; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh11G020220 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh11G020220
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionRibonuclease Z
Genome locationCmo_Chr11:13786560..13793170
RNA-Seq ExpressionCmoCh11G020220
SyntenyCmoCh11G020220
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR001279 - Metallo-beta-lactamase
IPR036866 - Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6589282.1 tRNase Z TRZ2, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.3e-19496.38Show/hide
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A0A0A0KHX0 Lactamase_B domain-containing protein4.7e-17992.15Show/hide
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A0A1S3BN27 ribonuclease Z, chloroplastic6.6e-18192.15Show/hide
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B9DNT1 Ribonuclease Z5.1e-1328.22Show/hide
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        HI +++   +   +K  LL H S+RY++ DI    ++LQ++
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P60193 Nuclear ribonuclease Z (Fragment)1.2e-5962.13Show/hide
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Q58897 Ribonuclease Z1.9e-1229.74Show/hide
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        H+ I + +  A+    KA++LTH S+RY  E+
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Q8L633 tRNase Z TRZ2, chloroplastic1.3e-13671.02Show/hide
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        S PISP   P+IFP    H+P  I      Q  + +RH   V+  + SG  S+I      EEEYR+AR+ VNRKGV+LE Y+IEGISVGG ETC+I+PE 
Subjt:  SMPISPLTAPQIFP---FHQP--ILQSPKPQKIALQRHGNPVNSFRDSGLLSTIG----VEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCIIIPEF

Query:  KCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFET
        KC FDIGRCPSRAIQQ F+FITHAHLDHIGGLPMYVASRGLY+L PP +FVPP IKEDVEKLLEIHRTMGQVEL+V+L+ L VG+TYE+RN++V R F T
Subjt:  KCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFET

Query:  NHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAKILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFE
        +HVIPSQGYVIYSVRKKL+KQY HLKGKQIEK+KKSGVEITDTILSPE+AFTGDT +++MLDPRNADALRAK+LITEATFLDE  S EHA+  GHTHI +
Subjt:  NHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAKILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFE

Query:  IIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEASKQR
        IIENA+WIR+K +LLTHFSSRYH+E+IR+AV KLQSKV+AKV+PLTE  + R
Subjt:  IIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEASKQR

Q8LGU7 tRNase Z TRZ11.9e-9257.82Show/hide
Query:  RKGVDLEGYSIEGISVGGQETCIIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQV
        +K + +EGY IEG+S+GG ETCII P  + AFDIGRCP RAI Q+F+FI+H+H+DHIGGLPMYVA+RGLY + PPT+ VP  IKE VE L E+HR +   
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Query:  ELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFETNHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAK
        EL  +LV LD+G+ + +R +L  +AF+T HVI SQGYV+YS + KLKK+Y+ L G +I+ LK SGVEITD+I++PEVAFTGDT +DF++D  NADAL+AK
Subjt:  ELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFETNHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAK

Query:  ILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTE
        +L+ E+TFLD+ VS+EHAR++GH HI EI+ +A+   NKAILL HFS+RY +++I  AVS L   +  +V  LT+
Subjt:  ILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G74700.1 tRNAse Z11.3e-9357.82Show/hide
Query:  RKGVDLEGYSIEGISVGGQETCIIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQV
        +K + +EGY IEG+S+GG ETCII P  + AFDIGRCP RAI Q+F+FI+H+H+DHIGGLPMYVA+RGLY + PPT+ VP  IKE VE L E+HR +   
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Query:  ELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFETNHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAK
        EL  +LV LD+G+ + +R +L  +AF+T HVI SQGYV+YS + KLKK+Y+ L G +I+ LK SGVEITD+I++PEVAFTGDT +DF++D  NADAL+AK
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Query:  ILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTE
        +L+ E+TFLD+ VS+EHAR++GH HI EI+ +A+   NKAILL HFS+RY +++I  AVS L   +  +V  LT+
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AT2G01730.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit-II9.0e-0527.08Show/hide
Query:  VFITHAHLDHIGGLPMYV---ASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLL-------EIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFETNHVI
        + ITH H+DH+G LP +       G   +S PT  + P + ED  +++       E+  T         ++A+D+  T ++  +L  RA+   HV+
Subjt:  VFITHAHLDHIGGLPMYV---ASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLL-------EIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFETNHVI

AT2G04530.1 Metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein8.9e-13871.02Show/hide
Query:  SMPISPLTAPQIFP---FHQP--ILQSPKPQKIALQRHGNPVNSFRDSGLLSTIG----VEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCIIIPEF
        S PISP   P+IFP    H+P  I      Q  + +RH   V+  + SG  S+I      EEEYR+AR+ VNRKGV+LE Y+IEGISVGG ETC+I+PE 
Subjt:  SMPISPLTAPQIFP---FHQP--ILQSPKPQKIALQRHGNPVNSFRDSGLLSTIG----VEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCIIIPEF

Query:  KCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFET
        KC FDIGRCPSRAIQQ F+FITHAHLDHIGGLPMYVASRGLY+L PP +FVPP IKEDVEKLLEIHRTMGQVEL+V+L+ L VG+TYE+RN++V R F T
Subjt:  KCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFET

Query:  NHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAKILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFE
        +HVIPSQGYVIYSVRKKL+KQY HLKGKQIEK+KKSGVEITDTILSPE+AFTGDT +++MLDPRNADALRAK+LITEATFLDE  S EHA+  GHTHI +
Subjt:  NHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLKGKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAKILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFE

Query:  IIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEASKQR
        IIENA+WIR+K +LLTHFSSRYH+E+IR+AV KLQSKV+AKV+PLTE  + R
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAAATTTCCATGCCCATTTCGCCACTCACAGCTCCTCAAATTTTCCCGTTTCATCAACCCATTTTACAGTCACCGAAACCTCAGAAAATTGCTCTCCAGAGACATGG
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GGTATTCAATCGAGGGCATTTCAGTTGGTGGGCAAGAAACCTGTATTATTATTCCTGAATTCAAGTGTGCATTTGATATTGGGAGGTGCCCATCTCGAGCCATTCAACAA
AACTTTGTATTCATCACTCACGCCCACCTTGATCACATTGGTGGGCTACCAATGTATGTAGCTAGTCGTGGTTTATATAGTTTAAGTCCTCCTACGGTATTTGTGCCTCC
TTGTATTAAGGAAGATGTGGAGAAACTACTTGAGATTCACAGGACCATGGGCCAGGTGGAGTTGGACGTTGATCTGGTTGCACTAGATGTAGGAGACACATATGAAATGC
GGAATAACCTTGTCTGCAGAGCATTTGAAACAAATCATGTGATTCCGAGCCAGGGTTATGTCATTTATTCGGTTAGAAAAAAATTGAAGAAGCAATACATGCATCTTAAG
GGGAAACAGATCGAGAAGCTAAAGAAATCTGGCGTCGAGATTACAGACACCATATTGTCCCCGGAGGTGGCCTTCACAGGAGATACAAGGACAGATTTTATGCTTGATCC
ACGTAATGCCGATGCTTTGAGGGCGAAAATTCTAATAACCGAGGCAACTTTTCTGGATGAAGGAGTCAGCATAGAACATGCAAGGGAACATGGTCATACTCACATATTTG
AGATCATTGAAAATGCACAGTGGATTCGAAATAAAGCTATTCTGCTTACGCATTTTTCATCCCGATACCATATAGAGGACATCCGCAAAGCGGTATCAAAGTTGCAGTCC
AAGGTGACGGCTAAAGTCGTTCCTCTCACTGAAGCATCAAAGCAGAGACTGGAACATAGGAAACGGAGGGAAATTCCCAGCTTTTTAGGCTCTGTGGCACCAGAGAGCAC
AGGCACCACAGCCAAATTCAAAAACTCCTCCTCACGCAATCTAATCAAAGAAGCTTCGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AGGCACCACAGCCAAATTCAAAAACTCCTCCTCACGCAATCTAATCAAAGAAGCTTCGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MQISMPISPLTAPQIFPFHQPILQSPKPQKIALQRHGNPVNSFRDSGLLSTIGVEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCIIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQ
NFVFITHAHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPPCIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGDTYEMRNNLVCRAFETNHVIPSQGYVIYSVRKKLKKQYMHLK
GKQIEKLKKSGVEITDTILSPEVAFTGDTRTDFMLDPRNADALRAKILITEATFLDEGVSIEHAREHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQS
KVTAKVVPLTEASKQRLEHRKRREIPSFLGSVAPESTGTTAKFKNSSSRNLIKEAS