CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh17G004670
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	nuclear pore complex protein NUP62
Genome location	Cmo_Chr17:3313593..3328464
RNA-Seq Expression	CmoCh17G004670
Synteny	CmoCh17G004670
Gene Ontology terms	GO:0006405 - RNA export from nucleus (biological process) GO:0006606 - protein import into nucleus (biological process) GO:0044613 - nuclear pore central transport channel (cellular component) GO:0005543 - phospholipid binding (molecular function) GO:0017056 - structural constituent of nuclear pore (molecular function)
InterPro domains	IPR007758 - Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal IPR025574 - Nucleoporin FG repeat IPR026010 - Nucleoporin NSP1/NUP62

Homology

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KAG6575234.1 Nuclear pore complex protein NUP62, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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         FG+  S             SAG+SS+P FGAAPSAG +SAPSLFGG SS ATTSSAPLFGTSA  AS GS +FGAS AASGS                S
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                                              ++SSSSSLT ASTSSSSFSFGTPASS+SQSSFGFSI+NAASTGGSSAP TTA KPTSL    
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                    SASTPAA ST QPSFS+PAFS SSSAATTLSIAASS PS  SSGA SSFTGFGVTS+A+SSSAI SLSLPTK+ TAASSSQAPASFGF
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Query:  DGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS
        DGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAAT+GPAADRELLGQK WMS
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A0A1S3CAD4 nuclear pore complex protein NUP62

5.2e-246

79.24

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Query:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGS--SPLSL-SSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPP-SSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTG
        MSGF FGSS+SQ SSSSSPFSSTTGFSFGST+ FSFGS  SPLSL SSSSSSNP+SSSS F N TSNPP SS+ FGF SSSF SS SSPFSFSL +ASTG
Subjt:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGS--SPLSL-SSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPP-SSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTG

Query:  ASSGS-------SGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAP
        ASS S       S SSLF  SSSS G +SFGFG SSSS  SSA              P FGAAS+SGTS A LFG    +GSSP PSFGAAP SGSSVAP
Subjt:  ASSGS-------SGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAP

Query:  LFGSAPSS-GSSPLPSFGAAPSAGSSSSP-FFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSS-SSLFGSNPF-----
         FG+  SS G+S  P FGAAPSAG+SS+P  FG A SA TS+  LFG  +SAA++ SA LFG SAP +  G+S+FG S  +SGS+ S LFGS+PF     
Subjt:  LFGSAPSS-GSSPLPSFGAAPSAGSSSSP-FFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSS-SSLFGSNPF-----

Query:  ASSSSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSIT---AASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGF
         +SSSVSTSNLF SS SS   +PFQ+S SSSSSQNL+SSSPFAAS SGFSF T++LSKTTSIT   ++SSSSSLT ASTSSSSFSFGTPASS+SQSSFGF
Subjt:  ASSSSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSIT---AASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGF

Query:  SISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAAS
        SI+NAASTGGSSAP TTA KPTSLS S SVAPLFSTVTTTSASTPAA+ST QPSFS+PAFS SSSAATTLSIAASS PS  SSG  SSFTGFGVTS+A+S
Subjt:  SISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAAS

Query:  SSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQ
        SSAI SLSLPTK+ TAASSSQAPASFGF SLA ASTAATTTSG +ASSQSQTSS LV+ASSSSGTTSTVS TVS+TPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQ
Subjt:  SSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQ

Query:  ERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIE
        ERTGKFRKQANAIAEWDRRI+QNRDILLRLEIEVAKVVETQ ELEKKLELIETHQQEVDKAL SVE+DAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIE
Subjt:  ERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIE

Query:  RELEQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS
        RELEQMTEQIKSIIQTLNA+QGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAAT+GPAADRELLGQKFWMS
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A0A6J1H5C8 nuclear pore complex protein NUP62 isoform X1

0.0e+00

100

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        MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSG
Subjt:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSG

Query:  SSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSS
        SSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSS
Subjt:  SSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSS

Query:  PLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASSSSVSTSNLFGSSSSSA
        PLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASSSSVSTSNLFGSSSSSA
Subjt:  PLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASSSSVSTSNLFGSSSSSA

Query:  STTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPT
        STTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPT
Subjt:  STTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPT

Query:  SLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA
        SLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA
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Query:  PASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQ
        PASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQ
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Query:  NRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQG
        NRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQG
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Query:  GELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS
        GELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS
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A0A6J1H7F5 nuclear pore complex protein NUP62 isoform X2

2.0e-274

100

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Query:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSG
        MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSG
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        SSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSS
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Query:  PLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASSSSVSTSNLFGSSSSSA
        PLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASSSSVSTSNLFGSSSSSA
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Query:  STTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPT
        STTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPT
Subjt:  STTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPT

Query:  SLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA
        SLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA
Subjt:  SLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQA

Query:  PASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQ
        PASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQ
Subjt:  PASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQ

Query:  NRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEV
        NRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEV
Subjt:  NRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEV

A0A6J1L2D4 nuclear pore complex protein NUP62

0.0e+00

95.14

Show/hide

Query:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSG
        MSGFSFGSSSSQ+SSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSG
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Query:  SSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSS
         SGS+LFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAP SGSSVAPLFGSAPSSGSS
Subjt:  SSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSS

Query:  PLPSFGAAPSA--------------GSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASS--
        PLPSFGA+PSA              GSSSSPFFGAAPS GTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGAS AASGSSSSLFGSN FASS  
Subjt:  PLPSFGAAPSA--------------GSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASS--

Query:  ---SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSIS
           SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSIT ASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGF+IS
Subjt:  ---SSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSIS

Query:  NAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSA
        NAAS  GSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASS PS TSSGAASSFTGFG+TSTAASSSA
Subjt:  NAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSA

Query:  IVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERT
        IVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLA AS AATTTSGSNASSQSQTSSTLV+ASSSSGTTSTVS TVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERT
Subjt:  IVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERT

Query:  GKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIEREL
        GKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIEREL
Subjt:  GKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLDDEAASTRDAMYEQAEYIEREL

Query:  EQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS
        EQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS
Subjt:  EQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

G0SBQ3 Nucleoporin NSP1

2.3e-12

31.76

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Query:  FSFSLPAASTGASSGSSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGS
        F+F  P     ++SG+SG S  + + +SGGL    FG   S+ GSS P+F    TSG+     FG A+    +   LFG+     SS  P       +G+
Subjt:  FSFSLPAASTGASSGSSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGS

Query:  SVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAA--PSA---GSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNP
            LFG + SS S P   FG A  PS    G++S+   G++  AGT  PSLFG  S  ATTS+     T A TA  G S+FG++TA +  SS+   +  
Subjt:  SVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAA--PSA---GSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNP

Query:  FASSSSVSTSNLFGSS------SSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAAS--SSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSAS
        F  SS+ S S LFGS+      +S + TTP +  F S  S   + + P  A+ +   F   S   TT  +  +   S+S T+   SS+      PA +++
Subjt:  FASSSSVSTSNLFGSS------SSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAAS--SSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSAS

Query:  QSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTT-SASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAA--SSVPSTTSSGAASSFTG
         ++     ++ A+T  +SAP +T       +  TS AP  ST T+T +ASTPAAT   +P F   A + +  ++TT +     S+ P+TT++  +S+ T 
Subjt:  QSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTT-SASTPAATSTAQPSFSMPAFSLSSSAATTLSIAA--SSVPSTTSSGAASSFTG

Query:  --FG----VTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPAS-FGFSSLAPASTAA-TTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTV-STTVSATPKLPSE
          FG     T+ AA+SS   + S P+   +  +S+ APAS    ++ APAST+A  TT+ +  S  S T+ST      +  TT+ + ++TV    +LP  
Subjt:  --FG----VTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPAS-FGFSSLAPASTAA-TTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTV-STTVSATPKLPSE

Query:  ITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLD
        +  KT++EII  W  +L +   +F++QA  + EWDR +++N + + +L     +      E+E++L  +E+ Q+E+   L   E + + +Y  + G    
Subjt:  ITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLD

Query:  DEAA---STRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLN-----ASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRI---QKLAATQG
        ++AA     R+  Y+ AE +  +L++M + +  +I+ +N      S+G + D      PL  +VR+LN  L+ L WID  A    +++   QK A + G
Subjt:  DEAA---STRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLN-----ASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRI---QKLAATQG

Q8L7F7 Nuclear pore complex protein NUP62

2.2e-116

51.62

Show/hide

Query:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGS-----SPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPP--SSTP-FGFASSSFPSSASSPFSFSLPA
        MSGF FG S           +S  GFSFGS+SA +  S     SPLS S + SSNPSS+   F +  S+ P  S+TP FGF +SS PS     F F   A
Subjt:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGS-----SPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPP--SSTP-FGFASSSFPSSASSPFSFSLPA

Query:  ASTGASSGSSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPS---FG----AASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPS-FGAAPGSG
        +S+  S G   S+    +S++    SFGFG ++SS   +   FG++ T+ SS  P    FG    +AS++ T  + LFG+  SS ++P  S FGAAP SG
Subjt:  ASTGASSGSSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPS---FG----AASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPS-FGAAPGSG

Query:  SSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGA---------STAASGSSSSL
        S+  PLFGS+PS        F A  SA +S+S  FGA+ SA TS   LFG  SSA  T + P F  ++      SSIFGA         +++ASGSS S+
Subjt:  SSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGA---------STAASGSSSSL

Query:  F---GSNPF--ASSSSVSTSNLFGSSSSSAST---TPF-QNSFSSSSSQNLS--SSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSF
        F   GS+PF  +SSS+ ST +LF SSSS A+T   +PF  ++F+SSS+ N S  S+SPF+A S+GFSF  ++ S TTS T  S+     S   SSSSFSF
Subjt:  F---GSNPF--ASSSSVSTSNLFGSSSSSAST---TPF-QNSFSSSSSQNLS--SSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSF

Query:  GTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPS-----FSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTT
        GT A+S      GF++    STG S+AP   A+  +   FS       +T TTTS+STPAATS    S      + P+F ++SSA  T   ++++  STT
Subjt:  GTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPS-----FSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTT

Query:  SSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPS
          G ASS      T    S+++    ++P  S  A+SS     S  FS   P+ST+ T  + S+A++   T +TLV+ SSS   TST    V+ +PKLPS
Subjt:  SSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPS

Query:  EITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLL
        EITGKTVEEIIKEWN ELQERTG+FRKQANAIAEWD+RILQNRD+LLRLEIEVAKVVETQ+ LE++LELIETHQQEVDKALQS+EE+AERIY DER  LL
Subjt:  EITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLL

Query:  DDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQK
        DDEAASTRDAMYEQ+E +ERELE MTEQI+SIIQ++NA+QGGEL+ IDGM+PLD VVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQK+ A QG   DREL+  K
Subjt:  DDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQK

Query:  FWMS
         WMS
Subjt:  FWMS

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G45000.1 structural constituent of nuclear pore

1.6e-117

51.62

Show/hide

Query:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGS-----SPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPP--SSTP-FGFASSSFPSSASSPFSFSLPA
        MSGF FG S           +S  GFSFGS+SA +  S     SPLS S + SSNPSS+   F +  S+ P  S+TP FGF +SS PS     F F   A
Subjt:  MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGS-----SPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPP--SSTP-FGFASSSFPSSASSPFSFSLPA

Query:  ASTGASSGSSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPS---FG----AASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPS-FGAAPGSG
        +S+  S G   S+    +S++    SFGFG ++SS   +   FG++ T+ SS  P    FG    +AS++ T  + LFG+  SS ++P  S FGAAP SG
Subjt:  ASTGASSGSSGSSLFAASSSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPS---FG----AASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPS-FGAAPGSG

Query:  SSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGA---------STAASGSSSSL
        S+  PLFGS+PS        F A  SA +S+S  FGA+ SA TS   LFG  SSA  T + P F  ++      SSIFGA         +++ASGSS S+
Subjt:  SSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGSSSSPFFGAAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGA---------STAASGSSSSL

Query:  F---GSNPF--ASSSSVSTSNLFGSSSSSAST---TPF-QNSFSSSSSQNLS--SSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSF
        F   GS+PF  +SSS+ ST +LF SSSS A+T   +PF  ++F+SSS+ N S  S+SPF+A S+GFSF  ++ S TTS T  S+     S   SSSSFSF
Subjt:  F---GSNPF--ASSSSVSTSNLFGSSSSSAST---TPF-QNSFSSSSSQNLS--SSSPFAASSSGFSFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSF

Query:  GTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPS-----FSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTT
        GT A+S      GF++    STG S+AP   A+  +   FS       +T TTTS+STPAATS    S      + P+F ++SSA  T   ++++  STT
Subjt:  GTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPS-----FSMPAFSLSSSAATTLSIAASSVPSTT

Query:  SSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPS
          G ASS      T    S+++    ++P  S  A+SS     S  FS   P+ST+ T  + S+A++   T +TLV+ SSS   TST    V+ +PKLPS
Subjt:  SSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTTVSATPKLPS

Query:  EITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLL
        EITGKTVEEIIKEWN ELQERTG+FRKQANAIAEWD+RILQNRD+LLRLEIEVAKVVETQ+ LE++LELIETHQQEVDKALQS+EE+AERIY DER  LL
Subjt:  EITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLL

Query:  DDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQK
        DDEAASTRDAMYEQ+E +ERELE MTEQI+SIIQ++NA+QGGEL+ IDGM+PLD VVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQK+ A QG   DREL+  K
Subjt:  DDEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQK

Query:  FWMS
         WMS
Subjt:  FWMS

Sequences

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ATCATCCCCTTTATCTCTTTCATCTTCCTCCTCCTCAAACCCTAGTTCCTCTTCCTCTGCATTTTCCAATCAAACCTCCAATCCTCCCTCTTCCACTCCCTTTGGCTTTG
CCTCTTCTTCTTTTCCCTCTTCCGCTTCCTCTCCTTTCTCTTTCTCCCTTCCCGCCGCTTCCACTGGGGCCTCTTCTGGAAGTTCAGGTTCTTCATTGTTTGCGGCTTCT
TCATCCTCAGGAGGGTTGAGTTCTTTCGGGTTTGGGGTTTCATCTTCATCAGGAGGCTCGTCTGCTCCTTCATTTGGGGCTGCTCCGACCTCTGGGAGCTCACCTGTGCC
CTCATTTGGGGCTGCTTCGGCCTCTGGGACCTCATTTGCGCCCTTGTTTGGGTCTGCTCCGTCATCTGGGAGCTCACCTGTGCCCTCATTTGGGGCTGCTCCGGGCTCTG
GGAGTTCAGTTGCGCCCTTGTTTGGGTCTGCTCCGTCCTCTGGAAGCTCCCCTTTGCCCTCGTTTGGGGCTGCTCCGTCCGCTGGGAGCTCATCTTCGCCCTTTTTTGGG
GCTGCTCCATCTGCAGGGACCTCGGCTCCGTCCTTGTTCGGAGGGGTGTCTTCTGCTGCAACTACTTCCAGTGCACCATTGTTTGGCACTTCTGCACCCACTGCAAGTCC
GGGGTCATCGATATTTGGAGCTTCTACCGCCGCTTCAGGTTCAAGCTCCTCCCTGTTTGGGTCTAATCCCTTTGCTTCATCTTCTTCGGTATCCACTTCGAACTTGTTTG
GGTCATCTTCATCATCTGCATCGACTACTCCATTCCAGAACTCTTTTTCTTCGAGTTCTTCCCAGAATTTGAGTTCGTCTTCTCCATTTGCGGCTTCTTCTTCTGGGTTC
TCATTTTCGACCACTTCTTTGTCCAAAACTACTAGTATTACCGCAGCATCTTCTTCTTCTTCTCTTACATCAGCTTCTACTAGTTCCTCGAGCTTCTCATTCGGAACACC
TGCTTCATCGGCATCTCAATCTTCTTTCGGGTTCAGTATTAGCAATGCAGCATCGACGGGAGGGTCTTCTGCTCCGGGCACTACAGCTGCGAAGCCTACTTCTCTATCGT
TTTCAACTTCTGTGGCACCTTTATTCTCTACGGTTACTACCACCAGTGCTTCCACTCCGGCTGCAACTAGCACAGCTCAGCCATCCTTCTCCATGCCAGCTTTTAGCTTG
AGTTCTTCAGCTGCTACTACCTTATCCATAGCAGCATCCTCCGTTCCCTCAACTACTTCTTCAGGTGCTGCGAGTTCATTCACCGGTTTTGGCGTCACAAGCACGGCTGC
TTCATCAAGTGCCATTGTTTCCTTGTCGTTGCCAACCAAATCATTGACTGCTGCTTCATCATCCCAAGCACCAGCCTCTTTCGGTTTCTCATCTCTTGCTCCTGCTTCCA
CTGCTGCTACCACCACGTCTGGTTCCAATGCTTCCAGTCAGAGTCAGACTTCATCAACTCTTGTTATAGCAAGCAGTAGTAGTGGTACAACTTCAACTGTGAGTACCACA
GTGTCTGCTACACCAAAATTACCATCTGAGATAACAGGGAAGACTGTTGAAGAGATCATCAAGGAATGGAATGCGGAGCTTCAAGAGCGTACTGGAAAGTTTCGGAAGCA
GGCCAATGCTATTGCTGAGTGGGATAGGAGGATTTTGCAAAATCGGGATATTCTTCTTAGACTTGAGATTGAAGTTGCAAAGGTTGTTGAGACCCAAACTGAGCTGGAGA
AGAAATTGGAGCTGATAGAAACTCACCAACAAGAGGTTGATAAGGCATTGCAAAGTGTGGAAGAAGATGCTGAGCGCATTTACAAGGATGAACGTGGTTTACTCCTTGAC
GATGAAGCTGCATCTACTAGGGATGCAATGTATGAGCAAGCTGAATATATAGAACGAGAACTTGAGCAGATGACAGAACAGATCAAATCAATTATCCAGACCCTAAATGC
GAGCCAGGGAGGAGAACTTGATGTGATTGATGGGATGACGCCGTTAGATGCAGTTGTTCGAATTTTAAACAATCAATTAAGTTCATTAATGTGGATCGATGAAAAGGCCG
AAGAGTTTTCTTCACGTATACAGAAGCTTGCTGCTACCCAGGGTCCTGCTGCAGATCGTGAATTGTTGGGTCAGAAGTTCTGGATGTCTTAA

mRNA sequence

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CCTAAAACCCTCACTTCACAGTCTGTGCCGCCGGAGATCGATCCATCGGCGTTCAATCAACATGTCGGGTTTCTCGTTTGGTTCTTCCTCCTCCCAAGCTTCTTCTTCTT
CTTCTCCGTTTTCGTCAACCACTGGTTTCTCCTTCGGATCCACCTCCGCCTTCTCGTTCGGATCATCCCCTTTATCTCTTTCATCTTCCTCCTCCTCAAACCCTAGTTCC
TCTTCCTCTGCATTTTCCAATCAAACCTCCAATCCTCCCTCTTCCACTCCCTTTGGCTTTGCCTCTTCTTCTTTTCCCTCTTCCGCTTCCTCTCCTTTCTCTTTCTCCCT
TCCCGCCGCTTCCACTGGGGCCTCTTCTGGAAGTTCAGGTTCTTCATTGTTTGCGGCTTCTTCATCCTCAGGAGGGTTGAGTTCTTTCGGGTTTGGGGTTTCATCTTCAT
CAGGAGGCTCGTCTGCTCCTTCATTTGGGGCTGCTCCGACCTCTGGGAGCTCACCTGTGCCCTCATTTGGGGCTGCTTCGGCCTCTGGGACCTCATTTGCGCCCTTGTTT
GGGTCTGCTCCGTCATCTGGGAGCTCACCTGTGCCCTCATTTGGGGCTGCTCCGGGCTCTGGGAGTTCAGTTGCGCCCTTGTTTGGGTCTGCTCCGTCCTCTGGAAGCTC
CCCTTTGCCCTCGTTTGGGGCTGCTCCGTCCGCTGGGAGCTCATCTTCGCCCTTTTTTGGGGCTGCTCCATCTGCAGGGACCTCGGCTCCGTCCTTGTTCGGAGGGGTGT
CTTCTGCTGCAACTACTTCCAGTGCACCATTGTTTGGCACTTCTGCACCCACTGCAAGTCCGGGGTCATCGATATTTGGAGCTTCTACCGCCGCTTCAGGTTCAAGCTCC
TCCCTGTTTGGGTCTAATCCCTTTGCTTCATCTTCTTCGGTATCCACTTCGAACTTGTTTGGGTCATCTTCATCATCTGCATCGACTACTCCATTCCAGAACTCTTTTTC
TTCGAGTTCTTCCCAGAATTTGAGTTCGTCTTCTCCATTTGCGGCTTCTTCTTCTGGGTTCTCATTTTCGACCACTTCTTTGTCCAAAACTACTAGTATTACCGCAGCAT
CTTCTTCTTCTTCTCTTACATCAGCTTCTACTAGTTCCTCGAGCTTCTCATTCGGAACACCTGCTTCATCGGCATCTCAATCTTCTTTCGGGTTCAGTATTAGCAATGCA
GCATCGACGGGAGGGTCTTCTGCTCCGGGCACTACAGCTGCGAAGCCTACTTCTCTATCGTTTTCAACTTCTGTGGCACCTTTATTCTCTACGGTTACTACCACCAGTGC
TTCCACTCCGGCTGCAACTAGCACAGCTCAGCCATCCTTCTCCATGCCAGCTTTTAGCTTGAGTTCTTCAGCTGCTACTACCTTATCCATAGCAGCATCCTCCGTTCCCT
CAACTACTTCTTCAGGTGCTGCGAGTTCATTCACCGGTTTTGGCGTCACAAGCACGGCTGCTTCATCAAGTGCCATTGTTTCCTTGTCGTTGCCAACCAAATCATTGACT
GCTGCTTCATCATCCCAAGCACCAGCCTCTTTCGGTTTCTCATCTCTTGCTCCTGCTTCCACTGCTGCTACCACCACGTCTGGTTCCAATGCTTCCAGTCAGAGTCAGAC
TTCATCAACTCTTGTTATAGCAAGCAGTAGTAGTGGTACAACTTCAACTGTGAGTACCACAGTGTCTGCTACACCAAAATTACCATCTGAGATAACAGGGAAGACTGTTG
AAGAGATCATCAAGGAATGGAATGCGGAGCTTCAAGAGCGTACTGGAAAGTTTCGGAAGCAGGCCAATGCTATTGCTGAGTGGGATAGGAGGATTTTGCAAAATCGGGAT
ATTCTTCTTAGACTTGAGATTGAAGTTGCAAAGGTTGTTGAGACCCAAACTGAGCTGGAGAAGAAATTGGAGCTGATAGAAACTCACCAACAAGAGGTTGATAAGGCATT
GCAAAGTGTGGAAGAAGATGCTGAGCGCATTTACAAGGATGAACGTGGTTTACTCCTTGACGATGAAGCTGCATCTACTAGGGATGCAATGTATGAGCAAGCTGAATATA
TAGAACGAGAACTTGAGCAGATGACAGAACAGATCAAATCAATTATCCAGACCCTAAATGCGAGCCAGGGAGGAGAACTTGATGTGATTGATGGGATGACGCCGTTAGAT
GCAGTTGTTCGAATTTTAAACAATCAATTAAGTTCATTAATGTGGATCGATGAAAAGGCCGAAGAGTTTTCTTCACGTATACAGAAGCTTGCTGCTACCCAGGGTCCTGC
TGCAGATCGTGAATTGTTGGGTCAGAAGTTCTGGATGTCTTAATTTGTAAGCTGGTTTCTGTTTTAACTGTTGCGAAGATGATTTGAAATTAGTGTTCACAGGCCTTAAC
ACATTCACATTTGAGGTGTTTCCATTTCTGCTTTTTTAAAGGAATCATAAGTATAAGGCGGGCAATGGAATTTACGGCTTTTTAGATGAGATGGGGATATTTTAATTCAC
AAATTATTCTCAAGTTGATGCATATAAACTTTTAGTTCTCATATTTCTAACTTTCTTCTTTGTTCTTTTGGGTATATGAATTGTTGATTTGGTATATGAATTATTGATGT
ATTGAGACTGAAAAATAATAGGCGGAGGGGAGGATTTGAACCTG

Protein sequence

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MSGFSFGSSSSQASSSSSPFSSTTGFSFGSTSAFSFGSSPLSLSSSSSSNPSSSSSAFSNQTSNPPSSTPFGFASSSFPSSASSPFSFSLPAASTGASSGSSGSSLFAAS
SSSGGLSSFGFGVSSSSGGSSAPSFGAAPTSGSSPVPSFGAASASGTSFAPLFGSAPSSGSSPVPSFGAAPGSGSSVAPLFGSAPSSGSSPLPSFGAAPSAGSSSSPFFG
AAPSAGTSAPSLFGGVSSAATTSSAPLFGTSAPTASPGSSIFGASTAASGSSSSLFGSNPFASSSSVSTSNLFGSSSSSASTTPFQNSFSSSSSQNLSSSSPFAASSSGF
SFSTTSLSKTTSITAASSSSSLTSASTSSSSFSFGTPASSASQSSFGFSISNAASTGGSSAPGTTAAKPTSLSFSTSVAPLFSTVTTTSASTPAATSTAQPSFSMPAFSL
SSSAATTLSIAASSVPSTTSSGAASSFTGFGVTSTAASSSAIVSLSLPTKSLTAASSSQAPASFGFSSLAPASTAATTTSGSNASSQSQTSSTLVIASSSSGTTSTVSTT
VSATPKLPSEITGKTVEEIIKEWNAELQERTGKFRKQANAIAEWDRRILQNRDILLRLEIEVAKVVETQTELEKKLELIETHQQEVDKALQSVEEDAERIYKDERGLLLD
DEAASTRDAMYEQAEYIERELEQMTEQIKSIIQTLNASQGGELDVIDGMTPLDAVVRILNNQLSSLMWIDEKAEEFSSRIQKLAATQGPAADRELLGQKFWMS

CmoCh17G004670 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome