CuGenDBv2

Gene ID	CsGy2G024570
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Description	Transcription initiation factor IIA subunit 2
Genome location	Gy14Chr2:32303671..32311601
RNA-Seq Expression	CsGy2G024570
Synteny	CsGy2G024570
Gene Ontology terms	GO:0006413 - translational initiation (biological process) GO:0051123 - RNA polymerase II preinitiation complex assembly (biological process) GO:0005672 - transcription factor TFIIA complex (cellular component) GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function) GO:0016251 - RNA polymerase II general transcription initiation factor activity (molecular function) GO:0017025 - TBP-class protein binding (molecular function)
InterPro domains	IPR003194 - Transcription initiation factor IIA, gamma subunit IPR009083 - Transcription factor IIA, alpha-helical domain IPR015872 - Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0037031.1 Transcription initiation factor IIA subunit 2 [Cucumis melo var. makuwa]

1.20e-32

98.36

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KAG5052649.1 hypothetical protein JHK87_004847 [Glycine soja]

1.40e-32

91.18

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PPD77875.1 hypothetical protein GOBAR_DD25187 [Gossypium barbadense]

8.88e-32

83.33

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        MATFELYRRSTIGMCLTE LDEMV NGTLSPELAIQVLVQFDKSMTEALESQVKSKV IK  F+A  +   S
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RVW65687.1 Transcription initiation factor IIA subunit 2 [Vitis vinifera]

1.08e-31

98.36

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XP_038884625.1 transcription initiation factor IIA subunit 2-like isoform X1 [Benincasa hispida]

1.08e-31

100

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TrEMBL top hits

e value

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Alignment

A0A0A0LQ01 Transcription initiation factor IIA subunit 2

5.21e-32

100

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A0A1S3B2V9 Transcription initiation factor IIA subunit 2

5.21e-32

100

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A0A438G0E2 Transcription initiation factor IIA subunit 2

5.21e-32

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A0A5A7T611 Transcription initiation factor IIA subunit 2

5.79e-33

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A0A5D2ZAY5 Transcription initiation factor IIA subunit 2

1.41e-31

95.16

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A2XZI2 Transcription initiation factor IIA subunit 2

5.3e-23

93.33

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C7ZPG2 Transcription initiation factor IIA subunit 2

3.3e-09

45.61

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        +ELYRRS+IG+ LT+TLD+++ +  ++P+LA+++L  FD+++TEAL+  VK+++  K
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O74948 Transcription initiation factor IIA subunit 2

3.5e-11

54.39

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        +ELYRRS+IG+ LT+ LD+++  G +SP+LA++VL  FDKSMTEAL  +V+S++  K
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Q0DLD3 Transcription initiation factor IIA subunit 2

5.3e-23

93.33

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Q39236 Transcription initiation factor IIA subunit 2

1.4e-23

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT4G24440.1 transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma (TFIIA-S)

9.8e-25

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AT4G24440.2 transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma (TFIIA-S)

9.8e-25

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCAACATTCGAACTCTACCGCAGATCGACAATCGGAATGTGTTTGACTGAAACTTTAGATGAAATGGTCCAAAACGGTACTCTTAGTCCTGAGCTTGCTATTCAGGT
TCTTGTTCAGTTCGATAAGTCCATGACTGAGGCTTTGGAATCACAGGTGAAAAGCAAGGTGATTATCAAGGTATGTTTTTTGGCTTATGAATTAGACAAACCTTCAATGC
TATAG

mRNA sequence

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ATAGGTATGGAAACATAAAATACAAATATATGGTTTTCCGATTAGAGCTCTATTAAGTACCCTAGAAATCCCTTTTCGTTTTATTTTGTTTGTTCGTTTCAATAGAAAGA
GTAAAGGAGGAAGGAAAAGCAAAAGCAACGGGAAACCCTAACCAAGATCTTCTTCTCCCTCTCTGCGTGTTGCTTCAACCGCCTAAGTCATCCTCTCTCCAGCCACCACT
GGGACAGACCTTCCTCCGCCATCCCGTTATTGTCCTCACCTGCGTGCTTTTTCATTAACCACACGACACTCGAAGTTCCACCACGCCGGCGCTTCCATCCTTCTGCGGTG
GTGACCATCCACGCGAAACCCACAACGTTGACAATTTCAGAGACCTACACGCTCTAAACACCTTGGCGGCGACGTTTTCCACTCTTTCGGCGAGATCTTGATTTTCGAAG
AAGAATGGCAACATTCGAACTCTACCGCAGATCGACAATCGGAATGTGTTTGACTGAAACTTTAGATGAAATGGTCCAAAACGGTACTCTTAGTCCTGAGCTTGCTATTC
AGGTTCTTGTTCAGTTCGATAAGTCCATGACTGAGGCTTTGGAATCACAGGTGAAAAGCAAGGTGATTATCAAGGTATGTTTTTTGGCTTATGAATTAGACAAACCTTCA
ATGCTATAGATTTATGTTGCTAAATAAAGTCAACATCATAAACTTGAAACATACTTTTATTGATAAGAGGAATTGGTTGCTGCCTCAAATTGAATGGAGAGCCATGATTG
TAGTAAGAGTTTGTAGTTTCTTGGTGGCACTGTTAATCCGTGTGACTGGGTTGCTTGGGTTCATTCGATTCCTTGCTTGTTCATCTCTTGATTCTTGAATAAGTTTCTGT
GGAATAAACTTTGTAATTCTTTGTATTTTCGGAATCTAAGGACAAAGTAATAACTGCTTGTTAGGGATGTGGCCATATGAGGTTCTACAATGAGTCTTACTGAGTCCTCT
ACTATTGGTTTCAAGCTATATATTCGATCCAATGCTATGTCAGATTTTCTAACAATACTCAGCTGAAAGTTCATCGTACATCAATTGGAAATAACAAAATCATAATCACA
CGGCAATGGTTATTAGGAGCTGGTATAGTTAAACATGCATGGGATTTTGTGTAGGTCTTATGTCTCCTTTAGACATACAACCTATAGAACAGAACCTGTTCAACTATAGT
CGTGGATTTTGTGTTTAGGTCTTAAAAAACAGCTCTCTATGATATTTCTAAACCTCTTAGCCCTTTTACTGTCTCGTGCTGCAACAGGGGCATTTACACACGTATCGGTT
CTGCGACAATGTTTGGACATTCATTTTACAGGATGCCTCGTTTAAAAATGAGGATTCCAATGAGGTTGTTGGAAGAATCAAAATAGTAGCATGTGACTCAAAGTTACTCT
CACAATAAGCTTTCAGACATCAGGCCGATTATTCAATGAAATATGCATAATTATTTGGTGATGATGGAGGGAAGAATAGTGAGTCAGTCAGTCACGTTGAGGAGGAAATG
GGGCATCCAGGAAGAGATTCAAACGTGATTTTGTAAATTCAGTCAGTTACACTGACCATACATTTGACTGTAATTGGCTTCTAAAGTTGATTAGATGATAACATTGATAC
CATCCTTCTTCAAGTTCAATGATAATAAAACATAATGATGATATCTGTTTCAATGTTATGCTATTAATTTTCTTTTGTACCACTTCCTTTCAAACCCAAAACTTATCAAT
GCAATTTATTGATATGCCAAATTTTCGTACATTAGAAT

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MATFELYRRSTIGMCLTETLDEMVQNGTLSPELAIQVLVQFDKSMTEALESQVKSKVIIKVCFLAYELDKPSML

CsGy2G024570 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome