; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh11G012190 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh11G012190
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionPhotosystem I assembly protein Ycf3
Genome locationCmo_Chr11:7407054..7408427
RNA-Seq ExpressionCmoCh11G012190
SyntenyCmoCh11G012190
Gene Ontology termsGO:0009507 - chloroplast (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001440 - Tetratricopeptide repeat 1
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
IPR019734 - Tetratricopeptide repeat


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
QBG38168.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Carya illinoinensis]2.2e-3081.61Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNP L   +    +     TGENRPFDREILKL+RLGSIKPLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

QKS32073.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Rhus typhina]7.2e-2978.16Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L        +     T ENRPFDREILKLRRLGSIKP SIG+KL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

QRC78009.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Catalpa bungei]7.2e-2977.01Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L        +     TGENRPF REILKLRRLG I+PLSIGN+L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

QTX08949.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Angelica laevigata]7.6e-3178.49Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL-----SSTVLREGIYL-PIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L     +  V+   + L P+PTGEN+PFDREILKLRRLGSI+PLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL-----SSTVLREGIYL-PIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

YP_010045553.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Meeboldia delavayi]3.8e-3079.31Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYY RALERNP L        +     TGEN+PFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A411PPA4 Photosystem I assembly protein Ycf31.1e-3081.61Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNP L   +    +     TGENRPFDREILKL+RLGSIKPLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

A0A7D4ZEZ2 Photosystem I assembly protein Ycf33.5e-2978.16Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L        +     T ENRPFDREILKLRRLGSIKP SIG+KL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

A0A7S9EY13 Photosystem I assembly protein Ycf31.8e-3079.31Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYY RALERNP L        +     TGEN+PFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

A0A7S9HVT3 Photosystem I assembly protein Ycf31.8e-3079.31Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYY RALERNP L        +     TGEN+PFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

A0A7S9HVY4 Photosystem I assembly protein Ycf31.8e-3079.31Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYY RALERNP L        +     TGEN+PFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P61843 Photosystem I assembly protein Ycf31.3e-1795.45Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL

Q09X16 Photosystem I assembly protein Ycf32.7e-1897.73Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNP L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL

Q4VZH4 Photosystem I assembly protein Ycf32.7e-1897.73Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNP L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL

Q53CF3 Photosystem I assembly protein Ycf31.3e-1795.45Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL

Q8S8X3 Photosystem I assembly protein Ycf31.3e-1795.45Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
ATCG00360.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein9.3e-1995.45Show/hide
Query:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL
        MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNP L
Subjt:  MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGACTAGAAATCGATCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAACATAGGTCTTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACGAAAGCTTTGGAATATTATTTTCGGGC
ACTAGAACGAAACCCGAAACTCTCAAGTACGGTTCTAAGGGAAGGAATTTACCTGCCTATTCCGACCGGGGAGAATAGGCCATTCGACAGGGAGATTCTGAAATTGCGGA
GGCTTGGTTCAATCAAGCCACTGAGTATTGGAAACAAGCTATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCGACTAGAAATCGATCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAACATAGGTCTTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACGAAAGCTTTGGAATATTATTTTCGGGC
ACTAGAACGAAACCCGAAACTCTCAAGTACGGTTCTAAGGGAAGGAATTTACCTGCCTATTCCGACCGGGGAGAATAGGCCATTCGACAGGGAGATTCTGAAATTGCGGA
GGCTTGGTTCAATCAAGCCACTGAGTATTGGAAACAAGCTATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPKLSSTVLREGIYLPIPTGENRPFDREILKLRRLGSIKPLSIGNKL