CuGenDBv2

Gene ID	CmoCh20G002870
Organism	Cucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome location	Cmo_Chr20:1389168..1389971
RNA-Seq Expression	CmoCh20G002870
Synteny	CmoCh20G002870
Gene Ontology terms	GO:0009416 - response to light stimulus (biological process) GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009522 - photosystem I (cellular component) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily

Homology

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KAG6570576.1 hypothetical protein SDJN03_29491, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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A0A5D3DVR3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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P04783 Chlorophyll a-b binding protein 91R, chloroplastic

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P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic

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P12333 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic

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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic

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Arabidopsis top hits

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AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 3

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87.69

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Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP+AS++LG  RVTMRKT  +PK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 2

5.8e-136

87.69

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP+AS++LG  RVTMRKT  +PK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 1

1.5e-136

88.06

Show/hide

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        MAAS+MALSSP+ AG+AVKLSP+AS++LG  RVTMRKT  +PK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B2

1.7e-135

88.06

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MA+S+MALSSP+ AG+AVK  P+ASD+LG  RVTMRKT  +PK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B1

2.2e-135

87.31

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+L G+AVKLSP+AS++ G  R+TMRK      P  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

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ATGGCAGCTTCATCCATGGCCCTCTCCTCCCCATCTCTCGCCGGCCAAGCCGTCAAATTGTCCCCCTCCGCCTCCGACATCCTCGGCGAATCCCGCGTCACCATGAGGAA
AACCGGTGGCAGACCCAAGCCCGTCTCCTCTGGAAGCCCATGGTACGGTCCAGACCGAGTCAAGTACTTGGGTCCATTCTCCGGTGAGCCGCCGTCCTATCTGACCGGGG
AATTTCCCGGCGACTACGGCTGGGACACTGCTGGGCTGTCCGCCGACCCCGAGACGTTCGCCAAAAACAGGGAGCTGGAAGTGATCCACTCGAGATGGGCCATGCTTGGG
GCTCTGGGGTGCGTCTTCCCCGAGCTCCTGTCTCGCAACGGAGTCAAATTTGGCGAGGCTGTGTGGTTCAAAGCTGGGTCTCAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTA
TTTGGGGAACCCGAGCCTGGTCCACGCTCAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCGTGTCAGGTTGTGCTGATGGGTGCGGTTGAGGGCTACAGAATTGCTGGTGGGCCTCTGG
GTGAGATCACCGACCCAATTTACCCAGGTGGGAGCTTTGACCCACTGGGGCTGGCCGATGACCCTGAGGCCTTTGCAGAGCTTAAAGTGAAGGAGCTCAAAAATGGGCGA
TTGGCCATGTTTTCCATGTTCGGTTTCTTCGTGCAGGCCATTGTCACTGGCAAAGGACCTTTGGAGAACTTGGCCGACCATTTGGCTGACCCTGTTAACAACAATGCCTG
GTCTTACGCCACTAACTTTGTACCTGGAAAGTGA

mRNA sequence

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Protein sequence

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MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPSASDILGESRVTMRKTGGRPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLG
ALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGR
LAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK

CmoCh20G002870 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome