CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh09G005870
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	MADS-box transcription factor 23-like
Genome location	Cmo_Chr09:2887070..2888810
RNA-Seq Expression	CmoCh09G005870
Synteny	CmoCh09G005870
Gene Ontology terms	GO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0000977 - RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding (molecular function) GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function) GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domains	IPR002100 - Transcription factor, MADS-box IPR033896 - MADS MEF2-like IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

XP_022936832.1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X1 [Cucurbita moschata]

1.6e-24

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XP_022975993.1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X1 [Cucurbita maxima]

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XP_022975994.1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X2 [Cucurbita maxima]

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XP_022975997.1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X5 [Cucurbita maxima]

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XP_023536068.1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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TrEMBL top hits

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A0A6J1FEC1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X1

7.8e-25

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A0A6J1IEK5 MADS-box transcription factor 23-like isoform X5

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A0A6J1IIA1 MADS-box transcription factor 23-like isoform X3

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A0A6J1IKT5 MADS-box transcription factor 23-like isoform X1

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A0A6J1IM79 MADS-box transcription factor 23-like isoform X2

7.8e-25

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SwissProt top hits

e value

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A2RVQ5 Agamous-like MADS-box protein AGL16

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Q6EP49 MADS-box transcription factor 27

2.7e-22

74.32

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        MGR KIVIRRIDNSTSRQVTFSKRR+G+ KKA+ELAILCDA+VG++IFSST +LYEYSS+  KSVI  + K+K+
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Q6Z6W2 MADS-box transcription factor 57

6.0e-22

77.27

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Q9SI38 MADS-box transcription factor ANR1

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Q9SZJ6 Agamous-like MADS-box protein AGL21

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Arabidopsis top hits

e value

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Alignment

AT2G14210.1 AGAMOUS-like 44

7.2e-23

77.78

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AT2G22630.1 AGAMOUS-like 17

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AT3G57230.1 AGAMOUS-like 16

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AT3G57230.2 AGAMOUS-like 16

7.2e-23

80.3

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AT4G37940.1 AGAMOUS-like 21

7.2e-23

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGGAGATGCAAGATTGTAATTAGGAGGATCGATAATTCGACGAGCAGACAAGTGACTTTCTCAAAGCGTAGGAGCGGACTGCTGAAGAAGGCGGAAGAACTGGCGAT
CCTTTGCGACGCCGATGTTGGAGTCATCATCTTCTCCAGCACTAACAAACTCTACGAATACTCCAGCTCCAGGTTCAAAAGTGTTATATTCTCAAAGAACAAAGAAGCAT
GGTTCGAGCAATAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TGTGAATCTGTTTCAGTACAACGCTCAGTAGAAAAGCGTTGATTCTGTTTGATCTCTCTTTGTCTTGATTCGTACCAGCTCCGCACTCAACCGCAAAAAAGAAACGAGTG
GCGGATCTAAGCATGGGGAGATGCAAGATTGTAATTAGGAGGATCGATAATTCGACGAGCAGACAAGTGACTTTCTCAAAGCGTAGGAGCGGACTGCTGAAGAAGGCGGA
AGAACTGGCGATCCTTTGCGACGCCGATGTTGGAGTCATCATCTTCTCCAGCACTAACAAACTCTACGAATACTCCAGCTCCAGGTTCAAAAGTGTTATATTCTCAAAGA
ACAAAGAAGCATGGTTCGAGCAATAG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGRCKIVIRRIDNSTSRQVTFSKRRSGLLKKAEELAILCDADVGVIIFSSTNKLYEYSSSRFKSVIFSKNKEAWFEQ

CmoCh09G005870 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome