; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh08G011180 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh08G011180
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionXS domain-containing protein
Genome locationCmo_Chr08:7125270..7131903
RNA-Seq ExpressionCmoCh08G011180
SyntenyCmoCh08G011180
Gene Ontology termsGO:0031047 - gene silencing by RNA (biological process)
InterPro domainsIPR005380 - XS domain
IPR038588 - XS domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6593889.1 Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3-like protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.8e-12294.4Show/hide
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XP_023514023.1 uncharacterized protein LOC111778436 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.7e-12093.1Show/hide
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XP_038874568.1 uncharacterized protein LOC120067168 [Benincasa hispida]7.0e-11185.71Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K3G5 XS domain-containing protein7.5e-11184.75Show/hide
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A0A1S3BHM0 uncharacterized protein LOC1034896682.9e-11085.78Show/hide
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A0A6J1CA20 uncharacterized protein LOC1110095862.3e-10783.62Show/hide
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A0A6J1EWJ6 uncharacterized protein LOC1114367863.8e-12394.83Show/hide
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A0A6J1L434 uncharacterized protein LOC1114989661.2e-10884.48Show/hide
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        KIRD           LGFGGGKSKSLYGR+GHLGTTLIKFSG+QSGLNEAK+LAEFFEKDNHGR  WA +RPAA   DDDKNPNLVKVDEK+GER RIFY
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        GYLATAADM+KVDFDTRKKV IES RD K SR
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A1Y2B7 Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog2.1e-0926.19Show/hide
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        LH+ L  L+    S+     RG   L A E     + L       I+WPP+VI+ NT + K +D + +G+GN+              +L+   G +   K
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        ++  YG  GH G +++ F     G  EA+RL + F      R +W                +L KV    G + ++ YG+LA   DM+  +      +R 
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Query:  KVAIESYRDI
        K  + SY ++
Subjt:  KVAIESYRDI

A2ZIW7 Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog1.0e-0824.39Show/hide
Query:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA
        I+WPP+V++ NT++ + +D + +G+GN+ +     +             +   K++  YG  GH G +++ F     G  EA+RL + F +    R  W 
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Query:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMDKVD----FDTRKKVAIESYRDI
                          KV    G + ++ YG+LAT  DM+  +      +R K  + SY ++
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A5YVF1 Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 31.8e-0827.61Show/hide
Query:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA
        I+WPP+VII NT + K ++ +  G+GN+ +             L     +   K++  YG +GH G +L+ F     G  EA RL+E F ++   R AW 
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Query:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMDKVD----FDTRKKVAIESYRD
          R +A      K               R+ YGY+A   D+D  +      ++ K  + SY++
Subjt:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMDKVD----FDTRKKVAIESYRD

Q2QWE9 Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog1.0e-0824.39Show/hide
Query:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA
        I+WPP+V++ NT++ + +D + +G+GN+ +     +             +   K++  YG  GH G +++ F     G  EA+RL + F +    R  W 
Subjt:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA

Query:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMDKVD----FDTRKKVAIESYRDI
                          KV    G + ++ YG+LAT  DM+  +      +R K  + SY ++
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Q9LDX1 Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 37.5e-0726.83Show/hide
Query:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA
        I+WPP+VII NT + K  + +  G+GN+ +  +  D+  +L            +++  YG +GH G +++ F    +G  EA+RL     +    R AW 
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Query:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMD----KVDFDTRKKVAIESYRDI
          R    G                    R  YG+LAT  D+D         TR K  ++SY+++
Subjt:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMD----KVDFDTRKKVAIESYRDI

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G12550.1 XH/XS domain-containing protein1.4e-0528.04Show/hide
Query:  QEDLIMWPPLVIIHNTIIGKGKDGR--MEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNH
        Q + ++WP   ++ N      +DGR      G K  D  IR             GF   + ++++ R GH GT +++F+ + +GL +A    + +E D H
Subjt:  QEDLIMWPPLVIIHNTIIGKGKDGR--MEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNH

Query:  GRKAWAC
        G+K W C
Subjt:  GRKAWAC

AT3G12550.2 XH/XS domain-containing protein1.4e-0528.04Show/hide
Query:  QEDLIMWPPLVIIHNTIIGKGKDGR--MEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNH
        Q + ++WP   ++ N      +DGR      G K  D  IR             GF   + ++++ R GH GT +++F+ + +GL +A    + +E D H
Subjt:  QEDLIMWPPLVIIHNTIIGKGKDGR--MEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNH

Query:  GRKAWAC
        G+K W C
Subjt:  GRKAWAC

AT3G22430.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Domain of unknown function XS (InterPro:IPR005380)3.4e-7959.48Show/hide
Query:  RSSRDFPDMHGLIMHTYNCDSADLLVDHLGLHKALCVLMGWNYSKPPDSSRGYRYLSADEAAANQEDLIMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDS
        RSS+D  D H L+MHTY  D +   V HLGLHKALCVLMGWN+SK PD+S+ Y+ L ADEAA NQ  LI+WPP VI+ NT  GKGK+GRMEG GNK MD+
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Query:  KIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWACIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFY
        +IR+           LG  GGKSKSLYGREGHLG TL KF+G+ SGL +A R+AE+FEK N GRK+W  ++P     DD+KNP LV+VD +TGE+ RIFY
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Query:  GYLATAADMDKVDFDTRKKVAIESYRDIKSSR
        GYLAT  D+DKVD +T+KK  IES R++  ++
Subjt:  GYLATAADMDKVDFDTRKKVAIESYRDIKSSR

AT5G23570.1 XS domain-containing protein / XS zinc finger domain-containing protein-related5.3e-0826.83Show/hide
Query:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA
        I+WPP+VII NT + K  + +  G+GN+ +  +  D+  +L            +++  YG +GH G +++ F    +G  EA+RL     +    R AW 
Subjt:  IMWPPLVIIHNTIIGKGKDGRMEGLGNKAMDSKIRDRIRSLFKLMRKLGFGGGKSKSLYGREGHLGTTLIKFSGEQSGLNEAKRLAEFFEKDNHGRKAWA

Query:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMD----KVDFDTRKKVAIESYRDI
          R    G                    R  YG+LAT  D+D         TR K  ++SY+++
Subjt:  CIRPAALGNDDDKNPNLVKVDEKTGERNRIFYGYLATAADMD----KVDFDTRKKVAIESYRDI


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTTGCTTTCAGGTCCTCTAGAGATTTTCCAGATATGCATGGCCTTATTATGCACACATACAACTGTGATAGCGCTGACTTGCTAGTAGATCATCTGGGTTTACACAA
AGCTCTTTGTGTATTAATGGGGTGGAACTACTCAAAGCCTCCTGATAGTTCAAGAGGGTACCGGTATCTATCTGCTGATGAAGCAGCAGCTAACCAGGAGGATCTGATTA
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