; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CmoCh20G010000 (gene) of Cucurbita moschata (Rifu) v1 genome

Gene IDCmoCh20G010000
OrganismCucurbita moschata Rifu (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
Descriptionnuclear pore complex protein DDB_G0274915-like
Genome locationCmo_Chr20:6003586..6015829
RNA-Seq ExpressionCmoCh20G010000
SyntenyCmoCh20G010000
Gene Ontology termsGO:0009908 - flower development (biological process)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7011042.1 FRIGIDA-like protein 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.0e-7370.83Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPTSFGLGETRTKGSILLPAFALSTAVELGSCCVFSRLLRLG
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT           ++  P+  +  A+   S  V        
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPTSFGLGETRTKGSILLPAFALSTAVELGSCCVFSRLLRLG

Query:  TLAAPSPF-GGTLAAPSPF-GGTLAAPSPF------VGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFG--TLAASSV--FLRLGDAC
         LAAPSPF G  LAAPSPF G  LAAPSPF       GR LAAPSPF GRALAAPSPF GRALAAPSPF GRALAAPSPFG   LAA S    LRL    
Subjt:  TLAAPSPF-GGTLAAPSPF-GGTLAAPSPF------VGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFG--TLAASSV--FLRLGDAC

Query:  CVFLRLGDACCVFLR-PPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPVRGRLL
           LRL       LR PPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPP RGRLL
Subjt:  CVFLRLGDACCVFLR-PPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPVRGRLL

XP_022932912.1 nuclear pore complex protein DDB_G0274915-like [Cucurbita moschata]1.8e-13081.2Show/hide
Query:  LGSCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGGTLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPF--GTLAASSVFLRL
        + SCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGGTLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPF    LAA S F   
Subjt:  LGSCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGGTLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPF--GTLAASSVFLRL

Query:  GDACCVFLRLGDACCVFLRPPFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRL--PPVRGRL-LLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFE
                       +    PF GR L  P PF GR L  P PF GR L  P PF GRLLRL   P    L   VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFE
Subjt:  GDACCVFLRLGDACCVFLRPPFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRL--PPVRGRL-LLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFE

Query:  VVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV
        VVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV
Subjt:  VVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV

Query:  VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVASSLCRAFAVSSLCEVDVAPSLCLLRVK
        VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVV         +SS  EV VA SLCLL VK
Subjt:  VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVASSLCRAFAVSSLCEVDVAPSLCLLRVK

XP_022932917.1 uncharacterized protein LOC111439474 isoform X1 [Cucurbita moschata]7.8e-25100Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT

XP_023512897.1 uncharacterized protein LOC111777493 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.8e-25100Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT

XP_023512899.1 uncharacterized protein LOC111777493 isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.8e-25100Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A4W5M4F0 Uncharacterized protein2.8e-3651.65Show/hide
Query:  LVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV
        ++ LS+P  VVTLS+P   + LS+P  VVTL +P  V+ LS+P  V+ LS+P  +V LS+P  V+TLS+P  V+ LS+P  VV LS+P  V+TLS+P  V
Subjt:  LVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV

Query:  VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVV
        + LS+P  VV LS+P  V+TLS+P  VV LS+P  V+TLS+P  V+TLS+P  V+TLS+P  V+TLS+P  V+TLS+P  VV
Subjt:  VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVV

A0A6J1EY37 nuclear pore complex protein DDB_G0274915-like8.7e-13181.2Show/hide
Query:  LGSCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGGTLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPF--GTLAASSVFLRL
        + SCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGGTLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPF    LAA S F   
Subjt:  LGSCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGGTLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPF--GTLAASSVFLRL

Query:  GDACCVFLRLGDACCVFLRPPFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRL--PPVRGRL-LLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFE
                       +    PF GR L  P PF GR L  P PF GR L  P PF GRLLRL   P    L   VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFE
Subjt:  GDACCVFLRLGDACCVFLRPPFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRLP-PFRGRLLRL--PPVRGRL-LLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFE

Query:  VVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV
        VVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV
Subjt:  VVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEV

Query:  VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVASSLCRAFAVSSLCEVDVAPSLCLLRVK
        VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVV         +SS  EV VA SLCLL VK
Subjt:  VTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVASSLCRAFAVSSLCEVDVAPSLCLLRVK

A0A6J1EY41 uncharacterized protein LOC111439474 isoform X13.8e-25100Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT

A0A6J1EYC4 uncharacterized protein LOC111439474 isoform X23.8e-25100Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT

A0A6J1F3H5 uncharacterized protein LOC111439474 isoform X33.8e-25100Show/hide
Query:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
        MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT
Subjt:  MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPT

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G19810.1 Proline-rich extensin-like family protein5.1e-0642.21Show/hide
Query:  RLLLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSP
        R LL +   P  +V LS P   V +SSP   V LS P   V LS P   V LS P   V LS P   V LS P   V LS P   V LS P   V LS P
Subjt:  RLLLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSP

Query:  FEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSP
           V LS P   V LS P   V LS P   V  S P   VT   P   +T S P
Subjt:  FEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAAGTACCCTCGAAAGCGTCCATCAACTGGACCTGTGTTTACAAGTTCATCTCCTAGAGTACATGATAAAAAATCCAAGTTTCAGCGGTACAATTCAAGATTTTCTGC
AATGCCCAGGCTATTTGGTTTCCGTGAGGGTGGTCGTGCTACTGAACTTGGAAATCGTACCACGTCCCCAACCAGTTTTGGTCTTGGGGAAACGAGGACGAAGGGTTCTA
TTCTTCTTCCTGCCTTTGCCTTGTCAACCGCAGTTGAATTAGGGAGTTGCTGCGTCTTCTCGCGTCTTCTCCGTTTGGGAACGCTTGCTGCGCCTTCTCCGTTTGGGGGA
ACGCTTGCTGCGCCTTCTCCGTTTGGGGGAACGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGTGGGGAGGACGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGTGGGGAGGGCGCTTGCTGCGCC
TTCTCCTTTTGTGGGGAGGGCGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGTGGGGAGGGCGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCGTCTTCCTCCGTT
TAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTG
CTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGGTTAGGGGACGCTTGCTGCTCGTCACCTTGTCTTC
TCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTC
CGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCG
TTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTT
TGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTG
AAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCGCGTCTTCGTTATGTCGCGCC
TTCGCTGTGTCTTCTTTGTGTGAAGTAGATGTCGCGCCTTCGCTGTGTCTTCTTCGTGTGAAGCAGATGTCGCGCCTTCGCTGTGTCTTCTTCGTATGTCGTGCCTTCGC
TGTGTCTTCTTCGTGTGAAGCAGATGTCGCGTCTTCGCTGTGTCTTCTTCGTGTGAAGCAGTTGTTGCGTCTTCTCCGTTTCCGTGTGAAGCAGTTGTTGCGTCTTCTCT
GTTTCCGTGTGAAACAGTTGTCGCGTCTTCTCCGTTTGAAACAGTTGCTGTGTCTTCTCGAAAAAGATATAAACTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAAGTACCCTCGAAAGCGTCCATCAACTGGACCTGTGTTTACAAGTTCATCTCCTAGAGTACATGATAAAAAATCCAAGTTTCAGCGGTACAATTCAAGATTTTCTGC
AATGCCCAGGCTATTTGGTTTCCGTGAGGGTGGTCGTGCTACTGAACTTGGAAATCGTACCACGTCCCCAACCAGTTTTGGTCTTGGGGAAACGAGGACGAAGGGTTCTA
TTCTTCTTCCTGCCTTTGCCTTGTCAACCGCAGTTGAATTAGGGAGTTGCTGCGTCTTCTCGCGTCTTCTCCGTTTGGGAACGCTTGCTGCGCCTTCTCCGTTTGGGGGA
ACGCTTGCTGCGCCTTCTCCGTTTGGGGGAACGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGTGGGGAGGACGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGTGGGGAGGGCGCTTGCTGCGCC
TTCTCCTTTTGTGGGGAGGGCGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGTGGGGAGGGCGCTTGCTGCGCCTTCTCCTTTTGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCGTCTTCCTCCGTT
TAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTG
CTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGTTTAGGGGACGCTTGCTGCGTCTTCCTCCGGTTAGGGGACGCTTGCTGCTCGTCACCTTGTCTTC
TCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTC
CGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCG
TTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTT
TGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTG
AAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCACCTTGTCTTCTCCGTTTGAAGTCGTCGCGTCTTCGTTATGTCGCGCC
TTCGCTGTGTCTTCTTTGTGTGAAGTAGATGTCGCGCCTTCGCTGTGTCTTCTTCGTGTGAAGCAGATGTCGCGCCTTCGCTGTGTCTTCTTCGTATGTCGTGCCTTCGC
TGTGTCTTCTTCGTGTGAAGCAGATGTCGCGTCTTCGCTGTGTCTTCTTCGTGTGAAGCAGTTGTTGCGTCTTCTCCGTTTCCGTGTGAAGCAGTTGTTGCGTCTTCTCT
GTTTCCGTGTGAAACAGTTGTCGCGTCTTCTCCGTTTGAAACAGTTGCTGTGTCTTCTCGAAAAAGATATAAACTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MKYPRKRPSTGPVFTSSSPRVHDKKSKFQRYNSRFSAMPRLFGFREGGRATELGNRTTSPTSFGLGETRTKGSILLPAFALSTAVELGSCCVFSRLLRLGTLAAPSPFGG
TLAAPSPFGGTLAAPSPFVGRTLAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFVGRALAAPSPFGTLAASSVFLRLGDACCVFLRLGDACCVFLRPPFRGRLLRLPPFRGRL
LRLPPFRGRLLRLPPFRGRLLRLPPVRGRLLLVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSP
FEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVTLSSPFEVVASSLCRA
FAVSSLCEVDVAPSLCLLRVKQMSRLRCVFFVCRAFAVSSSCEADVASSLCLLRVKQLLRLLRFRVKQLLRLLCFRVKQLSRLLRLKQLLCLLEKDIN