CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh19G004450
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	40S ribosomal protein S5
Genome location	Cmo_Chr19:5434972..5435337
RNA-Seq Expression	CmoCh19G004450
Synteny	CmoCh19G004450
Gene Ontology terms	GO:0000028 - ribosomal small subunit assembly (biological process) GO:0006412 - translation (biological process) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0022627 - cytosolic small ribosomal subunit (cellular component) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function) GO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR000235 - Ribosomal protein S5/S7 IPR023798 - Ribosomal protein S7 domain IPR036823 - Ribosomal protein S7 domain superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6571821.1 40S ribosomal protein S5-1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

9.9e-45

88.43

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        MDIIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

KVI08405.1 Ribosomal protein S5/S7 [Cynara cardunculus var. scolymus]

4.4e-45

85.12

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTD NPIQ+IVDAV+NSG    +    +NSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGARE+AFRN+KTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

XP_022932519.1 40S ribosomal protein S5 [Cucurbita moschata]

2.2e-44

87.6

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

XP_023530800.1 40S ribosomal protein S5 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

2.2e-44

87.6

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

XP_023554676.1 40S ribosomal protein S5-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]

7.6e-45

88.43

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        MDIIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A103YFZ7 Ribosomal protein S5/S7

2.2e-45

85.12

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTD NPIQ+IVDAV+NSG    +    +NSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGARE+AFRN+KTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

A0A5D3D3Q1 40S ribosomal protein S5-like isoform X2

1.4e-44

86.78

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

A0A6J1DB82 40S ribosomal protein S5-like

1.4e-44

86.78

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

A0A6J1EX77 40S ribosomal protein S5

1.1e-44

87.6

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

A0A6J1I1L9 40S ribosomal protein S5

1.1e-44

87.6

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O24111 40S ribosomal protein S5 (Fragment)

4.2e-46

84.3

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTDLNP             IQVIVDAV+NSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR V+QAIYLLTTGARE+AFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

O65731 40S ribosomal protein S5 (Fragment)

5.5e-46

85.12

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLLTD NP             IQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAIYLLTTGAREAAFRNIK+IAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

P51427 40S ribosomal protein S5-2

9.3e-46

82.64

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLL+DLNP             IQVI+DA+VNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAI+L+TTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

Q5E988 40S ribosomal protein S5

2.6e-40

Show/hide

Query:  DIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKGS
        +IIHLLT  NP             +QV+V+A++NSGPRED+TRIG AG VRRQAVD+SPLR VNQAI+LL TGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKGS
Subjt:  DIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKGS

Query:  SNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SNSYAIKKKDE+ERVAK+NR
Subjt:  SNSYAIKKKDEVERVAKANR

Q9ZUT9 40S ribosomal protein S5-1

5.5e-46

83.47

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLL+DLNP             IQVI+DA+VNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAI+LLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G37270.1 ribosomal protein 5B

3.9e-47

83.47

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLL+DLNP             IQVI+DA+VNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAI+LLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

AT2G37270.2 ribosomal protein 5B

3.9e-47

83.47

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLL+DLNP             IQVI+DA+VNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAI+LLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

AT3G11940.1 ribosomal protein 5A

6.6e-47

82.64

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLL+DLNP             IQVI+DA+VNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAI+L+TTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

AT3G11940.2 ribosomal protein 5A

6.6e-47

82.64

Show/hide

Query:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
        M+IIHLL+DLNP             IQVI+DA+VNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLR VNQAI+L+TTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG
Subjt:  MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKG

Query:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR
        SSNSYAIKKKDE+ERVAKANR
Subjt:  SSNSYAIKKKDEVERVAKANR

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGACATAATTCATCTTCTAACTGATCTCAACCCAATTCAAGTTATTGTTGATGCCGTTGTTAACAGTGGATCAATTCAAGTTATTGTTGATGCCGTTGTTAAC
AGTGGACCACGTGAAGACGCTACTCGAATCGGTTCAGCCGGTGTTGTTAGGCGTCAAGCTGTGGATATATCCCCTCTGCGACCCGTTAACCAAGCAATATATCTT
CTTACAACTGGTGCTCGTGAAGCTGCCTTTAGAAATATCAAGACAATTGCAGAATGCTTGGCTGATGAACTTATTAATGCAGCAAAGGGTTCATCTAACAGTTAC
GCTATCAAGAAAAAGGACGAGGTTGAGAGAGTTGCGAAGGCAAATCGGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDIIHLLTDLNPIQVIVDAVVNSGSIQVIVDAVVNSGPREDATRIGSAGVVRRQAVDISPLRPVNQAIYLLTTGAREAAFRNIKTIAECLADELINAAKGSSNSY
AIKKKDEVERVAKANR

CmoCh19G004450 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome