; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh18G008110 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh18G008110
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationCmo_Chr18:9538561..9543264
RNA-Seq ExpressionCmoCh18G008110
SyntenyCmoCh18G008110
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.5e-9297.35Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]3.8e-9195.19Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]2.3e-9195.74Show/hide
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XP_022945688.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X1 [Cucurbita moschata]7.2e-98100Show/hide
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XP_023542224.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.1e-9397.86Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.9e-9195.19Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X19.2e-9195.16Show/hide
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A0A6J1G1L4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X23.5e-90100Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X13.5e-98100Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.3e-8994.68Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ229.9e-5869.19Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.0e-6269.85Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A9.6e-5364.74Show/hide
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        M RVY+GNLDPRV+ R+LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS N+           GRGG    G  + KCYE
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.6e-5263.49Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.4e-5867.71Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 212.1e-6369.85Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 212.1e-6369.85Show/hide
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        CGE GHFARECR     RG G   RRSPSPRRRRSP Y  Y RRS SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPP R +R              SPYANG
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 212.6e-6168.34Show/hide
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein2.4e-5967.71Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 227.0e-5969.19Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTGGAACATCACAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTTCCTACATTTTCACCGGCTGATCTGTTCGTAATCTACGACGATCCG
GGGAGAATTTTTTTTTTTCTAGGTCTTGAATGTTTTCCTGGGATTGCTTACTCGTTCTATTTTCAGGTGGTTTTTAACTTATACATTACAATGACTCGAGTTTAC
ATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTTCAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTGTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATAT
GCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAGGCATTGGATGGGAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCCAAAGGCGGG
GGAGGTGGTGGTGGTGGTCGTTGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCTCGAGAG
TGTCGTTCCCGTGGGGGCTCACGAGGCATTGGAGGTGGCTTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGCCGCAGGAGTCCAAGTTATGAAAGATATGGTCGCAGGAGT
AACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCTCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGAAGCTACAGCAGATCTCCTCCACTCCGTCATGCTCGCCATGCT
TCACCTTATGCTAACGGAGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTGGAACATCACAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTTCCTACATTTTCACCGGCTGATCTGTTCGTAATCTACGACGATCCG
GGGAGAATTTTTTTTTTTCTAGGTCTTGAATGTTTTCCTGGGATTGCTTACTCGTTCTATTTTCAGGTGGTTTTTAACTTATACATTACAATGACTCGAGTTTAC
ATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTTCAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTGTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATAT
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GGAGGTGGTGGTGGTGGTCGTTGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCTCGAGAG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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