; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CsGy3G005990 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome

Gene IDCsGy3G005990
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Descriptioncytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein
Genome locationGy14Chr3:4999141..5005701
RNA-Seq ExpressionCsGy3G005990
SyntenyCsGy3G005990
Gene Ontology termsGO:0017004 - cytochrome complex assembly (biological process)
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GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR003834 - Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK03271.1 cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]6.99e-23093.97Show/hide
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P51364 Putative cytochrome c-type biogenesis protein DbsD-like2.7e-2429.83Show/hide
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Q1XDC3 Putative cytochrome c-type biogenesis protein DbsD-like3.4e-1930.92Show/hide
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Q2QY07 Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein 23.5e-12070.14Show/hide
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        STS  P T G LV +    G  V      G +  A  +C  +            Q    +  ++  S +A  AA A  +     G++ +  LAD  +GDW
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Query:  FGGILYSAGQQANVAVQDQLSALSFTSLAVIFGAGFVTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKSKAEVVGNSVAFSLGLATTLALLGIGASFAGKAYGQIG
        FG +LYSAGQQAN AVQDQLSALSFTSLAVIFGAG VTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGK ++EVVGNSVAFSLGLATTLA+LG+ ASFAGKAYGQ+G
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Query:  QGLPLAASGLAVIMGLNLLEIIELQLPSFFNNFDPRSAAANFPSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATSKDPIIGGSLLLTYTTGYVVPLLL
        QGLP+AASGLAVIMGLNLLE+IELQLPSFF+++DPR+AAAN PSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATS+DPI+GGSLLLTYTTGYV PLL+
Subjt:  QGLPLAASGLAVIMGLNLLEIIELQLPSFFNNFDPRSAAANFPSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATSKDPIIGGSLLLTYTTGYVVPLLL

Query:  AASFAGALQSLLSFRKFSSWINPISGALLLGGGLYTFLDRLFPVT
        AASFAGALQSLLSFR++S+WINPISGA LLGGG+YT LDRLFP T
Subjt:  AASFAGALQSLLSFRKFSSWINPISGALLLGGGLYTFLDRLFPVT

Q2RAR6 Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein 13.5e-12068.95Show/hide
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        +++ + STS  P T G LV +    G  V      G +  A  +C  +            Q    +  ++  S +A  AA A  +     G++ +  LAD
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Query:  GGMGDWFGGILYSAGQQANVAVQDQLSALSFTSLAVIFGAGFVTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKSKAEVVGNSVAFSLGLATTLALLGIGASFAGK
          +GDWFG +LYSAGQQAN AVQDQLSALSFTSLAVIFGAG VTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGK ++EVVGNSVAFSLGLATTLA+LG+ ASFAGK
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Query:  AYGQIGQGLPLAASGLAVIMGLNLLEIIELQLPSFFNNFDPRSAAANFPSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATSKDPIIGGSLLLTYTTGY
        AYGQ+GQGLP+AASGLAVIMGLNLLE+IELQLPSFF+++DPR+AAAN PSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATS+DPI+GGSLLLTYTTGY
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Query:  VVPLLLAASFAGALQSLLSFRKFSSWINPISGALLLGGGLYTFLDRLFPVT
        V PLL+AASFAGALQSLLSFR++S+WINPISGA LLGGG+YT LDRLFP T
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Q9M5P3 Cytochrome c-type biogenesis ccda-like chloroplastic protein1.7e-11974.3Show/hide
Query:  KHIELVKNRN------------SRNYFQAMAFVNAISATSFLAVDAAKAETLKH-MWEGAASVYTLADGGMGDWFGGILYSAGQQANVAVQDQLSALSFT
        KH EL + R+            S++   AM   + +   + + + +AKA  LK  + + A S+Y LA+G +GD  G  LYSA QQAN AVQDQLSALS T
Subjt:  KHIELVKNRN------------SRNYFQAMAFVNAISATSFLAVDAAKAETLKH-MWEGAASVYTLADGGMGDWFGGILYSAGQQANVAVQDQLSALSFT

Query:  SLAVIFGAGFVTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKSKAEVVGNSVAFSLGLATTLALLGIGASFAGKAYGQIGQGLPLAASGLAVIMGLNLLEIIELQL
        SLAVIFGAG VTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKS+ +V+G++VAF+LGLATTLALLGI ASFAGKAYGQIGQGLP+AASGLA++MGLNLLEIIELQL
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Query:  PSFFNNFDPRSAAANFPSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATSKDPIIGGSLLLTYTTGYVVPLLLAASFAGALQSLLSFRKFSSWINPISG
        PSFFNNFDPR+AAANFPSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATS+DP+IGGSLLLTYTTGYV PL++AASFAGALQSLLS RK S+WINPISG
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        ALLLGGGLYTFLDRLFP  TM M
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G54290.1 cytochrome c biogenesis protein family1.2e-12074.3Show/hide
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        KH EL + R+            S++   AM   + +   + + + +AKA  LK  + + A S+Y LA+G +GD  G  LYSA QQAN AVQDQLSALS T
Subjt:  KHIELVKNRN------------SRNYFQAMAFVNAISATSFLAVDAAKAETLKH-MWEGAASVYTLADGGMGDWFGGILYSAGQQANVAVQDQLSALSFT

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AT5G54290.2 cytochrome c biogenesis protein family1.2e-12074.3Show/hide
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        KH EL + R+            S++   AM   + +   + + + +AKA  LK  + + A S+Y LA+G +GD  G  LYSA QQAN AVQDQLSALS T
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Query:  SLAVIFGAGFVTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKSKAEVVGNSVAFSLGLATTLALLGIGASFAGKAYGQIGQGLPLAASGLAVIMGLNLLEIIELQL
        SLAVIFGAG VTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKS+ +V+G++VAF+LGLATTLALLGI ASFAGKAYGQIGQGLP+AASGLA++MGLNLLEIIELQL
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCCTTGTGAGCAATTCTGGTGCTTTCATCATCAATTCCATCCAAATTTCAACCTCTAAACACCCTAACACCCCAGGCTCACTGGTTTCTTTAGGTAAACATGT
CATGCCCATGAAATTTCTTGGGACACAATCCGTAGCTGATGATCAATGTAAACATATTGAGCTGGTGAAGAATAGAAACAGCCGCAATTATTTTCAAGCTATGGCTTTTG
TAAATGCCATTTCTGCAACAAGTTTCCTTGCAGTAGACGCCGCAAAGGCTGAAACTTTAAAGCATATGTGGGAAGGAGCTGCTTCTGTTTATACTCTGGCTGATGGTGGC
ATGGGAGATTGGTTTGGAGGCATCTTGTATTCGGCTGGACAACAGGCTAATGTTGCAGTTCAGGATCAGTTATCTGCTCTTAGTTTTACAAGTTTGGCAGTAATTTTTGG
GGCAGGGTTCGTAACAAGCCTTTCCCCTTGCACACTGAGTGTTTTGCCTTTGACCCTTGGTTACATTGGAGCTTTTGGATCAGGGAAGAGCAAAGCAGAGGTTGTTGGAA
ACTCTGTTGCTTTCTCATTAGGACTTGCTACCACCCTAGCGCTGTTAGGTATAGGAGCTTCTTTTGCTGGAAAGGCATATGGACAGATTGGCCAAGGATTACCATTGGCT
GCTTCAGGCTTAGCTGTTATTATGGGCCTAAACCTACTGGAGATAATTGAGTTGCAATTACCCTCATTCTTCAACAATTTCGATCCCCGTTCTGCTGCTGCCAACTTTCC
ATCAAGCGTGCAAGCATATTTAGCCGGGCTAACATTTGCTTTGGCTGCATCGCCTTGCAGTACTCCTGTGCTGGCTACTTTACTTGGATATGTAGCTACATCCAAGGATC
CCATCATCGGGGGTAGCCTCCTTTTGACATACACAACCGGTTACGTCGTGCCGTTACTTCTTGCTGCCTCATTTGCTGGAGCATTGCAGAGTCTTCTGTCTTTCCGCAAG
TTCTCATCATGGATTAATCCTATAAGTGGCGCATTACTATTGGGTGGAGGTCTATATACGTTCCTGGACAGATTATTTCCAGTCACAATGGCAATGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGACGGCCTTGTTGTTGTTAGACTCTAACAAAGTCGTAATTTGAGTTTTTTCATTTTCCTTCTTCTTTCTTTGTGTTTGTGGGCAGAAGGAAGGAAGAAATCTGGGATTG
ACAACTAACAACCAGAAAAATATCTCATTCAACATCCCACCACTCTCTCACTTCTCAACTAACTCTCCTCCCAACTCCACACTTTTTCCCTAATTTCCCACATGAGTTTC
CTTGTGAGCAATTCTGGTGCTTTCATCATCAATTCCATCCAAATTTCAACCTCTAAACACCCTAACACCCCAGGCTCACTGGTTTCTTTAGGTAAACATGTCATGCCCAT
GAAATTTCTTGGGACACAATCCGTAGCTGATGATCAATGTAAACATATTGAGCTGGTGAAGAATAGAAACAGCCGCAATTATTTTCAAGCTATGGCTTTTGTAAATGCCA
TTTCTGCAACAAGTTTCCTTGCAGTAGACGCCGCAAAGGCTGAAACTTTAAAGCATATGTGGGAAGGAGCTGCTTCTGTTTATACTCTGGCTGATGGTGGCATGGGAGAT
TGGTTTGGAGGCATCTTGTATTCGGCTGGACAACAGGCTAATGTTGCAGTTCAGGATCAGTTATCTGCTCTTAGTTTTACAAGTTTGGCAGTAATTTTTGGGGCAGGGTT
CGTAACAAGCCTTTCCCCTTGCACACTGAGTGTTTTGCCTTTGACCCTTGGTTACATTGGAGCTTTTGGATCAGGGAAGAGCAAAGCAGAGGTTGTTGGAAACTCTGTTG
CTTTCTCATTAGGACTTGCTACCACCCTAGCGCTGTTAGGTATAGGAGCTTCTTTTGCTGGAAAGGCATATGGACAGATTGGCCAAGGATTACCATTGGCTGCTTCAGGC
TTAGCTGTTATTATGGGCCTAAACCTACTGGAGATAATTGAGTTGCAATTACCCTCATTCTTCAACAATTTCGATCCCCGTTCTGCTGCTGCCAACTTTCCATCAAGCGT
GCAAGCATATTTAGCCGGGCTAACATTTGCTTTGGCTGCATCGCCTTGCAGTACTCCTGTGCTGGCTACTTTACTTGGATATGTAGCTACATCCAAGGATCCCATCATCG
GGGGTAGCCTCCTTTTGACATACACAACCGGTTACGTCGTGCCGTTACTTCTTGCTGCCTCATTTGCTGGAGCATTGCAGAGTCTTCTGTCTTTCCGCAAGTTCTCATCA
TGGATTAATCCTATAAGTGGCGCATTACTATTGGGTGGAGGTCTATATACGTTCCTGGACAGATTATTTCCAGTCACAATGGCAATGTAAGATTGATTTATTAATTATGT
AAAGAAATATCTATATATATATTCAAAGTCCTTAGATAAAATGATAAGATTATGTTGCTCTCTCATCTCATTCAATGGTCCATATTTTTCTGTGTTTCTTTTGGCCTCAC
TATCTTTAATTTCATGTGGATAAAGATGAACCGTCATAAATATCCCAATCTCAAGTTTCAAAGATAAATCTATATTACCGACTTGAAGACTTCTCTATGATTTGGATTTG
TTTTAGCCATGAATTTTATTTTAAATGTTTGTTTCTTAGAATTTATGAAAATTATTGTGAAAGATGGTGATAAAACGTGCCATAAATCAAATGATTATATCCATGAAGTC
CTTGTTTTCACTATATGAGTTGTTTTGGGTGGATTTTGAGATGGGTTAAAAAAAAGTATAAAAGTAAAAAGACAAAAAAAAAAGGGTAAGATTCTTTTCCTATGCTTTTG
TTAATGTAAAAGTCTCTTTGTTTTTTTCTTGTTTGATTTATACCTTTTCTAACATCTTGAAACTTCTATGATTAATTATTGAAATATATTTCTGGACGTGAATTGATTCA
TTTGTATATTCCTCATACCTAAAAGAAAATAAACAGTGAAGAATTGGAGGTTTTTCTTCCGGACATGTAAAAAAGAAAAGAAAAAACAAATTGAATTTTAATATAAACAT
CACCTAAAAGGAACACCAAGTTCAAATGTGTACCAACTACAGAAATTTAAAACACTATTAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAACTAAAACTCAAATCCTTAATTCCCCAACT
AATCTATCTATTTGTAATAAAAAAAAAAGGAAATAGTTGAATTTCCCACACAAACAAATTAAAAAGAGC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFLVSNSGAFIINSIQISTSKHPNTPGSLVSLGKHVMPMKFLGTQSVADDQCKHIELVKNRNSRNYFQAMAFVNAISATSFLAVDAAKAETLKHMWEGAASVYTLADGG
MGDWFGGILYSAGQQANVAVQDQLSALSFTSLAVIFGAGFVTSLSPCTLSVLPLTLGYIGAFGSGKSKAEVVGNSVAFSLGLATTLALLGIGASFAGKAYGQIGQGLPLA
ASGLAVIMGLNLLEIIELQLPSFFNNFDPRSAAANFPSSVQAYLAGLTFALAASPCSTPVLATLLGYVATSKDPIIGGSLLLTYTTGYVVPLLLAASFAGALQSLLSFRK
FSSWINPISGALLLGGGLYTFLDRLFPVTMAM