; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh14G003950 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh14G003950
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33
Genome locationCmo_Chr14:1862809..1868258
RNA-Seq ExpressionCmoCh14G003950
SyntenyCmoCh14G003950
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6596659.1 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.3e-7780.1Show/hide
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KAG7017535.1 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.6e-9094.86Show/hide
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        LLGRELTVVFAEENRKRPE MRARDSSRGWSYSYKRSPLRYSQSPHYG+KNARS EYYSPARCRRYSRS+SPRGR
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KAG7028197.1 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.6e-7976.47Show/hide
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        QVLLGRELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRG SYSY+RSPL+YSQSP +G+K +RS EYYSPAR RRYSR      S S  G  GTGS+PTQG HHMIQG
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           I  A AG  A AEAI+GE
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XP_022151394.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 [Momordica charantia]1.6e-7685.31Show/hide
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        QVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRG SY+Y+RSPLRYS+SPHY +K +RS EYYSPA+  RYSRSISPR R
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XP_023539101.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.8e-7682.87Show/hide
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        ELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRG SYSY+RSPL+YSQSP +G+K +RS EYYSPAR RRYSRSISPR R
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1DCY5 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL337.9e-7785.31Show/hide
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        MRGR  SYSPSPPR YGRRHRSPSPR RGGR R LPT LLVRNLRHDCRPED+ GLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGF FVQFVDPA   DAKYELDG
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        QVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRG SY+Y+RSPLRYS+SPHY +K +RS EYYSPA+  RYSRSISPR R
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A0A6J1G9D2 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X28.2e-7481.67Show/hide
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A0A6J1G9Y3 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X14.8e-7481.22Show/hide
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        +KLKMRGR  SYSPSPPR YGRR+RS SPRG GGR R LPT LLVRNLRHDCRPED+ GLFGRFGPLKDIYLPRDYYSG+PRGF FVQ++DP   ADAKY
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        ELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPE+MRARDSS G SYSY+RSPL+YSQSP +G+K + S EYYSPAR  RYSRSISPR R
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A0A6J1L0E4 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X22.6e-7583.15Show/hide
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        KLKMRGR  SYSPSPPR YGRR+RS SPRG GGR R LPT LLVRNLRHDCRPED+ GLFG+FGPLKDIYLPRDYYSG+PRGF FVQ++DP   ADAKYE
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        LDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRG SYSY+RSPL+YSQSP +G+K +RS EYYSPAR RRYSRSISPR
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A0A6J1L3A1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X11.5e-7582.68Show/hide
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        +KLKMRGR  SYSPSPPR YGRR+RS SPRG GGR R LPT LLVRNLRHDCRPED+ GLFG+FGPLKDIYLPRDYYSG+PRGF FVQ++DP   ADAKY
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        ELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRG SYSY+RSPL+YSQSP +G+K +RS EYYSPAR RRYSRSISPR
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O75494 Serine/arginine-rich splicing factor 101.1e-1938.41Show/hide
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        SRYL    T L VRN+  D R ED+   FGR+GP+ D+Y+P D+Y+  PRGF +VQF D  DA+   + LD + + GR++ + FA+ +RK P +M+A++ 
Subjt:  SRYL---PTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDPADAK---YELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDS

Query:  SRGWSYSYKRSPLRY--SQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSISPRGRGGTGSNPTQGHHH
           +S S      RY  S+S  Y ++ +RS  +        Y RS SPR    TG  P +   H
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Q1PDV2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL285.6e-2744.33Show/hide
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        + + + R RSYSP P      R RSP PR R G    R R  P+           LL+RNL  D RP D+   F RFGPLKDIYLPR+YY+GEPRGF FV
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Query:  QF---VDPADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYK----RSPLR------YSQSP---HYGQKNARSTEYYSPARCRRYSR
        ++    D A+A   ++ +V+ GRE+ +VFAEENRK P+EMR  + + G    YK    RSP R       S+SP          R  + YSP   RR SR
Subjt:  QF---VDPADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYK----RSPLR------YSQSP---HYGQKNARSTEYYSPARCRRYSR

Query:  SIS
        SIS
Subjt:  SIS

Q8L3X8 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL301.0e-2846.32Show/hide
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        R YSP   SPP R YG R RSP P           G GGR       LLVRN+  DCRPE++   F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+FVD  D 
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          A+  ++ +   GRE+TVV A E+RKRPEEMR +  +R    S  R    + +S       +RS    S +R R  SRS S  PR RGG
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Q9LHP2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A1.7e-5263.39Show/hide
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        MRGRSY+PSPPR YGRR RSPSPRGR  G R   LPT LLVRNLRHDCR ED+   F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGF F+QF+DPAD   AK+++DG
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Query:  QVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSY---KRSPLRYSQS--PHYGQKN-ARSTEYYSPARCRRYSRSISPRGR
         +LLGRELTVVFAEENRK+P EMR RD   G S  +   +RSP RYS+S  P  G+++ +RS  Y SP   R  SRS+SP+ R
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Q9SEU4 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL338.8e-5765.92Show/hide
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        MRGRSY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGRSR LPT LLVRNLRHDCR ED+   F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGF FVQF+DP   ADAK+ +DG 
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Query:  VLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRY-----SQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSISPR
        +LLGRELTVVFAEENRK+P EMRAR+   G     +R+P RY     S  P  G+  +RS +YYSP   R + RSISPR
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 336.2e-5865.92Show/hide
Query:  MRGRSYSPSPPRCYGRRHRSPSPRGR-GGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDP---ADAKYELDGQ
        MRGRSY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGRSR LPT LLVRNLRHDCR ED+   F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGF FVQF+DP   ADAK+ +DG 
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Query:  VLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRY-----SQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSISPR
        +LLGRELTVVFAEENRK+P EMRAR+   G     +R+P RY     S  P  G+  +RS +YYSP   R + RSISPR
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AT1G55310.2 SC35-like splicing factor 336.2e-5865.92Show/hide
Query:  MRGRSYSPSPPRCYGRRHRSPSPRGR-GGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDP---ADAKYELDGQ
        MRGRSY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGRSR LPT LLVRNLRHDCR ED+   F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGF FVQF+DP   ADAK+ +DG 
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Query:  VLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRY-----SQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSISPR
        +LLGRELTVVFAEENRK+P EMRAR+   G     +R+P RY     S  P  G+  +RS +YYSP   R + RSISPR
Subjt:  VLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRY-----SQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSISPR

AT1G55310.3 SC35-like splicing factor 331.4e-5461.46Show/hide
Query:  MRGRSYSPSPPRCYGRRHRSPSPRGR-GGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSG------------EPRGFRFVQFVDP-
        MRGRSY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGRSR LPT LLVRNLRHDCR ED+   F +FGP+KDIYLPRDYY+G            +PRGF FVQF+DP 
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Query:  --ADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSY-SYKRSPLRY-----SQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSISPR
          ADAK+ +DG +LLGRELTVVFAEENRK+P EMRAR+   G  +   +R+P RY     S  P  G+  +RS +YYSP   R + RSISPR
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AT3G13570.1 SC35-like splicing factor 30A1.2e-5363.39Show/hide
Query:  MRGRSYSPSPPRCYGRRHRSPSPRGR--GGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDPAD---AKYELDG
        MRGRSY+PSPPR YGRR RSPSPRGR  G R   LPT LLVRNLRHDCR ED+   F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGF F+QF+DPAD   AK+++DG
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Query:  QVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSY---KRSPLRYSQS--PHYGQKN-ARSTEYYSPARCRRYSRSISPRGR
         +LLGRELTVVFAEENRK+P EMR RD   G S  +   +RSP RYS+S  P  G+++ +RS  Y SP   R  SRS+SP+ R
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AT3G55460.1 SC35-like splicing factor 307.2e-3046.32Show/hide
Query:  RSYSP---SPP-RCYGRRHRSPSP----------RGRGGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDPAD-
        R YSP   SPP R YG R RSP P           G GGR       LLVRN+  DCRPE++   F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+FVD  D 
Subjt:  RSYSP---SPP-RCYGRRHRSPSP----------RGRGGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDPAD-

Query:  --AKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRYSQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSIS--PRGRGG
          A+  ++ +   GRE+TVV A E+RKRPEEMR +  +R    S  R    + +S       +RS    S +R R  SRS S  PR RGG
Subjt:  --AKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRYSQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYSRSIS--PRGRGG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATCGCAAAAGCTTATATGGGTCTATGCCTTCGGTGCCTCCCCACACTATTCTGTACTATACAATTGAGGGGGTGGCAACACACACAACTACGATGTTATTTTACAGA
CTGCTCAGTAGCGGTAGCTGTACAGGGGCTCCATTTGATTTCTCTCAGGAAATTGAAAATGAGAGGTAGAAGTTATAGTCCATCACCACCAAGGTGTTATGGCAGGAGAC
ATCGTAGCCCTAGTCCAAGGGGTCGTGGAGGTCGTAGTAGGTATCTGCCTACAATTCTTTTGGTTAGGAACCTAAGGCACGACTGCAGGCCAGAGGACGTACATGGATTA
TTTGGGCGGTTTGGTCCGCTTAAGGACATTTACTTGCCACGAGATTATTATTCTGGAGAACCACGTGGCTTTAGATTTGTCCAGTTTGTTGATCCTGCTGATGCCAAGTA
TGAATTGGATGGCCAAGTTCTCCTGGGTCGTGAATTAACTGTTGTGTTTGCTGAGGAGAACAGGAAGAGACCTGAAGAGATGAGAGCAAGAGACTCATCGAGGGGTTGGT
CCTACAGTTACAAGCGTTCCCCCCTGCGATATTCACAATCACCGCACTATGGTCAAAAAAATGCACGTAGTACAGAGTATTATTCCCCTGCTCGGTGTAGACGATACTCA
AGGTCAATCTCGCCAAGGGGACGCGGAGGTACAGGGAGCAATCCTACTCAAGGTCACCACCATATGATTCAAGGGGGTGCAGTTATAGCCGGAGCAGGAGTCATAGCTAC
AGCCGAAGCTATTGTAGGTGAGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATCGCAAAAGCTTATATGGGTCTATGCCTTCGGTGCCTCCCCACACTATTCTGTACTATACAATTGAGGGGGTGGCAACACACACAACTACGATGTTATTTTACAGA
CTGCTCAGTAGCGGTAGCTGTACAGGGGCTCCATTTGATTTCTCTCAGGAAATTGAAAATGAGAGGTAGAAGTTATAGTCCATCACCACCAAGGTGTTATGGCAGGAGAC
ATCGTAGCCCTAGTCCAAGGGGTCGTGGAGGTCGTAGTAGGTATCTGCCTACAATTCTTTTGGTTAGGAACCTAAGGCACGACTGCAGGCCAGAGGACGTACATGGATTA
TTTGGGCGGTTTGGTCCGCTTAAGGACATTTACTTGCCACGAGATTATTATTCTGGAGAACCACGTGGCTTTAGATTTGTCCAGTTTGTTGATCCTGCTGATGCCAAGTA
TGAATTGGATGGCCAAGTTCTCCTGGGTCGTGAATTAACTGTTGTGTTTGCTGAGGAGAACAGGAAGAGACCTGAAGAGATGAGAGCAAGAGACTCATCGAGGGGTTGGT
CCTACAGTTACAAGCGTTCCCCCCTGCGATATTCACAATCACCGCACTATGGTCAAAAAAATGCACGTAGTACAGAGTATTATTCCCCTGCTCGGTGTAGACGATACTCA
AGGTCAATCTCGCCAAGGGGACGCGGAGGTACAGGGAGCAATCCTACTCAAGGTCACCACCATATGATTCAAGGGGGTGCAGTTATAGCCGGAGCAGGAGTCATAGCTAC
AGCCGAAGCTATTGTAGGTGAGTAAAAATATTTCAAGTTTTAAGAAGCCAGCTAATTTTTCTAAAAACCCAGAAACTAATGATGTTAAAAATGCTTGGAATTTGGATTGG
GGAAGCCTGCATATGATTTAGAAAATGCTTTCTCTTGGGATTTTGAAAAATGATGGAAGTCAACCCTTTAATTTAAGCCC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MIAKAYMGLCLRCLPTLFCTIQLRGWQHTQLRCYFTDCSVAVAVQGLHLISLRKLKMRGRSYSPSPPRCYGRRHRSPSPRGRGGRSRYLPTILLVRNLRHDCRPEDVHGL
FGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFRFVQFVDPADAKYELDGQVLLGRELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGWSYSYKRSPLRYSQSPHYGQKNARSTEYYSPARCRRYS
RSISPRGRGGTGSNPTQGHHHMIQGGAVIAGAGVIATAEAIVGE