; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh13G004770 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh13G004770
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionTLC domain-containing protein
Genome locationCmo_Chr13:5789341..5794122
RNA-Seq ExpressionCmoCh13G004770
SyntenyCmoCh13G004770
Gene Ontology termsGO:0055088 - lipid homeostasis (biological process)
GO:0005783 - endoplasmic reticulum (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR006634 - TRAM/LAG1/CLN8 homology domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6573446.1 TLC domain-containing protein 4-B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.8e-14394.89Show/hide
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XP_038894770.1 TLC domain-containing protein 4-like [Benincasa hispida]3.8e-14596.35Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0M188 TLC domain-containing protein1.1e-14294.16Show/hide
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A0A1S4E2B6 transmembrane protein 56-like3.5e-14494.89Show/hide
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A0A5D3E1H6 Transmembrane protein 56-like3.5e-14494.89Show/hide
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A0A6J1EH94 transmembrane protein 56-like2.1e-149100Show/hide
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A0A6J1KGK7 transmembrane protein 56-like2.1e-149100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q550S9 TLC domain-containing protein 4 B5.2e-1225.11Show/hide
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        L +++   + K+ +G  + +R+EW NR +ST++AI  S +S+Y +++++   +   +      +S +S F+      YF+ D  +  +    L     ++
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        HH+++ L+  +    G           +EITTP IN+R++L    +K    Y+ING++IF  +++ R+     T + V     HY  +     I + + F
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          P +  ++NL W   I K + K
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Q5XIY2 TLC domain-containing protein 4-B2.4e-1223.75Show/hide
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        V G  +  +L +  ++ V+S+ + + Y  L   +  +WN+R +ST+HA+ + +  LY +++ D  ++    G        L    + I+ GY   DL L+
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Query:  VWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLI-NGVVIFFAWLVARILLFGYTFYHVY-LHYDQ
           + ++G + +V HH  +  A  Y +  G    +    LISE++TP +N RW+ +     R+   ++ NG+ +   + + RI +    +  V+ + Y  
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Query:  VIKMHAIGYLLVFGVPTV-LGMMNLMWFGKIGKGLMKTIS
          +   +   + + +  V L ++N++W  KI +G  K I+
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Q6GLX2 TLC domain-containing protein 4-A1.5e-1125.5Show/hide
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        D LI Y  V G  L  +L++  ++  +   Y  +Y  L+  ++ EW++R +ST HA+ +    LY + + D  +     G   +    ++     I+ GY
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         + DL L+   +  +     V HH     +  Y +  G    +    LISE++TP +N RW+ D  G  RS    L+NG+ +   + + RI +    +  
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Query:  VYLHY--DQVIKMHAIGYLLVFGVP-TVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR
        V+  +  +  I++  IG  + + V   VL ++N+ W  KI +G  K +  +
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Q6PGS5 TLC domain-containing protein 4-B6.6e-1528.37Show/hide
Query:  LTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGLVTFQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFS
        L+  Q++EWN+R +S+ HA+ +    LY + + D  +     G        +    + ++ GY ++DL LI++ +  +G   +V HH L+ L   Y V  
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        GEG L  +    LI+E +TP +N RW+ +  G  K S   ++NGV++  ++ + RI +    +  V+  +  +      +G    + + +V L +MN+MW
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Query:  FGKIGKGLMKTISKR
          KI KG  K +  R
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Q96MV1 TLC domain-containing protein 41.5e-1428.26Show/hide
Query:  FYFKSYLGLTKI----------QRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLY-FVFWSDLFSDQRHAGLVTFQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGM
        FYF SY    K+          +++EWN+R +ST H++ + I  LY F+F     +D    G       +L+   + I+ GY ++DL +I+  +  +G  
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Query:  EYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGM-KRSCAYLINGVVIFFAWLVARI--LLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGY
         +++HH  S  A    + +G         L++E+++P +N RW+ +     K S A +ING+++   + + RI  +L  Y F +     +  I++  +  
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Query:  LLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTIS
        L       VL +MN+MW  KI KG +K IS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G31300.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein4.1e-11373.43Show/hide
Query:  SLKTVMAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQ
        SL+T+ AIKSY  QA  LV+NYLLAD  IPYTSVL GI  CK+VYDL   +SN + K+Y+ LTKIQR+EWNNRG+ST+HAI+IS MSLYFVFWSDLFSD+
Subjt:  SLKTVMAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQ

Query:  RHAGLVTFQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLI
         H  LV F+SS LS+  LGIS+GYFLADLG+I W YPSLGG+EY+VHHSLSG+AVAYS+FSGEGQLYTYMVLISEITTPEIN+RWYLDTAGMK+S AY++
Subjt:  RHAGLVTFQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLI

Query:  NGVVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR
        NGV IF AWLVARILLF Y FYHVYLHY+QV++MH  GY+LVFGVP  LG+MNL+WFGKI +G+ KT++KR
Subjt:  NGVVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR

AT1G31300.2 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein4.1e-11373.43Show/hide
Query:  SLKTVMAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQ
        SL+T+ AIKSY  QA  LV+NYLLAD  IPYTSVL GI  CK+VYDL   +SN + K+Y+ LTKIQR+EWNNRG+ST+HAI+IS MSLYFVFWSDLFSD+
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Query:  RHAGLVTFQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLI
         H  LV F+SS LS+  LGIS+GYFLADLG+I W YPSLGG+EY+VHHSLSG+AVAYS+FSGEGQLYTYMVLISEITTPEIN+RWYLDTAGMK+S AY++
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Query:  NGVVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR
        NGV IF AWLVARILLF Y FYHVYLHY+QV++MH  GY+LVFGVP  LG+MNL+WFGKI +G+ KT++KR
Subjt:  NGVVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR

AT4G10360.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein3.8e-6648.21Show/hide
Query:  ENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGLVTFQSSTLSTFVLG
        + ++ + +L+   S+  G L CK+VYDLT+ +S   F  Y  L    R+EWNNRG ST HA++ S+ S+YF+  SD F +  H   V   ++ LS  V+G
Subjt:  ENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGLVTFQSSTLSTFVLG

Query:  ISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVVIFFAWLVARILLFGY
        IS+GYFLADL +I W +P+LGG+EYV HH LS  A+  SV SG+ Q Y ++VL+SE TTP +N+RWYLD +G K S AY +NG+ +F  WLVAR+LLF +
Subjt:  ISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVVIFFAWLVARILLFGY

Query:  TFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISK
         F H+YLH+ QV ++  +G+  +  +P  L +MNL+WF KI KGL+KT+SK
Subjt:  TFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISK

AT4G19645.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein2.6e-10772.28Show/hide
Query:  MAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGL
        M IKSYQ+QA+  VE+YLLAD  +PYTSVL GI  CKLVYDLT++ S+ + KSY  LTKI+R+EWNNRG+ST+HAI+IS M+LYF F+SDLFSDQR    
Subjt:  MAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGL

Query:  VT-FQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVV
        +T F++S LSTF LG+SVGYFLADLG+I WLYPSLGG EY++HH LSG AVAYS+FSGE QLYTYMVLISE+TTPEIN+RWYLD AG+KRS AYL+NGV 
Subjt:  VT-FQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVV

Query:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR
        IFFAWL ARILLF Y FYHVY HYDQVI+MH  GYLLVF VP  L +MNL+WFGKI KGL KT+ KR
Subjt:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR

AT4G19645.2 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein2.6e-10772.28Show/hide
Query:  MAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGL
        M IKSYQ+QA+  VE+YLLAD  +PYTSVL GI  CKLVYDLT++ S+ + KSY  LTKI+R+EWNNRG+ST+HAI+IS M+LYF F+SDLFSDQR    
Subjt:  MAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGL

Query:  VT-FQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVV
        +T F++S LSTF LG+SVGYFLADLG+I WLYPSLGG EY++HH LSG AVAYS+FSGE QLYTYMVLISE+TTPEIN+RWYLD AG+KRS AYL+NGV 
Subjt:  VT-FQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVV

Query:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR
        IFFAWL ARILLF Y FYHVY HYDQVI+MH  GYLLVF VP  L +MNL+WFGKI KGL KT+ KR
Subjt:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAATGTCTTTGAAGACCGTAATGGCTATTAAATCTTACCAAAGTCAAGCTGATGCATTAGTAGAGAACTACTTATTAGCAGACCGTTTGATCCCGTACACCTCTGT
CCTTGGAGGCATACTTGCTTGTAAATTGGTCTATGATCTTACTCAAGTAGTTAGTAATTTTTACTTCAAGAGTTATCTGGGTCTTACGAAAATCCAACGAGTCGAGTGGA
ATAACCGCGGCATGTCCACTATTCATGCAATCTATATCTCAATTATGTCATTGTACTTCGTTTTCTGGTCAGATCTCTTCTCTGACCAGCGTCATGCTGGCCTCGTTACC
TTTCAAAGTTCAACGTTGTCTACTTTCGTATTGGGGATTTCAGTTGGATACTTCTTGGCTGATCTTGGATTGATTGTTTGGCTGTATCCTTCTTTAGGTGGGATGGAGTA
TGTGGTCCACCACTCTCTTTCTGGACTAGCAGTAGCATATTCTGTTTTTTCTGGAGAAGGGCAACTCTACACGTACATGGTCCTCATTTCGGAGATTACGACTCCTGAGA
TTAATATGAGATGGTATCTTGACACAGCTGGTATGAAGAGGTCCTGTGCATACCTGATTAATGGCGTTGTAATATTTTTTGCATGGCTGGTTGCTCGCATACTGCTGTTT
GGTTACACATTCTATCATGTTTACCTGCACTATGATCAGGTAATTAAGATGCATGCAATCGGATACCTTTTGGTATTCGGAGTGCCAACCGTGCTTGGTATGATGAACTT
GATGTGGTTCGGAAAGATCGGCAAGGGCTTAATGAAAACGATATCAAAGAGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAATGTCTTTGAAGACCGTAATGGCTATTAAATCTTACCAAAGTCAAGCTGATGCATTAGTAGAGAACTACTTATTAGCAGACCGTTTGATCCCGTACACCTCTGT
CCTTGGAGGCATACTTGCTTGTAAATTGGTCTATGATCTTACTCAAGTAGTTAGTAATTTTTACTTCAAGAGTTATCTGGGTCTTACGAAAATCCAACGAGTCGAGTGGA
ATAACCGCGGCATGTCCACTATTCATGCAATCTATATCTCAATTATGTCATTGTACTTCGTTTTCTGGTCAGATCTCTTCTCTGACCAGCGTCATGCTGGCCTCGTTACC
TTTCAAAGTTCAACGTTGTCTACTTTCGTATTGGGGATTTCAGTTGGATACTTCTTGGCTGATCTTGGATTGATTGTTTGGCTGTATCCTTCTTTAGGTGGGATGGAGTA
TGTGGTCCACCACTCTCTTTCTGGACTAGCAGTAGCATATTCTGTTTTTTCTGGAGAAGGGCAACTCTACACGTACATGGTCCTCATTTCGGAGATTACGACTCCTGAGA
TTAATATGAGATGGTATCTTGACACAGCTGGTATGAAGAGGTCCTGTGCATACCTGATTAATGGCGTTGTAATATTTTTTGCATGGCTGGTTGCTCGCATACTGCTGTTT
GGTTACACATTCTATCATGTTTACCTGCACTATGATCAGGTAATTAAGATGCATGCAATCGGATACCTTTTGGTATTCGGAGTGCCAACCGTGCTTGGTATGATGAACTT
GATGTGGTTCGGAAAGATCGGCAAGGGCTTAATGAAAACGATATCAAAGAGGTGATAAGAAACCTAGTCTTCGAGTTCAAATCTCTTCCTCTTCACTCTCTTGCTCTATT
TCTTAACATCATCTACATATGGGTTGAGGAGAAAAAGGAATTTGATGGTATGTAGTGTGTTGTAAATGGCTCAAAATAACTTAAAAACTTGTTGACAGTTAGTGTCTTTT
CCATCATGTCAGATATGTGTACCAATTCATTTTTCTGTATAGTTCTTTTTTCCTTTTATTTGAAGAAGAAAGGTGATGATACTACACCAAATTTTCTCTGTATTCAGTTA
TGCTTATGACTTTGGATCTCTTCGTTGTCGTCCCTTCACGATCTCGGGCATTGTTTTACTTTTCTGCAACATTTTCTGTGGTTAATGGAACCTCCAAGTAATTTGTTTAA
ACTCTGCTGTTGAGATGTCTGTATAGCTTTTGAGCTTGGTGAGTACTCATGGAGAGGGCTACCAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAMSLKTVMAIKSYQSQADALVENYLLADRLIPYTSVLGGILACKLVYDLTQVVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGMSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGLVT
FQSSTLSTFVLGISVGYFLADLGLIVWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGVVIFFAWLVARILLF
GYTFYHVYLHYDQVIKMHAIGYLLVFGVPTVLGMMNLMWFGKIGKGLMKTISKR