; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh15G008100 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh15G008100
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationCmo_Chr15:4014936..4020107
RNA-Seq ExpressionCmoCh15G008100
SyntenyCmoCh15G008100
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
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GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
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GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6579070.1 hypothetical protein SDJN03_23518, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]9.9e-143100Show/hide
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KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.1e-9697.24Show/hide
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XP_022939214.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucurbita moschata]3.3e-98100Show/hide
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XP_022939221.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X3 [Cucurbita moschata]2.0e-95100Show/hide
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XP_023551087.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.9e-9598.86Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB76.4e-9598.3Show/hide
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A0A2P2JY16 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X11.4e-9497.75Show/hide
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A0A6J1FFB3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X39.8e-96100Show/hide
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A0A6J1FGH6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X11.6e-98100Show/hide
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A0A6J1JWX8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.3e-9598.3Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 76.3e-9292.61Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.1e-9597.13Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB77.6e-5354.07Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB77.6e-5354.07Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB77.6e-5354.65Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.3e-0429.89Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.3e-0429.89Show/hide
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain7.1e-1433.59Show/hide
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        G+++  T +ENIG+G I + TG + FPV +  + F+ FKGEI+  +V  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.6e-1331.06Show/hide
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        G+ VA+T ++ IG+G I + TG V FPV +  + F+ FKGEI+  +V  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II4.5e-9392.61Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AATGGAACCAAGGCTGACTTCTTCTTCCTCTCCGTGCTTGACGCTGTTGTCGGCCCGCCGCCTCTCCCCGTTCAGTGCCACCGCCGCCTCTCTCCCACTTTGTCCCGCCG
CCGCCGCCTCCCTACCAGTACAGGGAGCCACTATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAACATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGCCGTAATCTCCGTGAAAATCTG
GTGTCCAAACTCATGAAAGATGTTGAGGGTACTTGCAGTGGTCGACATGGTTTCGTAGTAGCAATTACGGGAATTGAGAACATCGGTAAAGGATTGATTAGCGATGGGAC
AGGTTTCGTCACTTTTCCCGTTAAATACCAATGCGTCGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAATTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGTTTCTTTGCTG
AAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCCGGAGATATGCCAAACTATACCACTTCGGATGGATCAGTTAAGATT
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TGCGGCAGCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCTTTGCCACCTAAACATTGCTTTTCAAAGACCCAGATTCTTATCTTGGAGATCGCTGAGTACTTGTGTCACAGAGAGCTTGAGAAGGTATCTTTCTTAGGCATGGA
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AGGTTTCGTCACTTTTCCCGTTAAATACCAATGCGTCGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAATTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGTTTCTTTGCTG
AAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCCGGAGATATGCCAAACTATACCACTTCGGATGGATCAGTTAAGATT
CAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATCGGGACTCGAGTCGATGCAACTGAAATCTTTTGTATTGGAACCATTAAAGATGACTTCTTGGGTGTCATAAATGACCC
TGCGGCAGCTTAGAACATGTGTTAGTTTACTAATTTTACTGTATAGTTTCTGCATTTCCTTGACTGTTCTCTGTCGAATTAAACGGATTCGTTTGCCCGTTACTTGGTGT
AGCAATATTTGGAATGAGAAACGTATTTATAACGGTCCAAGTCCAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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VSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLISDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAIVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDMPNYTTSDGSVKI
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