; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh13G005730 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh13G005730
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationCmo_Chr13:6475233..6477048
RNA-Seq ExpressionCmoCh13G005730
SyntenyCmoCh13G005730
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A5D3DAQ5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.0e-14496.98Show/hide
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.6e-14496.23Show/hide
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A0A6J1EKH2 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.0e-148100Show/hide
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A0A6J1KQK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.1e-14799.25Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.7e-14091.76Show/hide
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P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic1.3e-14090.94Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic9.8e-14193.56Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic4.4e-14190.94Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.8e-14292.51Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 33.7e-13587.27Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 23.7e-13587.27Show/hide
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        MAAS MALSSP+ AGKAV L+P++SE++G+GRV+MRK+ AK    SGS WYG DRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 19.8e-13687.64Show/hide
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        MAAS MALSSP+ AGKAVKL+P++SE++G+GRV+MRK+ AK    SGS WYG DRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.3e-13286.52Show/hide
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        MA+S MALSSP+ AGKAVK  P++S+++G+GRV+MRK+ AK    SGS WYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B13.7e-13586.84Show/hide
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        MAAS MALSSP+L GKAVKL+P++SE+ G GR++MRK++  +  SGS WYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASAMALSSPSLAGKAVKLTPSSSEIVGNGRVSMRKSAAKSVSSGSLWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCTCTGCAATGGCTCTCTCCTCTCCGTCGCTTGCCGGGAAGGCAGTGAAACTCACTCCCTCCTCCTCGGAGATTGTCGGCAATGGCAGAGTCAGCATGAGGAA
ATCCGCCGCCAAATCTGTTTCTTCTGGAAGCCTATGGTACGGACCTGACCGTGTCAAGTATTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGTCTCCGTCCTACCTCACCGGGGAGTTCC
CCGGTGACTATGGCTGGGACACTGCCGGACTTTCTGCTGACCCTGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTTATCCACTCCAGGTGGGCTATGCTCGGAGCATTG
GGGTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTATCCCGCAACGGCGTGAAGTTTGGGGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCAGGTTCACAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGG
GAACCCGAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTAGCCATTTGGGCATCGCAGGTGGTTCTGATGGGGGCGGTGGAGGGATACCGTATTGCGGGTGGGCCATTGGGGGAGG
TGACGGATCCGATATACCCGGGTGGGAGCTTTGACCCGTTGGGACTTGCAGATGACCCGGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTTAAGAATGGAAGACTGGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGCTTCTTCGTTCAGGCCATCGTGACTGGAAAGGGCCCATTGGAGAATCTTGCCGATCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
CGCCACCAACTTTGTCCCTGGAAAATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GAGATTCATAGCCAATGAAATCATACACGTTGATTTTCCCACGATAACAATATTCTGTATTTAAAAACTGAATCTCAACGGCTTTCTCATCACTACACCAGCTAACAACT
TTGAACGCATTTCATTTCTGTGATCCTTTCTTGCAATGGCGGCCTCTGCAATGGCTCTCTCCTCTCCGTCGCTTGCCGGGAAGGCAGTGAAACTCACTCCCTCCTCCTCG
GAGATTGTCGGCAATGGCAGAGTCAGCATGAGGAAATCCGCCGCCAAATCTGTTTCTTCTGGAAGCCTATGGTACGGACCTGACCGTGTCAAGTATTTGGGTCCATTCTC
CGGCGAGTCTCCGTCCTACCTCACCGGGGAGTTCCCCGGTGACTATGGCTGGGACACTGCCGGACTTTCTGCTGACCCTGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAG
TTATCCACTCCAGGTGGGCTATGCTCGGAGCATTGGGGTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTATCCCGCAACGGCGTGAAGTTTGGGGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCAGGTTCA
CAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGGGAACCCGAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTAGCCATTTGGGCATCGCAGGTGGTTCTGATGGGGGCGGTGGA
GGGATACCGTATTGCGGGTGGGCCATTGGGGGAGGTGACGGATCCGATATACCCGGGTGGGAGCTTTGACCCGTTGGGACTTGCAGATGACCCGGAAGCCTTTGCAGAGC
TGAAGGTGAAGGAGCTTAAGAATGGAAGACTGGCCATGTTCTCCATGTTTGGCTTCTTCGTTCAGGCCATCGTGACTGGAAAGGGCCCATTGGAGAATCTTGCCGATCAC
CTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTACGCCACCAACTTTGTCCCTGGAAAATAAGCTATAATTGTTTGTTCCTAGAGTGCTTTCGAGAACGAAACGACTGC
GCTTTGTTAATTTTAGTTCTCCATCTTTAAACCAAAATCAAATGAAATAACATGTGGTTCTATATCCAAATTAATTCTAATGAGATAAAAGAGCTCACGAAAGGAAGATC
GTTCGAGGACAATCGATATTAAATTATAAGTTTAGTTCTAAATTTTGAAATTTTTAAACTGTGACAAATCTAATGGAGAAAGGAAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASAMALSSPSLAGKAVKLTPSSSEIVGNGRVSMRKSAAKSVSSGSLWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK