; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh09G005230 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh09G005230
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like
Genome locationCmo_Chr09:2443653..2446976
RNA-Seq ExpressionCmoCh09G005230
SyntenyCmoCh09G005230
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0034220 - ion transmembrane transport (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0005216 - ion channel activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7024518.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.0e-12497.46Show/hide
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KAG7037569.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]9.4e-8695.53Show/hide
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TYK31362.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]7.2e-8688.14Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]3.5e-8897.19Show/hide
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XP_022936894.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like [Cucurbita moschata]2.1e-93100Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5D3E624 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X13.5e-8688.14Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.7e-8897.19Show/hide
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A0A6J1FF03 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like1.0e-93100Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like4.6e-8695.53Show/hide
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A0A6J1IEF6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like1.0e-93100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ228.6e-6673.98Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R       GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSP  RS   PRRRS SP   RGRSYS+S PPYR REE+PYANG
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A6.8e-6372.73Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+  G GGR        G S+ KCYECGE 
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.5e-5970.88Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS        GGR R  GGS++KCYECGE 
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        GHFARECRLR G GG G G      R RSRSP+YR+SP+YGRRSYSP  RSPRRRS+SP RGRSYS+SP  RGR   PYA+G
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ236.2e-5663.77Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +     G G GR RS GGSD+KCYECGEP
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        GHFARECRLR G GG G G              GR RSRSPRYRRSPSYGR   SP  RSP+RRS S      R RSYS+SPP                R
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Query:  EELPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.9e-6876.56Show/hide
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        ECGE GHFARECR RGG G      GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSP  RS   PRRRS SPRGR+YS+S PPYR R+E+PYANG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.7e-5665.31Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGG GR GG  D KCYECGE 
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        GHFARECR        G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SP GR   PRRRS++P  RGRSYS+SPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.7e-5665.31Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGG GR GG  D KCYECGE 
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Query:  GHFARECRLRGGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYG--RRSYSPHGR--SPRRRSLSP--RGRSYSKSPPYRGR-------------EELPYANG
        GHFARECR        G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SP GR   PRRRS++P  RGRSYS+SPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein1.3e-6976.56Show/hide
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        ECGE GHFARECR RGG G      GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSP  RS   PRRRS SPRGR+YS+S PPYR R+E+PYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 226.1e-6773.98Show/hide
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Query:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPHGRS---PRRRSLSP---RGRSYSKS-PPYRGREELPYANG
        CYECGE GHFARECR R       GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSP  RS   PRRRS SP   RGRSYS+S PPYR REE+PYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 226.1e-6773.98Show/hide
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        MSRVYVGNLDPRV+ERELEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF+DF+D RDARDAI  LDGKNGWRVE SHN    GGGGRGG RG  G      GGSDLK
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Query:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPHGRS---PRRRSLSP---RGRSYSKS-PPYRGREELPYANG
        CYECGE GHFARECR R       GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSP  RS   PRRRS SP   RGRSYS+S PPYR REE+PYANG
Subjt:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPHGRS---PRRRSLSP---RGRSYSKS-PPYRGREELPYANG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCAAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGCGTGTTTGGAGTTATTCGAAGCGTATGGGTTGCACGGAGACC
CCCAGGTTATGCGTTTATAGATTTTGATGATACCAGAGATGCACGGGATGCAATCCATGAATTGGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGTGGAGGCCGTGGAGGGGGCCGTGGTCGTTCTGGCGGTGGTTCTGATCTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGCCATTTTGCTCGTGAGTGCCGTTTACGT
GGTGGCGGTGGCGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCATGGAAGATC
TCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAAATCACCTCCCTACCGTGGTAGAGAGGAGCTACCTTATGCCAATGGCTACAGAAAAATATGTTCTC
CAGCTTTAGGCATTCTTTGTTCTGTAATATTTAGGATGCAGAAATGGCATAAAGGATCGTCGTCGGAGCAGGAGCTGAGGACCACTGACTTCTCGACCTGCCTTAGTTTA
CAGAGGATGTTTAAAGGATTACTCCGTCGTCTGCTTCTGCTTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTGTGCTTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTGTGCTTCTGCCCTATCCT
GGGATTTCGTTCTACACTGCCCAGCTCTGGGATCTTCAATTTGAAAGGTTGTAGGTCCCAGCCGGCTACAACTGTAGATGCTACTATTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTCGACCTAAATTCGGCAGGCATATAAAAGCTTTTGTAGTACCCGAAACCCAAAATATTCGCACCTACACAAACCCGTCGGGCTGCTAGGGTTTTTTCGATACGTGCATC
GTTCGTTCTGATCTGTTCGTTTCTTGAAAAGCAATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCAAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGCGTGTTTGG
AGTTATTCGAAGCGTATGGGTTGCACGGAGACCCCCAGGTTATGCGTTTATAGATTTTGATGATACCAGAGATGCACGGGATGCAATCCATGAATTGGATGGGAAGAATG
GCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAGGTGGTGGTGGAGGCCGTGGAGGGGGCCGTGGTCGTTCTGGCGGTGGTTCTGATCTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAG
CCTGGCCATTTTGCTCGTGAGTGCCGTTTACGTGGTGGCGGTGGCGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTA
TGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCATGGAAGATCTCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAAATCACCTCCCTACCGTGGTAGAGAGGAGCTAC
CTTATGCCAATGGCTACAGAAAAATATGTTCTCCAGCTTTAGGCATTCTTTGTTCTGTAATATTTAGGATGCAGAAATGGCATAAAGGATCGTCGTCGGAGCAGGAGCTG
AGGACCACTGACTTCTCGACCTGCCTTAGTTTACAGAGGATGTTTAAAGGATTACTCCGTCGTCTGCTTCTGCTTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTGTGCTTCTGCTTC
TGCTTCACTGCTTTTGTGCTTCTGCCCTATCCTGGGATTTCGTTCTACACTGCCCAGCTCTGGGATCTTCAATTTGAAAGGTTGTAGGTCCCAGCCGGCTACAACTGTAG
ATGCTACTATTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDTRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGGGGRGGGRGRSGGGSDLKCYECGEPGHFARECRLR
GGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPHGRSPRRRSLSPRGRSYSKSPPYRGREELPYANGYRKICSPALGILCSVIFRMQKWHKGSSSEQELRTTDFSTCLSL
QRMFKGLLRRLLLLLLLLHCFCASASASLLLCFCPILGFRSTLPSSGIFNLKGCRSQPATTVDATI