; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh11G002830 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh11G002830
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptiontranscription factor JAMYB-like
Genome locationCmo_Chr11:1374418..1375700
RNA-Seq ExpressionCmoCh11G002830
SyntenyCmoCh11G002830
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain
IPR044676 - MYB-like transcription factor EOBI/EOBII-like, plant


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6587655.1 Transcription factor MYB2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.1e-15498.57Show/hide
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XP_038901337.1 transcription factor MYB62-like [Benincasa hispida]1.3e-11976.71Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BWZ6 transcription factor MYB24-like7.9e-11575.36Show/hide
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        SRWGNRWSKIAQ LPGRTDNEIKNYWRT+VQKQAK+LNI TNS EFK+IINR WIPRL+ QIN+SS+         PPPP+     P  Q SD+D+LP  
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        DG RRHF  EQNSTSSES++ISQVSDPFSDVPSWNH G E  AA+F+Y  GDS    T W+DDDDSF GCLWNFDGLWQF
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A0A5D3DYB4 Transcription factor MYB24-like7.9e-11575.36Show/hide
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        DG RRHF  EQNSTSSES++ISQVSDPFSDVPSWNH G E  AA+F+Y  GDS    T W+DDDDSF GCLWNFDGLWQF
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A0A6J1C0P4 transcription factor JAMYB-like1.0e-9069.57Show/hide
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        ++SQ+SSCSSS VVED Q GLRRGPWT DEDSLL+ SISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRG+LSP EQLLILDLH RWGNRWSK
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        IAQ LPGRTDNEIKNYWRTRVQ+QAKLLNIDTNS EFK+IINRFWIPRLVQQI+ ESSNS  PSSS SS P            QLSD+D       KR  
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        F T +             SDP  FSD VPSWNHG      DF YPIG+     T W+++DDS  G LWNF+GLWQF
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A0A6J1EF71 transcription factor JAMYB-like3.9e-162100Show/hide
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A0A6J1I942 transcription factor MYB62-like4.6e-14793.33Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q10MB4 Transcription factor MYB21.2e-5659.78Show/hide
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        +SS  E     LRRGPWTV+ED LLV+ I+ HGEGRWN LA  +GL+RTGKSCRLRWLNYL+PD++RGN++PQEQLLIL+LHSRWGNRWSKIAQHLPGRT
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        DNEIKNYWRTRVQK AK L  D NS +FK+++   W+PRLV++I  ++             P +      S  L ++  LPA D
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Q2QZJ8 Transcription factor JAMYB4.7e-5647.55Show/hide
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        LRRGPWTVDED  L++ IS HGEGRWN LA  +GL+RTGKSCRLRWLNYL+PDVKRGN + +EQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTR
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Query:  VQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQIN----------ESSNSPSSSFSSPPPPP-----NMPPARPASQLSDADTLPAADGKRRHFDTEQNST
        VQK AK LN D NS  FK+ +   W+PRL ++I+          + SN+  S  S           +  P+   S  SD+ T  + D K+ +     +  
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Query:  SSESMDISQVSDPFSDVPSWNHGSEMTAADFQYPIGDSRSPLTGWVDD-DDSFGGCLWNFDGLWQ
           S D  Q  D       W+   +     FQ         L GWV    +     LW+ + +W+
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Q9C9G7 Transcription factor MYB621.5e-5443.68Show/hide
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        S  E     LRRGPWT++ED+LL + I  +GEGRWN +A  +GL+RTGKSCRLRWLNYLKPD++RGNL+PQEQLLIL+LHS+WGNRWSKIAQ+LPGRTDN
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Query:  EIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPA--------------SQLSDADTLPAADGKRRH
        EIKNYWRTRVQKQA+ LNI++NS +F + +  FW+PRL++++ E ++S ++++  P    N     P+              S  S+ D   +      H
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Query:  FDTEQNSTSSESMDISQVSDPFSDVPSWNHGSEMTAADFQYPIGDSRS----PLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF
          T  +     + +I   S  F +      G  +   +  Y +    S       G+   +D     +WN D +WQF
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Q9FGY3 Transcription factor MYB781.3e-5368.61Show/hide
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        +RRGPWTV+ED  L++ I+ HGEGRWN LA  + L+RTGKSCRLRWLNYL+PDV+RGN++ +EQLLIL+LH+RWGNRWSKIAQ+LPGRTDNEIKNYWRTR
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        VQK AK L  D NS +FK+ +   W+PRLV++I  +S
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Q9LDE1 Transcription factor MYB1082.9e-5362.18Show/hide
Query:  SCSSSVVEDTQNGLRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPG
        S  ++ +ED  + L+RGPWT +ED  L++ I+ +GEGRWN L+  +GL+RTGKSCRLRWLNYL+PDV+RGN++ +EQLLIL+LHSRWGNRWSKIAQ+LPG
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Query:  RTDNEIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSS
        RTDNEIKNYWRTRVQK AK L  D NS +FK+ +   W+PRLV++I  +S S +++
Subjt:  RTDNEIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G25340.1 myb domain protein 1161.6e-5947.19Show/hide
Query:  RRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTRV
        R+GPWT++ED+LL + IS +GEGRWNLLA  SGL+R GKSCRLRWLNYLKPD+KRGNL+PQEQLLIL+LHS+WGNRWSKI+++LPGRTDN+IKNYWRTRV
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Query:  QKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLS----DADTLPAADGKR-------RHFDTEQNSTSSESM
        QKQA+ LNID+NS +F E++  FW PRL+ +I +  NS +++  +  P    P  R +  L     D  T  + D K+          +T  +   S   
Subjt:  QKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLS----DADTLPAADGKR-------RHFDTEQNSTSSESM

Query:  DISQVSDPFSDVPSWNH-------GSEMTAADFQYPIGDSRSPLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF
            VS+ +S  P           GS   +A     + DS+        +DD     +WN D +WQF
Subjt:  DISQVSDPFSDVPSWNH-------GSEMTAADFQYPIGDSRSPLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF

AT1G25340.2 myb domain protein 1168.2e-5645.69Show/hide
Query:  RRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTRV
        R+GPWT++ED+LL + IS +GEGRWNLLA     + +GKSCRLRWLNYLKPD+KRGNL+PQEQLLIL+LHS+WGNRWSKI+++LPGRTDN+IKNYWRTRV
Subjt:  RRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTRV

Query:  QKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLS----DADTLPAADGKR-------RHFDTEQNSTSSESM
        QKQA+ LNID+NS +F E++  FW PRL+ +I +  NS +++  +  P    P  R +  L     D  T  + D K+          +T  +   S   
Subjt:  QKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLS----DADTLPAADGKR-------RHFDTEQNSTSSESM

Query:  DISQVSDPFSDVPSWNH-------GSEMTAADFQYPIGDSRSPLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF
            VS+ +S  P           GS   +A     + DS+        +DD     +WN D +WQF
Subjt:  DISQVSDPFSDVPSWNH-------GSEMTAADFQYPIGDSRSPLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF

AT1G48000.1 myb domain protein 1128.2e-5656.45Show/hide
Query:  LRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTR
        +RRGPWTV+ED  LV  IS+HGEGRWN L+  +GL RTGKSCRLRWLNYL+PD++RG++S QEQ +IL+LHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTR
Subjt:  LRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTR

Query:  VQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLSDADTLPAADGKRRHFDTEQNSTS
        VQK AKLL  D NS +FK+ I   W+PRL+++I  + +   +S    P   ++  A  ++  S+A       G +  F T  + T+
Subjt:  VQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLSDADTLPAADGKRRHFDTEQNSTS

AT1G68320.1 myb domain protein 621.1e-5543.68Show/hide
Query:  SVVEDTQNGLRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDN
        S  E     LRRGPWT++ED+LL + I  +GEGRWN +A  +GL+RTGKSCRLRWLNYLKPD++RGNL+PQEQLLIL+LHS+WGNRWSKIAQ+LPGRTDN
Subjt:  SVVEDTQNGLRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRTDN

Query:  EIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPA--------------SQLSDADTLPAADGKRRH
        EIKNYWRTRVQKQA+ LNI++NS +F + +  FW+PRL++++ E ++S ++++  P    N     P+              S  S+ D   +      H
Subjt:  EIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPA--------------SQLSDADTLPAADGKRRH

Query:  FDTEQNSTSSESMDISQVSDPFSDVPSWNHGSEMTAADFQYPIGDSRS----PLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF
          T  +     + +I   S  F +      G  +   +  Y +    S       G+   +D     +WN D +WQF
Subjt:  FDTEQNSTSSESMDISQVSDPFSDVPSWNHGSEMTAADFQYPIGDSRS----PLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF

AT2G47190.1 myb domain protein 27.0e-5552.02Show/hide
Query:  SSSVVEDTQNGLRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRT
        S+S   +  + +R+GPWT +ED++LV+ +S+HG+ RWN +A  SGL+RTGKSCRLRWLNYL+PDV+RGN++ +EQ +IL LHS WGNRWSKIAQ+LPGRT
Subjt:  SSSVVEDTQNGLRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWGNRWSKIAQHLPGRT

Query:  DNEIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESS-----NSPSSSFSSPPPPPNMP-PARPA----SQLSDADTLPAADGKRRHFD
        DNEIKNYWRTRVQKQAK L  D NS+ FKE +   W+PRLV++IN  S         S  + P  P N P P  P     SQ      +PA         
Subjt:  DNEIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESS-----NSPSSSFSSPPPPPNMP-PARPA----SQLSDADTLPAADGKRRHFD

Query:  TEQNSTSSESMDISQVSDPFSDV
        TE ++TSS S      ++ FSDV
Subjt:  TEQNSTSSESMDISQVSDPFSDV


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGAGGTTGTTCTTTAATGGCTTCCCCTTGTAAGAGCCAGAGCCAGAGCCAGAGCCAGAGCAGTAGCTGTTCCTCTAGCGTTGTTGAAGATACCCAAAATGGCCTAAG
GAGAGGCCCATGGACTGTTGATGAAGATTCTCTTCTTGTTCATTCCATTTCTGTTCATGGCGAAGGCCGCTGGAATTTGCTTGCCATTCGTTCAGGGCTTCGACGGACCG
GGAAGAGTTGTAGATTGAGATGGCTTAATTATTTGAAACCCGATGTGAAAAGAGGAAACCTTTCTCCTCAAGAACAGCTTTTGATTCTCGATCTTCATTCTAGATGGGGC
AATAGGTGGTCGAAGATTGCGCAACACTTACCGGGAAGAACGGACAATGAGATAAAGAATTATTGGAGAACTCGAGTGCAAAAGCAAGCAAAGCTTCTAAATATTGACAC
AAACAGCTCTGAATTCAAGGAAATTATCAACCGTTTTTGGATCCCTCGATTGGTCCAACAAATAAATGAATCTTCTAACTCCCCTTCTTCTTCTTTTTCTTCTCCGCCGC
CGCCGCCGAACATGCCACCCGCACGCCCTGCTTCTCAACTTTCTGATGCGGATACGCTGCCGGCAGCCGATGGCAAACGCCGCCATTTCGACACGGAGCAGAACAGCACC
AGTTCGGAGTCTATGGATATCTCGCAGGTCTCCGATCCATTCTCCGACGTCCCATCTTGGAACCACGGCAGCGAGATGACGGCGGCGGATTTTCAATACCCAATTGGCGA
TTCCCGGTCACCGTTAACGGGTTGGGTTGACGACGACGATTCCTTCGGCGGCTGTTTGTGGAACTTTGACGGATTGTGGCAATTCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGACTATGAGAGGTTGTTCTTTAATGGCTTCCCCTTGTAAGAGCCAGAGCCAGAGCCAGAGCCAGAGCAGTAGCTGTTCCTCTAGCGTTGTTGAAGATACCCAAAATGGC
CTAAGGAGAGGCCCATGGACTGTTGATGAAGATTCTCTTCTTGTTCATTCCATTTCTGTTCATGGCGAAGGCCGCTGGAATTTGCTTGCCATTCGTTCAGGGCTTCGACG
GACCGGGAAGAGTTGTAGATTGAGATGGCTTAATTATTTGAAACCCGATGTGAAAAGAGGAAACCTTTCTCCTCAAGAACAGCTTTTGATTCTCGATCTTCATTCTAGAT
GGGGCAATAGGTGGTCGAAGATTGCGCAACACTTACCGGGAAGAACGGACAATGAGATAAAGAATTATTGGAGAACTCGAGTGCAAAAGCAAGCAAAGCTTCTAAATATT
GACACAAACAGCTCTGAATTCAAGGAAATTATCAACCGTTTTTGGATCCCTCGATTGGTCCAACAAATAAATGAATCTTCTAACTCCCCTTCTTCTTCTTTTTCTTCTCC
GCCGCCGCCGCCGAACATGCCACCCGCACGCCCTGCTTCTCAACTTTCTGATGCGGATACGCTGCCGGCAGCCGATGGCAAACGCCGCCATTTCGACACGGAGCAGAACA
GCACCAGTTCGGAGTCTATGGATATCTCGCAGGTCTCCGATCCATTCTCCGACGTCCCATCTTGGAACCACGGCAGCGAGATGACGGCGGCGGATTTTCAATACCCAATT
GGCGATTCCCGGTCACCGTTAACGGGTTGGGTTGACGACGACGATTCCTTCGGCGGCTGTTTGTGGAACTTTGACGGATTGTGGCAATTCTAATTGGAACATTTAAAACA
GCTTATTGGGTTCTTGTTTTTTTTGGAAGATGGACCCCACAAAGCCGCAAAATGAAATTGTGTGCGATTTTTCCTTTTCTAATTTTTTACATTTATTTCTGTGAAAAAAA
AATAACGAGAAATTAGTTTAGTAATTTTATCAAATGTGTATTAATTAGAAATATTGATTCCTTAGCTATTTGTATTATTTTCTTTGTTAGATTATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRGCSLMASPCKSQSQSQSQSSSCSSSVVEDTQNGLRRGPWTVDEDSLLVHSISVHGEGRWNLLAIRSGLRRTGKSCRLRWLNYLKPDVKRGNLSPQEQLLILDLHSRWG
NRWSKIAQHLPGRTDNEIKNYWRTRVQKQAKLLNIDTNSSEFKEIINRFWIPRLVQQINESSNSPSSSFSSPPPPPNMPPARPASQLSDADTLPAADGKRRHFDTEQNST
SSESMDISQVSDPFSDVPSWNHGSEMTAADFQYPIGDSRSPLTGWVDDDDSFGGCLWNFDGLWQF