; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh18G005200 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh18G005200
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionTLC domain-containing protein
Genome locationCmo_Chr18:3792883..3798431
RNA-Seq ExpressionCmoCh18G005200
SyntenyCmoCh18G005200
Gene Ontology termsGO:0055088 - lipid homeostasis (biological process)
GO:0005783 - endoplasmic reticulum (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR006634 - TRAM/LAG1/CLN8 homology domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6573446.1 TLC domain-containing protein 4-B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.3e-14899.27Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0M188 TLC domain-containing protein9.6e-14293.8Show/hide
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A0A5D3E1H6 Transmembrane protein 56-like3.0e-14394.53Show/hide
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A0A6J1GTT4 transmembrane protein 563.6e-149100Show/hide
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A0A6J1K6A0 transmembrane protein 56-like1.9e-14597.82Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q550S9 TLC domain-containing protein 4 B3.4e-1125.56Show/hide
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        HH+++ L+  +    G           +EITTP IN+R++L    +K    Y+ING +IF  +++ R+     T + V     HY  +    +I + + F
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          P  + ++NL W   I K + K
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Q550T0 TLC domain-containing protein 4 A5.8e-1124.51Show/hide
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        + NYL++         LG +L    +Y  +  L+   +  +   L+   ++EW N+ V+TI +I    +S Y ++    +      S     +  LS FI
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        L     YFL D   +I  Y  L     ++HH + G+   V   ++  +  L     L+ EIT P I+M+W+L    ++    Y INGF++ F ++  R +
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                +Y+  +   +++ I   ++F    ++ I+NL W   ++KG++K +S+ +
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Q5XIY2 TLC domain-containing protein 4-B2.2e-1023.33Show/hide
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          +   +   + + +  + L I+N++W  KI +G  K I+
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Q6PGS5 TLC domain-containing protein 4-B2.8e-1328.37Show/hide
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        L+  Q++EWN+R VS+ HA+ +    LY + + D  +         +    +    + ++ GY ++DL LII+ +  +G   +V HH L+ L   Y V  
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        GEG L  +    LI+E +TP +N RW+ +  G  K S   ++NG ++  ++ + RI +    +  V+  +  +      +G    + + ++ L IMN+MW
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Q8CGF5 TLC domain-containing protein 42.8e-1326.98Show/hide
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        Y  L+  +++EWN+R VST H++ + I  LY  F+     D+   +   +   T     +  + GY ++DL +I++ +  +G   +++HH  +GL   Y 
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        V +     Y     L++E+++P +N RW+ +     K S A +ING ++   + + RI+     ++ +Y  Y  +  I+   +   +      +L +MN+
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        MW  KI KG +K IS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G31300.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein1.1e-11373.06Show/hide
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        SL+T+ AIKSY  Q   LVKNYLLAD FIPYTSVL G+  CK+VYDL   +SN + K+Y+ LTKIQR+EWNNRG+ST+HAI+IS MSLYFVFWSDLFSD+
Subjt:  SLKTVMAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQ

Query:  RHASLLTFQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLI
         H  L+ F+SS LS+  LGIS+GYFLADLG+I W YPSLGG+EY+VHHSLSG+AVAYS+FSGEGQLYTYMVLISEITTPEIN+RWYLDTAGMK+S AY++
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Query:  NGFVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKR
        NG  IF AWLVARILLF Y FYHVYLHY+QV++MH+ GY+LVFGVP  LG+MNL+WFGKIV+G+ KT++KR
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AT1G31300.2 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein1.1e-11373.06Show/hide
Query:  SLKTVMAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQ
        SL+T+ AIKSY  Q   LVKNYLLAD FIPYTSVL G+  CK+VYDL   +SN + K+Y+ LTKIQR+EWNNRG+ST+HAI+IS MSLYFVFWSDLFSD+
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Query:  RHASLLTFQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLI
         H  L+ F+SS LS+  LGIS+GYFLADLG+I W YPSLGG+EY+VHHSLSG+AVAYS+FSGEGQLYTYMVLISEITTPEIN+RWYLDTAGMK+S AY++
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Query:  NGFVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKR
        NG  IF AWLVARILLF Y FYHVYLHY+QV++MH+ GY+LVFGVP  LG+MNL+WFGKIV+G+ KT++KR
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AT4G10360.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein2.7e-6449.17Show/hide
Query:  SVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASLLTFQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLI
        S+  G L CK+VYDLT+ +S   F  Y  L    R+EWNNRG ST HA++ S+ S+YF+  SD F +  H   +   ++ LS  ++GIS+GYFLADL +I
Subjt:  SVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASLLTFQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLI

Query:  IWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVI
         W +P+LGG+EYV HH LS  A+  SV SG+ Q Y ++VL+SE TTP +N+RWYLD +G K S AY +NG  +F  WLVAR+LLF + F H+YLH+ QV 
Subjt:  IWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFVIFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVI

Query:  KMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR
        ++  +G+  +  +P  L +MNL+WF KI KGL+KT+SK +
Subjt:  KMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR

AT4G19645.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein1.5e-10771.64Show/hide
Query:  MAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASL
        M IKSYQ+Q +  V++YLLAD F+PYTSVL G+  CKLVYDLT+L S+ + KSY  LTKI+R+EWNNRG+ST+HAI+IS M+LYF F+SDLFSDQR    
Subjt:  MAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASL

Query:  LT-FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFV
        LT F++S LSTF LG+SVGYFLADLG+I WLYPSLGG EY++HH LSG AVAYS+FSGE QLYTYMVLISE+TTPEIN+RWYLD AG+KRS AYL+NG  
Subjt:  LT-FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFV

Query:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR
        IFFAWL ARILLF Y FYHVY HYDQVI+MH  GY+LVF VP  L +MNL+WFGKIVKGL KT+ KR+
Subjt:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR

AT4G19645.2 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein1.5e-10771.64Show/hide
Query:  MAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASL
        M IKSYQ+Q +  V++YLLAD F+PYTSVL G+  CKLVYDLT+L S+ + KSY  LTKI+R+EWNNRG+ST+HAI+IS M+LYF F+SDLFSDQR    
Subjt:  MAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASL

Query:  LT-FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFV
        LT F++S LSTF LG+SVGYFLADLG+I WLYPSLGG EY++HH LSG AVAYS+FSGE QLYTYMVLISE+TTPEIN+RWYLD AG+KRS AYL+NG  
Subjt:  LT-FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFV

Query:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR
        IFFAWL ARILLF Y FYHVY HYDQVI+MH  GY+LVF VP  L +MNL+WFGKIVKGL KT+ KR+
Subjt:  IFFAWLVARILLFGYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAATGTCTTTGAAGACTGTAATGGCTATTAAATCTTACCAAAGTCAAACTGATGCATTGGTAAAGAACTACTTATTAGCGGACCGTTTTATCCCGTACACCTCTGT
TCTTGGAGGCATGCTTGCTTGTAAATTGGTATATGATCTTACTCAATTAGTTAGCAATTTTTACTTCAAGAGTTATCTGGGTCTTACGAAAATTCAACGAGTCGAGTGGA
ATAACCGCGGTGTGTCCACTATTCATGCAATATATATCTCAATTATGTCATTGTACTTCGTTTTCTGGTCAGATCTCTTCTCTGACCAGCGTCACGCTAGCCTTCTTACC
TTTCAAAGTTCGACGTTGTCTACGTTCATATTGGGGATTTCGGTTGGATACTTTTTGGCAGATCTCGGATTGATCATTTGGCTGTATCCGTCTTTAGGCGGGATGGAATA
TGTTGTCCACCACTCTCTTTCCGGGCTAGCAGTAGCATATTCTGTTTTTTCTGGAGAAGGGCAACTCTATACATATATGGTTCTCATTTCAGAGATTACAACTCCTGAGA
TTAATATGAGATGGTATCTTGACACAGCTGGTATGAAGAGATCCTGTGCATATCTGATTAATGGCTTTGTAATATTCTTTGCATGGCTGGTTGCTCGCATTCTGCTGTTT
GGTTACACATTCTATCACGTTTACCTGCACTATGATCAGGTAATTAAGATGCATGTAATAGGATATATTTTGGTATTTGGAGTGCCGACCATGCTAGGGATAATGAACTT
AATGTGGTTCGGGAAGATCGTGAAGGGATTAATGAAGACGATATCGAAAAGGCGATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GGGAAAAGATCATCGGGCAAGGCGCGAAGATATCACCTTCCTTGGGTTGGTAGTGCGAGGATTGGATAGAATGAAATTGAATCCATTAGAATACGACGATCCCATCTCTG
GACACTCAAATCCATTGCTGATTAGCAAAACCCACTTCCAATTCGATTACCCATTTCACCAATTCTTTCTTATTCTTTGTAATTTCTCTTCATCTTGTCGCGATTGCCTA
TTTTAGATTGTTGCGGTTGGAGTCCTAACGCTTCACATTGATTCAACCTCACGGTTCTTTTATACCGGCCGGTTGTTGCATCGCCCTTTACAGATATCTTATTTTGTTTG
TTCCCATTTTGTTATCTTTGAAAAAATGAAAAACCCCTTCCTCTGCATCTCCTCGTGATTTGGGGTTTTCATTTATGAGAAGGGATAACAACATGGAGTGAGGGAGCAAA
TAGTTTATTCAGTCCAATATACAGCAATCTGCCGATTGTTATGTAGCCAAACAAAACAATGGCAATGTCTTTGAAGACTGTAATGGCTATTAAATCTTACCAAAGTCAAA
CTGATGCATTGGTAAAGAACTACTTATTAGCGGACCGTTTTATCCCGTACACCTCTGTTCTTGGAGGCATGCTTGCTTGTAAATTGGTATATGATCTTACTCAATTAGTT
AGCAATTTTTACTTCAAGAGTTATCTGGGTCTTACGAAAATTCAACGAGTCGAGTGGAATAACCGCGGTGTGTCCACTATTCATGCAATATATATCTCAATTATGTCATT
GTACTTCGTTTTCTGGTCAGATCTCTTCTCTGACCAGCGTCACGCTAGCCTTCTTACCTTTCAAAGTTCGACGTTGTCTACGTTCATATTGGGGATTTCGGTTGGATACT
TTTTGGCAGATCTCGGATTGATCATTTGGCTGTATCCGTCTTTAGGCGGGATGGAATATGTTGTCCACCACTCTCTTTCCGGGCTAGCAGTAGCATATTCTGTTTTTTCT
GGAGAAGGGCAACTCTATACATATATGGTTCTCATTTCAGAGATTACAACTCCTGAGATTAATATGAGATGGTATCTTGACACAGCTGGTATGAAGAGATCCTGTGCATA
TCTGATTAATGGCTTTGTAATATTCTTTGCATGGCTGGTTGCTCGCATTCTGCTGTTTGGTTACACATTCTATCACGTTTACCTGCACTATGATCAGGTAATTAAGATGC
ATGTAATAGGATATATTTTGGTATTTGGAGTGCCGACCATGCTAGGGATAATGAACTTAATGTGGTTCGGGAAGATCGTGAAGGGATTAATGAAGACGATATCGAAAAGG
CGATGAGAAACATGTTCTTGTGGTTCATATCAATCTGCAAATGGGTTGAGGAGGAAAAGGGATTTGATGCTATGCAGTGTGTTGTAAATGGCTCATAATGACTTTAAATT
CGTTGAGGCATTTTTAGTGTCTTCTTCCTCTTGTCAGTTCTGTGTGCCAATTCATTCTTTCTGTATAGTTCTTGTCTCTCTTTTTCCTGAAATGTATGGAAGAAATGTGA
TGATACCGTTGCAATTCTTTTGTGTTCAGATATATTTACGATCTCGGTTTGGTTTGGTTCGGTTCTTGGTTCTCCCTTCTTGATCTCGGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAMSLKTVMAIKSYQSQTDALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHASLLT
FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFVIFFAWLVARILLF
GYTFYHVYLHYDQVIKMHVIGYILVFGVPTMLGIMNLMWFGKIVKGLMKTISKRR