAGCAGCTGTATACACAGCAGCGATCTTGGAGTACCTGACTGCAGAAGTGTTAGAGCTGGCCGGGAACGCGAGCAAG
GATCTGAAGGTAAAGCGTATAACACCAAGGCATTTGCAGCTTGCAATCAGAGGAGATGAAGAACTGGACACACTCATTAAAGGAACCATTGCTGGTGGAGGAGCACAAGG
AGATACGAAGATATTTCTTGTTTTGGAGTTTGGAAGCCATAACTCGGGAAGAGTTGAGGGAGACGAGAGCATCCTCGACACCACCAACCACCAGCACGGGCATCTCTTCA
ACAGACTTCACCAAAGCTTCGACGTTTTGAGGAGAAATCTTCTGCACGGAGCCTCGAAGTTAATCCCCAACCAGGCCGATCATAAGCTGCAACTCTGCAACCAGTCTGCC
TTGCAAGCACCCCCATCACATAAGGAGTCGGAGATCGAGGGATCTTCTGGTAGCCAGAGAACACATTTTTGCAAGAAAGGACCTGCCAAGTCAAATGGGATTCTTCTGGG
TCAACACGATGCAATAGAAGCTTTCTACGTGCTCTGCAGCTTGTTCTGTATGCCACAACCGTATGGCCGAGGGCAAAGGCTACTGAAGATAGAAACAAAACTGGCATCCC
CCATGATTTCTTTAAGTGAAGCCTCTGCCTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MALIEDSKIPLIWNFELISSYSSTIGLPCNIPRRKNLKIWQNYFYILINMQLMMDWVDKVWPFPVGRVHRQLKTRVAANGRVGATAAVYTAAILEYLTAEVLELAGNASK
DLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGAQGDTKIFLVLEFGSHNSGRVEGDESILDTTNHQHGHLFNRLHQSFDVLRRNLLHGASKLIPNQADHKLQLCNQSA
LQAPPSHKESEIEGSSGSQRTHFCKKGPAKSNGILLGQHDAIEAFYVLCSLFCMPQPYGRGQRLLKIETKLASPMISLSEASA