; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh19G006860 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh19G006860
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionprotein RADIALIS-like 1
Genome locationCmo_Chr19:7267047..7267322
RNA-Seq ExpressionCmoCh19G006860
SyntenyCmoCh19G006860
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR044636 - Transcription factor RADIALIS-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6572045.1 Protein RADIALIS-like 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.7e-4295.56Show/hide
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KAG7011712.1 Protein RADIALIS-like 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.3e-4396.67Show/hide
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XP_022952072.1 protein RADIALIS-like 1 [Cucurbita moschata]1.6e-39100Show/hide
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XP_022972517.1 protein RADIALIS-like 1 [Cucurbita maxima]4.4e-3793.98Show/hide
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XP_023511620.1 3-ketoacyl-CoA synthase 17-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.7e-3695.12Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K348 SANT domain-containing protein2.2e-3491.57Show/hide
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A0A1S3BFW6 protein RADIALIS-like 12.9e-3491.57Show/hide
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A0A5A7SYK4 Protein RADIALIS-like 12.9e-3491.57Show/hide
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A0A6J1GJE9 protein RADIALIS-like 17.8e-40100Show/hide
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A0A6J1I508 protein RADIALIS-like 12.1e-3793.98Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
F4JVB8 Protein RADIALIS-like 11.1e-2770.93Show/hide
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Q1A173 Protein RADIALIS-like 61.3e-2067.53Show/hide
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Q58FS3 Transcription factor RADIALIS4.0e-2568.42Show/hide
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        S+ GS   W+ K+NKAFE+ALAVYD+DTPDRW NVA+AV G+T EEV++HY +LVED+K+IESG+VPFP YRT+GG
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Q6NNN0 Protein RADIALIS-like 33.0e-2063.29Show/hide
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Q9SIJ5 Protein RADIALIS-like 24.4e-2470Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G19510.1 RAD-like 58.0e-2160Show/hide
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        MAS SS  S+ +WT KQNK FE+ALAVYD+DTPDRW NVAKAV  K+ EEV+RHY +LVED+  IE   VP P Y+T   G++ +
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AT1G75250.1 RAD-like 69.5e-2267.53Show/hide
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AT1G75250.2 RAD-like 69.5e-2267.53Show/hide
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AT2G21650.1 Homeodomain-like superfamily protein3.1e-2570Show/hide
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AT4G39250.1 RAD-like 18.0e-2970.93Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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ATCGAACCTCTGGAGGAGGTACCCAAGGTAAAATAAGTTTTTGGATTGATCGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTTCAATGTCTTCCCATGGATCAGCTGGTACATGGACTGTAAAGCAAAACAAGGCCTTTGAGCAGGCATTGGCAGTGTATGATCAAGACACACCTGACCGATGGCT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MASMSSHGSAGTWTVKQNKAFEQALAVYDQDTPDRWLNVAKAVPGKTVEEVERHYALLVEDVKFIESGQVPFPYRTSGGGTQGKISFWIDR