CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh11G006170
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	Short-chain dehydrogenase/reductase
Genome location	Cmo_Chr11:2952140..2953935
RNA-Seq Expression	CmoCh11G006170
Synteny	CmoCh11G006170
Gene Ontology terms	GO:0010304 - PSII associated light-harvesting complex II catabolic process (biological process) GO:0015996 - chlorophyll catabolic process (biological process) GO:0009536 - plastid (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0034256 - chlorophyll(ide) b reductase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6587961.1 putative chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

5.1e-100

98.95

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KAG7021850.1 putative chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

2.5e-99

98.42

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XP_022933701.1 probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic [Cucurbita moschata]

2.1e-101

100

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XP_022965406.1 probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic [Cucurbita maxima]

2.8e-98

97.89

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XP_023529434.1 probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]

2.4e-97

97.37

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TrEMBL top hits

e value

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Alignment

A0A0A0LTA8 Uncharacterized protein

1.3e-80

82.2

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A0A1S3CJ66 probable chlorophyll(Ide) b reductase NYC1, chloroplastic

3.3e-81

83.25

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A0A6J1CUX5 probable chlorophyll(Ide) b reductase NYC1, chloroplastic

9.7e-81

82.11

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        MTTLTKL   PQ+FD PSTRDGHLIGALGRG HRFGVG STSR GL LRKCRSFRGEDGG++EKED KGR   +SR K+V  KKE+QFWK L++ VLG+ 
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        NL   SD E GKLMA MEALFSSAAVQIGRYIVTMMSTGV+LAVGFQLSGGDSQMNTLIWYSWLGGVIIGTMIGANMVLEEHCRAGPRNV
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A0A6J1EZT2 probable chlorophyll(Ide) b reductase NYC1, chloroplastic

1.0e-101

100

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A0A6J1HLL1 probable chlorophyll(Ide) b reductase NYC1, chloroplastic

1.4e-98

97.89

Show/hide

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q5N800 Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic

1.3e-29

51.01

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        SL +CR+F+ E  +GG+         +  ++R ++   K      K    G+ G  +      G +++R   +   E +F S A Q+GRY++TMMS+GVV
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        L VGFQLSGGDSQMNTLIWYSWLGGVIIGTMIGAN VLEEHC+AGPRNV
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Q93ZA0 Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic

8.0e-32

61.74

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT4G13250.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein

5.7e-33

61.74

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AT4G13250.2 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein

5.7e-33

61.74

Show/hide

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGACTACACTCACGAAGCTTTACGTGTGCCCACAAAGCTTCGATGGCCCAAGTACTAGAGATGGGCACTTGATCGGAGCTCTTGGACGGGGAGTCCACCGGTTTGGCGT
TGGAGTGTCGACGAGCCGTAGTGGATTAAGCTTGAGGAAGTGTAGATCCTTCAGAGGCGAGGATGGTGGGGATTATGAGAAGGAGGATCGTAAAGGGAGGAGTGGTGGAG
ATTCGAGGTTAAAAAAGGTGTCAACGAAGAAGGAAACTCAGTTTTGGAAATTTTTGAGGTCTGGTGTTTTGGGTAAGGTTAACTTGCTTTTGGGGTCGGATTTTGAACGG
GGGAAGCTTATGGCTAATATGGAGGCTTTGTTTTCTTCGGCTGCAGTCCAAATTGGAAGATATATCGTTACAATGATGAGCACTGGTGTTGTACTTGCTGTTGGGTTTCA
ATTATCAGGTGGTGACAGTCAGATGAACACACTGATTTGGTATAGTTGGCTCGGAGGGGTTATTATTGGAACCATGATTGGTGCTAACATGGTATTAGAGGAGCACTGCA
GAGCTGGTCCACGCAACGTTTTCAATGGCTCAGAAATGATTCAAGACCAGCTGGTCTTTGTGTTTAATGCTGTACATGGTGGTTGGATCAATTACTTCGTCTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CTCAGCGACTAATCTCCATCTAGCTGGAATTGCCGACCATGGGGAATGGATGCTCACATAGACCCACCACGCCACGTGTCATATTTGTCGTACAAGGATTAGGTTGCTTA
TCGTGTGGTCATCACAGTCCTTTCTTCTCCGATCACCTAGAACGTTACCGCCCGCTTCTTATTTTGTTTCTTCTATATAATTTTTCCAAAAAAATCTCGATACAACATTA
CCCTTTTCCCAGAAAAATCGGAGCCTCCTGTTTCATGAATTTGCACTTTTTCTTCAGCTCCATCTTCCATTAATGACTACACTCACGAAGCTTTACGTGTGCCCACAAAG
CTTCGATGGCCCAAGTACTAGAGATGGGCACTTGATCGGAGCTCTTGGACGGGGAGTCCACCGGTTTGGCGTTGGAGTGTCGACGAGCCGTAGTGGATTAAGCTTGAGGA
AGTGTAGATCCTTCAGAGGCGAGGATGGTGGGGATTATGAGAAGGAGGATCGTAAAGGGAGGAGTGGTGGAGATTCGAGGTTAAAAAAGGTGTCAACGAAGAAGGAAACT
CAGTTTTGGAAATTTTTGAGGTCTGGTGTTTTGGGTAAGGTTAACTTGCTTTTGGGGTCGGATTTTGAACGGGGGAAGCTTATGGCTAATATGGAGGCTTTGTTTTCTTC
GGCTGCAGTCCAAATTGGAAGATATATCGTTACAATGATGAGCACTGGTGTTGTACTTGCTGTTGGGTTTCAATTATCAGGTGGTGACAGTCAGATGAACACACTGATTT
GGTATAGTTGGCTCGGAGGGGTTATTATTGGAACCATGATTGGTGCTAACATGGTATTAGAGGAGCACTGCAGAGCTGGTCCACGCAACGTTTTCAATGGCTCAGAAATG
ATTCAAGACCAGCTGGTCTTTGTGTTTAATGCTGTACATGGTGGTTGGATCAATTACTTCGTCTAG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MTTLTKLYVCPQSFDGPSTRDGHLIGALGRGVHRFGVGVSTSRSGLSLRKCRSFRGEDGGDYEKEDRKGRSGGDSRLKKVSTKKETQFWKFLRSGVLGKVNLLLGSDFER
GKLMANMEALFSSAAVQIGRYIVTMMSTGVVLAVGFQLSGGDSQMNTLIWYSWLGGVIIGTMIGANMVLEEHCRAGPRNVFNGSEMIQDQLVFVFNAVHGGWINYFV

CmoCh11G006170 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome