CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh11G019730
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	Protein TIC 214
Genome location	Cmo_Chr11:13571793..13575704
RNA-Seq Expression	CmoCh11G019730
Synteny	CmoCh11G019730
Gene Ontology terms	GO:0015031 - protein transport (biological process) GO:0009706 - chloroplast inner membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR008896 - Protein TIC214

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

QQK90372.1 hypothetical protein RF1 [Ulmus pumila]

1.8e-12

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QWK49735.1 hypothetical chloroplast RF19 [Ulmus lanceifolia]

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QWK49747.1 hypothetical protein RF1 [Ulmus lanceifolia]

1.8e-12

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QZQ52630.1 Ycf1 protein [Ulmus lanceifolia]

1.8e-12

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YP_009127829.1 hypothetical chloroplast RF19 [Robinia pseudoacacia]

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0B5EJS8 Hypothetical chloroplast RF19

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A0A1C7D404 Protein TIC 214

6.7e-13

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A0A4Y5RC57 Protein TIC 214

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A0A7T7CMV8 Uncharacterized protein

8.8e-13

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A0A7U0FWR3 Uncharacterized protein

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A0A393 Protein TIC 214

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78.85

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A6MM95 Protein TIC 214

9.1e-15

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A9LYF8 Protein TIC 214

3.1e-15

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Q3V4X6 Protein TIC 214

3.1e-15

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Q7YJS6 Protein TIC 214

1.2e-14

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G07739.1 Ycf1 protein

3.0e-13

64.62

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ATCG01000.1 Ycf1 protein

1.0e-13

72.73

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ATCG01130.1 Ycf1 protein

1.0e-13

72.73

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ATMG00370.1 Ycf1 protein

6.0e-14

66.15

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGGCAAACTTCGGAATCGGCACTTCACAGAAACTTATGGAGCGTTCGAGAATTGACGGCGATGCCAAGGTTCTAGTAGAGGCTTATAGATTAAATCTATCATATTT
TTATCATCTGGATAATCATTCGGTTATTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTAACCACATTTTCTATAGAGCCTTCTTATTTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTAATGA
AAGAAGGAATCGAGAATAAAGTATCAGCAACAATAGATTTTACTACGGGACAGCTCATGATAACTGGGCAGTCATCTAAACCAGCTGACTGCAATGGACTCAGGAAATCA
CCCACTCCAATCCATAGAGACAGATACTCCAAACGATCCCATCTCTTCCATAATTCACTACCATTGCTCTCCATGGAGAAGGAACAGTCAGGTTCAGTGGAGTGCTTGGA
TCTCTTCCTCTTCCTTGAATATCCGCCATTAACCTCTAGTGCCGGTCCGCTATCCCGGACATTCTTAGCAACATCCAGAAGCAAGTCCTCTAGCAATGGCAGCCCGGAGA
ATAGCTCAATTAGAGCAGCTGTGCTAATTCTAGCGTCTTCTGGCGTGAAACCATCGGCGGAGGGGTCTCCTTGGACACTCGCCATTGTCGAAGTATCCGCAAGAGTTTCA
TCTCCTACAAACCCAAAATACCTGGGATCAAACGTGCACGCCATGAGAAGCTGGCTGAGGTTGGGGCAAGCCTCGGTAATGGTTACTATATCCGTCGATTTGAAACCATC
AGTGAACGACGTTGTCATCAAATTTAGCTTCGAAATTGATTTAGCTGTCAGGGGATTGGCTAGCAGAACCGGCGGAATGTCCTCAATCCAGTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TGTGGCATTCCGCGCAGAACTGCAATCTCTGTCTCTCTGCGAGTAGAACGCATTGCCGTAGGCGTCGATCAGCTAATTCGTCATCGTTAAATTGCAGGAAGCCCGAGCGA
TGAGAGCGACGATCGAGGATGCAGATGCGCGAGGTTTAATGCTTATTCAATCCATTATTTGCCGTGAGGAGAGGATTCCGGTTCAGAAGAATTGACACATTGATGCCTGG
TTGACGGCGAATGGCGGCAAACTTCGGAATCGGCACTTCACAGAAACTTATGGAGCGTTCGAGAATTGACGGCGATGCCAAGGTTCTAGTAGAGGCTTATAGATTAAATC
TATCATATTTTTATCATCTGGATAATCATTCGGTTATTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTAACCACATTTTCTATAGAGCCTTCTTATTTCTTCCTTCTCCGAGCT
CGGGTAATGAAAGAAGGAATCGAGAATAAAGTATCAGCAACAATAGATTTTACTACGGGACAGCTCATGATAACTGGGCAGTCATCTAAACCAGCTGACTGCAATGGACT
CAGGAAATCACCCACTCCAATCCATAGAGACAGATACTCCAAACGATCCCATCTCTTCCATAATTCACTACCATTGCTCTCCATGGAGAAGGAACAGTCAGGTTCAGTGG
AGTGCTTGGATCTCTTCCTCTTCCTTGAATATCCGCCATTAACCTCTAGTGCCGGTCCGCTATCCCGGACATTCTTAGCAACATCCAGAAGCAAGTCCTCTAGCAATGGC
AGCCCGGAGAATAGCTCAATTAGAGCAGCTGTGCTAATTCTAGCGTCTTCTGGCGTGAAACCATCGGCGGAGGGGTCTCCTTGGACACTCGCCATTGTCGAAGTATCCGC
AAGAGTTTCATCTCCTACAAACCCAAAATACCTGGGATCAAACGTGCACGCCATGAGAAGCTGGCTGAGGTTGGGGCAAGCCTCGGTAATGGTTACTATATCCGTCGATT
TGAAACCATCAGTGAACGACGTTGTCATCAAATTTAGCTTCGAAATTGATTTAGCTGTCAGGGGATTGGCTAGCAGAACCGGCGGAATGTCCTCAATCCAGTAG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAANFGIGTSQKLMERSRIDGDAKVLVEAYRLNLSYFYHLDNHSVIVVGLYYGFLTTFSIEPSYFFLLRARVMKEGIENKVSATIDFTTGQLMITGQSSKPADCNGLRKS
PTPIHRDRYSKRSHLFHNSLPLLSMEKEQSGSVECLDLFLFLEYPPLTSSAGPLSRTFLATSRSKSSSNGSPENSSIRAAVLILASSGVKPSAEGSPWTLAIVEVSARVS
SPTNPKYLGSNVHAMRSWLRLGQASVMVTISVDLKPSVNDVVIKFSFEIDLAVRGLASRTGGMSSIQ

CmoCh11G019730 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome