; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh17G008940 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh17G008940
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionRING-type E3 ubiquitin transferase
Genome locationCmo_Chr17:8100932..8101906
RNA-Seq ExpressionCmoCh17G008940
SyntenyCmoCh17G008940
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR039525 - E3 ubiquitin-protein ligase RNF126-like, zinc-ribbon


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6575655.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.8e-15799Show/hide
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KAG7014205.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.7e-16499.35Show/hide
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XP_022991911.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita maxima]6.3e-17198.46Show/hide
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XP_023549060.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.1e-17499.69Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KBK3 RING-type E3 ubiquitin transferase1.8e-14786.07Show/hide
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A0A1S3CE92 RING-type E3 ubiquitin transferase3.3e-14987.31Show/hide
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A0A5D3CET0 RING-type E3 ubiquitin transferase1.1e-14987.31Show/hide
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A0A6J1GMD4 RING-type E3 ubiquitin transferase2.0e-175100Show/hide
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A0A6J1JS41 RING-type E3 ubiquitin transferase3.0e-17198.46Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O22197 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A6.4e-1742.57Show/hide
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        P    LF+QL+  +     P  P       ++++ A+PTIK++   L       C +CKD+F L  EAKQ+PC+H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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        S
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O22283 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A2.5e-1329.73Show/hide
Query:  PSSSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISDHPGSSSSPPDSDPSSFVI---------VDPLPTTSDDNYLLSSPQFLRLFQQLA-
        P  SSSSS+ S+S  + +   P  +T    +            +  P S       D S+F +         + PLP +  + +LL S  F RL  Q++ 
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Query:  -DSSDSDFAPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVSSAMLEEDPILICAICKDKFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRYKLPSDEPSDHVRC
         + + +    S    P +  K+++ A+P I++    L  D    CA+CK+ F+L+  A+++PC+H+YHPDCILPWL+  +SCP+CR++LP+++ +D    
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Query:  RGATMALLRARDLMPQEDSYGL
         GA +  + A     ++ + GL
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P0CH30 E3 ubiquitin-protein ligase RING16.8e-1939.06Show/hide
Query:  LPTTSDDNYLLSSPQFLRLFQQLADSSDSDFAPSVPFNPFTP--IKASVMAIPTIKVSSAMLEEDPILICAICKDKFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPW
        LP    D ++   P   +L QQLA++  + +         TP   K+++ A+P + ++ + L  +    CA+C D F    EAKQ+PC HLYH DC+LPW
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Query:  LSNHDSCPLCRYKLPSDEPSDHVRCRGA
        L  H+SCP+CR++LP+D+P    R RGA
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Q8LPN7 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like9.2e-1627.62Show/hide
Query:  MSSASAATAAAAERHTYWCHECDMSVTLVSPSSSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISDHPGSSSS-PPDSDPSSFVI------
        ++S  +A AA      ++C++C+ +VT+             S SSS+   CP C   FLE  ++  P  + S++ +P SS S  P +DP S ++      
Subjt:  MSSASAATAAAAERHTYWCHECDMSVTLVSPSSSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISDHPGSSSS-PPDSDPSSFVI------

Query:  -----------------VDPLPTTSDDN----------YLLSSPQFLRL----FQQLADSSDSD-------------FAPSV-----------PFNPFTP
                         + P   ++  N          +L +  Q LR     F+ + ++  SD             F P +           P    TP
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Query:  --IKASVMAIPTIKVSSAMLEEDPILICAICKDKFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRYKLPSDEPSDHVRCRGA
           K+++ A+PT+KV+  ML+ + +  CA+C D+F    + KQ+PC H++H DC+LPWL  H+SCP+CR++LP+D+P    R +G+
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Q94AK4 E3 ubiquitin-protein ligase RZF12.9e-1743.56Show/hide
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        P    L +QL+  +     P  P       K+S+ A+PTIK++   L+      C +CKD+F L+ EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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Query:  S
        S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G44330.1 RING/U-box superfamily protein3.1e-1946.15Show/hide
Query:  SDFAPSVPF----NPFTPIKAS-----VMAIPTIKVSSAML----EEDPILICAICKDKFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRYKLPSD
        S F  S PF    NPF   + S     + ++PTIK+SS+ML     +D  L CAIC++ F++   A++LPC+HLYH DCI+PWL++H+SCPLCR +LP  
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Query:  EPSD
           D
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AT3G56580.1 RING/U-box superfamily protein2.0e-1843.56Show/hide
Query:  PQFLRLFQQLADSSDSDFAPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVSSAMLEEDPILICAICKDKFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRYKLP
        P    L +QL+  +     P  P       K+S+ A+PTIK++   L+      C +CKD+F L+ EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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Query:  S
        S
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AT3G56580.2 RING/U-box superfamily protein2.0e-1843.56Show/hide
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        P    L +QL+  +     P  P       K+S+ A+PTIK++   L+      C +CKD+F L+ EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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        S
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AT3G56580.3 RING/U-box superfamily protein2.0e-1843.56Show/hide
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AT3G60080.1 RING/U-box superfamily protein2.0e-4238.99Show/hide
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        MSS++  T       ER TYWCHECDMS++L+        SSS S S SS LLCP C  DFLE MD    +SSS++ D            +  + D   +
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          VDP    SDDN+LL SP   RL + LA  +    + S   +  + +K+S + +IPTI++SS++L      + D +L+CA+CK+ F++   A++LPCSH
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        +YH DCI+PWLS+H+SCPLCR++LP+            +R R + +A + A     ++D  G+R  L  +ARRH  +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TTCTTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCCTTTGCCCTCACTGCCTCACTGACTTCCTTGAACACATGGATTTCACCATACCCACTTCTTCTTCTTCAATTT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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