; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh16G008290 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh16G008290
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionRas-related protein Rab-1A
Genome locationCmo_Chr16:4357308..4361097
RNA-Seq ExpressionCmoCh16G008290
SyntenyCmoCh16G008290
Gene Ontology termsGO:0006886 - intracellular protein transport (biological process)
GO:0012505 - endomembrane system (cellular component)
GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
GO:0005525 - GTP binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001806 - Small GTPase
IPR005225 - Small GTP-binding protein domain
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L6Q4 Uncharacterized protein5.0e-10189.45Show/hide
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A0A1S3BTF1 ras-related protein RABD1 isoform X15.0e-10188.99Show/hide
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A0A6J1C4U5 ras-related protein RABD11.5e-10089.45Show/hide
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A0A6J1EMZ9 ras-related protein RABD1-like1.8e-10392.2Show/hide
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A0A6J1JCC5 ras-related protein RABD1-like1.8e-10392.2Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P16976 GTP-binding protein YPTM13.5e-8374.11Show/hide
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P40392 Ras-related protein RIC13.1e-8473.06Show/hide
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Q05737 GTP-binding protein YPTM29.1e-8473.52Show/hide
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           VQ++GQP+ QK+SCCS
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Q9SEH3 Ras-related protein RABD2c5.3e-8472.48Show/hide
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Q9ZRE2 Ras-related protein RABD19.4e-8977.63Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G02130.1 RAS 51.3e-8271.23Show/hide
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AT3G09900.1 RAB GTPase homolog E1E1.8e-5853.12Show/hide
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        ++YDYL KLLLIGDS VGKSCLLLRF+                 DD++  S+I+TIG+DFKIRTVELDGK +KLQIWDTAGQERFRTIT++YYRGA GI+
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        +VYDVT+  SFNN++ W+  I+++A+DSV K+LVGNK D+ E+K  V T   +A ADE GI F ETSAK + NVEQ FL++A +IK+++    + +   G
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AT3G11730.1 Ras-related small GTP-binding family protein6.7e-9077.63Show/hide
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        IIIVYD TEMESFNNVKQWL+EIDRYAN+SVCKLL+GNK D+VE+KVV TET +A ADELGIPFLETSAKDSINVEQAFLT+A EIKKKMGSQ +++ +S
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          G VQMKGQPI+Q +  C
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AT4G17530.1 RAB GTPase homolog 1C3.8e-8572.48Show/hide
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        M+ EYDYLFKLLLIGDS VGKSCLLLRFA                 DDSY+DSYISTIGVDFKIRTVE DGKT+KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHG
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        II+ YDVT++ESFNNVKQWLNEIDRYA+++V KLLVGNKCDL   KVV TETAKAFADELGIPFLETSAK++ NVE+AF+ M A IK +M SQP+     
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          VQ++GQP+ Q+S CCS
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AT5G47200.1 RAB GTPase homolog 1A9.3e-8472.02Show/hide
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        M+ EYDYLFKLLLIGDS VGKSCLLLRFA                 DDSY+DSYISTIGVDFKIRTVE DGKT+KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHG
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        II+ YDVT++ESFNNVKQWLNEIDRYA+++V KLLVGNK DL   KVV TETAKAFADELGIPFLETSAK++ NVE+AF+ M A IK +M SQP+     
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          VQ++GQP+ Q+S CCS
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGCAACGAATATGATTATTTGTTCAAGCTCTTGCTAATCGGTGACTCTTCTGTTGGAAAGTCGTGCCTTCTTCTCAGATTTGCGGGGTTATGTTCATCAGTACAGAA
ATACTTAATTGCTTTGTTTTTCTTTCCTGATGATTCCTATGTGGATAGCTATATAAGTACGATTGGAGTTGATTTCAAAATCAGAACTGTGGAACTGGATGGAAAGACCG
TTAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAGGAGAGATTCAGGACTATCACAAGCAGCTATTACAGAGGAGCACATGGAATAATTATTGTTTATGATGTCACTGAGATG
GAGAGCTTTAACAACGTCAAGCAATGGCTGAATGAGATTGATAGATATGCTAATGATAGTGTGTGCAAGCTTTTAGTAGGAAATAAGTGTGATTTAGTTGAGAACAAGGT
TGTTGACACAGAGACAGCAAAGGCATTTGCAGACGAGCTCGGAATTCCTTTTCTGGAGACGAGTGCAAAAGACTCGATCAATGTGGAGCAAGCTTTCTTAACTATGGCTG
CTGAAATAAAGAAAAAAATGGGGAGCCAGCCAAGTTCGTCGATGTCGTCGGGGAATGTGCAAATGAAGGGGCAACCAATTGAGCAAAAGAGCAGCTGTTGCAGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATCTCTTACTTCAGTCCCACTCTCTCCCCCTTCGCATTCGGTCCGAAGACGCCGAGAGAAAACTACGGAGGCAGATTTTTTTCAATTTCGATTCAAACCATGAGCAACGA
ATATGATTATTTGTTCAAGCTCTTGCTAATCGGTGACTCTTCTGTTGGAAAGTCGTGCCTTCTTCTCAGATTTGCGGGGTTATGTTCATCAGTACAGAAATACTTAATTG
CTTTGTTTTTCTTTCCTGATGATTCCTATGTGGATAGCTATATAAGTACGATTGGAGTTGATTTCAAAATCAGAACTGTGGAACTGGATGGAAAGACCGTTAAGCTCCAG
ATTTGGGACACTGCTGGTCAGGAGAGATTCAGGACTATCACAAGCAGCTATTACAGAGGAGCACATGGAATAATTATTGTTTATGATGTCACTGAGATGGAGAGCTTTAA
CAACGTCAAGCAATGGCTGAATGAGATTGATAGATATGCTAATGATAGTGTGTGCAAGCTTTTAGTAGGAAATAAGTGTGATTTAGTTGAGAACAAGGTTGTTGACACAG
AGACAGCAAAGGCATTTGCAGACGAGCTCGGAATTCCTTTTCTGGAGACGAGTGCAAAAGACTCGATCAATGTGGAGCAAGCTTTCTTAACTATGGCTGCTGAAATAAAG
AAAAAAATGGGGAGCCAGCCAAGTTCGTCGATGTCGTCGGGGAATGTGCAAATGAAGGGGCAACCAATTGAGCAAAAGAGCAGCTGTTGCAGTTGAGAAGAAGAAGAAGT
CGCCTAATTATATAAAAGGTAAAATCTAAGTTAACAGGTTTCTTAAGAAGAAGTCGTCTTTACTTTGTGTTGGCTCAAGGATTTCAATGTTATGGTGAATTGTTCCCTAT
TTGAAACGTTTCTGTGTATAAATGTTTTGTGACACTCACCTTTGGATACTTTTCTGTCTCTCCTAATCATCTCCATACACTGAAGTCTGGAGAGAATTATATCAGTGTAG
TTTGGAGTAAAGAAAATCATTCCGACATTCATTGAGGACAGTCATATTTCGTCGTGTCGTGTCGCCATGTTACTTTTGTGATATTCTAGCCACTGTAATATACTCTTTTC
CATAGCTTTTCTAGCAACTAGGAGGTGCCTTGTTGCACCACGGTACCATAGGACCATATTTAGTGGGATGTCGGGCTTAAACATTGGATCGGTGCTAAGAGTATCTCTTG
CTCGTGTCTCGGTGGAAAAGAATTGATTTGAAAACAACCCATATAGGTTTGTATATAGTTAATTGATTTGTGAATCATTGATGACAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSNEYDYLFKLLLIGDSSVGKSCLLLRFAGLCSSVQKYLIALFFFPDDSYVDSYISTIGVDFKIRTVELDGKTVKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIIVYDVTEM
ESFNNVKQWLNEIDRYANDSVCKLLVGNKCDLVENKVVDTETAKAFADELGIPFLETSAKDSINVEQAFLTMAAEIKKKMGSQPSSSMSSGNVQMKGQPIEQKSSCCS