CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh12G013360
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	BHLH domain-containing protein
Genome location	Cmo_Chr12:11605521..11606667
RNA-Seq Expression	CmoCh12G013360
Synteny	CmoCh12G013360
Gene Ontology terms	GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6586478.1 Cytokinin dehydrogenase 3, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

6.6e-39

93.75

Show/hide

Query:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        MLLEAQSQGEETA S +NERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEF+KN VNVGVILSFH IEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
Subjt:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

KAG7021335.1 putative transcription factor bHLH-like protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

2.3e-39

93.81

Show/hide

Query:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQV
        MLLEAQSQGEETA S +NERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEF+KN VNVGVILSFH IEQISPSSLVSRLRFRFSLQV
Subjt:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQV

XP_022937889.1 uncharacterized protein LOC111444143 [Cucurbita moschata]

1.1e-41

100

Show/hide

Query:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
Subjt:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

XP_022965417.1 uncharacterized protein LOC111465335 [Cucurbita maxima]

2.9e-34

86.87

Show/hide

Query:  LLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAP----PSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        LLEAQSQGEETA S + ERFTVRVSHAP    PSING EIIDLEITVRG GSLMADIVIRVLEFLKN VNVGVILSFH IEQISPSSL+SRLRFRFSLQ
Subjt:  LLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAP----PSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

XP_023537999.1 uncharacterized protein LOC111798884 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

9.6e-38

91.58

Show/hide

Query:  LLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        LLEAQSQGEETA SFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRG+GSLM DIVIRVLEFLKN VNVGVILSFH IEQ++PSSL+SRLRFRFSLQ
Subjt:  LLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7V2J9 Putative transcription factor bHLH041 isoform X1

2.1e-14

61.36

Show/hide

Query:  TAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTE--IIDLEITVRGE-GSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        T  S +NE FTV+VS+APPS   T+  +IDLEI VRG+ G LM DI IRVL+FLK  VNV V+LSFH+    SPS L +RL FRFSLQ
Subjt:  TAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTE--IIDLEITVRGE-GSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

A0A5D3CFU2 Putative transcription factor bHLH041 isoform X1

2.1e-14

61.36

Show/hide

Query:  TAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTE--IIDLEITVRGE-GSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        T  S +NE FTV+VS+APPS   T+  +IDLEI VRG+ G LM DI IRVL+FLK  VNV V+LSFH+    SPS L +RL FRFSLQ
Subjt:  TAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTE--IIDLEITVRGE-GSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

A0A6J1DKX4 putative transcription factor bHLH041

4.8e-19

Show/hide

Query:  MLLEAQSQGEE---TAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVR-GEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        MLLEAQ   ++   T  S VNERFTVRVSHAP +    +  DLEITVR GEG LMA++ IRVL+FL+NAV+VG +LSF   + ++PSS +SRL FRF+LQ
Subjt:  MLLEAQSQGEE---TAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVR-GEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

A0A6J1FCH4 uncharacterized protein LOC111444143

5.3e-42

100

Show/hide

Query:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
Subjt:  MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

A0A6J1HKA4 uncharacterized protein LOC111465335

1.4e-34

86.87

Show/hide

Query:  LLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAP----PSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ
        LLEAQSQGEETA S + ERFTVRVSHAP    PSING EIIDLEITVRG GSLMADIVIRVLEFLKN VNVGVILSFH IEQISPSSL+SRLRFRFSLQ
Subjt:  LLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAP----PSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q9LTS4 Putative transcription factor bHLH041

8.5e-05

36.62

Show/hide

Query:  LEAQSQGEETAKSFV--NERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVI
        +EA+  GE   ++ +   ERF VR+ H P S +    +DL + +RG+   + D++IR+LEFLK   NV ++
Subjt:  LEAQSQGEETAKSFV--NERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVI

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G56960.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding family protein

6.0e-06

36.62

Show/hide

Query:  LEAQSQGEETAKSFV--NERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVI
        +EA+  GE   ++ +   ERF VR+ H P S +    +DL + +RG+   + D++IR+LEFLK   NV ++
Subjt:  LEAQSQGEETAKSFV--NERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVI

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCTTCTAGAAGCTCAGTCTCAAGGGGAAGAAACTGCCAAATCATTCGTTAACGAACGCTTCACCGTTAGGGTTTCCCACGCGCCGCCGTCTATTAATGGAACGGAAAT
TATAGACTTGGAAATTACGGTTAGAGGCGAAGGATCGTTAATGGCGGATATTGTAATTCGCGTGCTGGAATTCTTGAAGAATGCTGTGAATGTGGGGGTAATTTTGTCAT
TTCACAGCATTGAGCAGATTTCTCCTTCTTCTCTTGTTAGCCGCCTCCGTTTCAGATTCAGCCTTCAGGTCTCGAACAAGTGTGCGAGGGTATTTAGAAGGTCGGGCACG
TTGAGGCGGCCCCTTTCACTTCTTTTTCCTCGCTCCCTTGTATTCAATCTAGGGTTTTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MLLEAQSQGEETAKSFVNERFTVRVSHAPPSINGTEIIDLEITVRGEGSLMADIVIRVLEFLKNAVNVGVILSFHSIEQISPSSLVSRLRFRFSLQVSNKCARVFRRSGT
LRRPLSLLFPRSLVFNLGF

CmoCh12G013360 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome