; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CsGy3G033590 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome

Gene IDCsGy3G033590
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Descriptionserine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33
Genome locationGy14Chr3:32575703..32579611
RNA-Seq ExpressionCsGy3G033590
SyntenyCsGy3G033590
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8651124.1 hypothetical protein Csa_000954 [Cucumis sativus]1.01e-14399.53Show/hide
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XP_011652066.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X1 [Cucumis sativus]1.82e-151100Show/hide
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XP_031739396.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X1 [Cucumis sativus]1.27e-14999.54Show/hide
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XP_031739397.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X2 [Cucumis sativus]8.74e-14499.53Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LGW4 RRM domain-containing protein8.80e-152100Show/hide
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A0A1S3B7U0 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL332.17e-13997.14Show/hide
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A0A6J1DCY5 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL331.79e-12289.15Show/hide
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A0A6J1KYI3 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X33.47e-11484.51Show/hide
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        QVLLG ELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRGRSYSY  R SPL+YSQSP + RKYSR PEYYSPARSRRYSRS  PR   +RE+SYSRSP + R R YSR
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        SRSRS SRSYSR+
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A0A6J1L0E4 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X23.99e-11484.51Show/hide
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        QVLLG ELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRGRSYSY  R SPL+YSQSP + RKYSR PEYYSPARSRRYSRS  PR   +RE+SYSRSP + R R YSR
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        SRSRS SRSYSR+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O75494 Serine/arginine-rich splicing factor 106.2e-2438.42Show/hide
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        TSL VRN+  D R EDLR  FGR+GP+ D+Y+P D+Y+  PRGF +VQF D  DA DA + LD + + G ++ + FA+ +RK P +M+A++     S S 
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           +   R S+S  Y+R+ SR   +       YSP  SR   R  R          ++R +S+SRS S+ R RS S+ +    ++S SR+
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Q1PDV2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL281.1e-3146.86Show/hide
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        R RS SYSP P      R RSP PR R G    R R+ P+S          LL+RNL  D RP DLR  F RFGPLKDIYLPR+YY+GEPRGFGFV++  
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        A DAA+A   ++ +V+ G E+ +VFAEENRK P+EMR  + + GR   Y   SHR    RY         P  + ++S+  E   YSP  RSR  SRS  
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        PR  R  +    RSP +       R R  SRSRSRS SR
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Q8L3X8 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL301.0e-3445.49Show/hide
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        MR  S  Y   P R YG R RSP P           G GGRR     SLLVRN+  DCRPE+LR  F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+FVDA D
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        A +A+  ++ +   G E+TVV A E+RKRPEEMR +  +R R  S S              DR + R     S +RS   SRSPR P     RYR +SYS
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         +P      PRG        RSYS  Y  A  A
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Q9LHP2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A3.6e-5661.26Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR  G R  DLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGF+QF+D ADAA+AK+++
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        DG +LLG ELTVVFAEENRK+P EMR RD     +     R SP RYS+SP      R  SR   Y SP   R  SR  SP+  RY +E+SYSRSP  + 
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         R RS S  R +S+SRS  R++
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Q9SEU4 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL338.6e-5863.39Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGFVQF+D ADAADAK+ +D
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        G +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   GR +    R  P  YS+S    P   R  SR  +YYSP   R + R  SPR  RY   +SYSRSP+   
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         RGRS +  R +SRS S S  R+I
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 336.1e-5963.39Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGFVQF+D ADAADAK+ +D
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        G +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   GR +    R  P  YS+S    P   R  SR  +YYSP   R + R  SPR  RY   +SYSRSP+   
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         RGRS +  R +SRS S S  R+I
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AT1G55310.2 SC35-like splicing factor 333.0e-5863.13Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGFVQF+D ADAADAK+ +D
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        G +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   GR +    R  P  YS+S    P   R  SR  +YYSP   R + R  SPR  RY   +SYSRSP+   
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Query:  GRSYSRSRSRSYSRSYS
         R  S +  R  SRS S
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AT1G55310.3 SC35-like splicing factor 337.4e-5759.75Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR GGR RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G            +PRGFGFVQF+D
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Query:  AADAADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSQS----PHYDRKYSRCPEYYSPARSRRYSR--SPRGPRY-R
         ADAADAK+ +DG +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   G  +    R  P  YS+S    P   R  SR  +YYSP   R + R  SPR  RY  
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Query:  EQSYSRSPSD--PRGRSYS--RSRSRSYSRSYSRAI
         +SYSRSP+    RGRS +  R +SRS S S  R+I
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AT3G13570.1 SC35-like splicing factor 30A2.6e-5761.26Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSPRGR--GGRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAADAADAKYEL
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR  G R  DLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGF+QF+D ADAA+AK+++
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSPRGR--GGRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAADAADAKYEL

Query:  DGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSQSP---HYDRKYSRCPEYYSPARSRRYSR--SPRGPRY-REQSYSRSP--SD
        DG +LLG ELTVVFAEENRK+P EMR RD     +     R SP RYS+SP      R  SR   Y SP   R  SR  SP+  RY +E+SYSRSP  + 
Subjt:  DGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSQSP---HYDRKYSRCPEYYSPARSRRYSR--SPRGPRY-REQSYSRSP--SD

Query:  PRGRSYSRSRSRSYSRSYSRAI
         R RS S  R +S+SRS  R++
Subjt:  PRGRSYSRSRSRSYSRSYSRAI

AT3G55460.1 SC35-like splicing factor 307.2e-3645.49Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSP----------RGRGGRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAAD
        MR  S  Y   P R YG R RSP P           G GGRR     SLLVRN+  DCRPE+LR  F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+FVDA D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSP----------RGRGGRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAAD

Query:  AADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSQSPHYDRKYSRCPEYYSPARSRRYSRSPRGP-----RYREQSYS
        A +A+  ++ +   G E+TVV A E+RKRPEEMR +  +R R  S S              DR + R     S +RS   SRSPR P     RYR +SYS
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSQSPHYDRKYSRCPEYYSPARSRRYSRSPRGP-----RYREQSYS

Query:  RSP----SDPRGRSYSRSRSRSYSRSYSRAIFA
         +P      PRG        RSYS  Y  A  A
Subjt:  RSP----SDPRGRSYSRSRSRSYSRSYSRAIFA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGAGGTAGAAGCTACAGTTACAGTCCATCACCACCAAGAAGTTATGGCAGGAGATATCGTAGCCCTAGTCCAAGGGGTCGTGGAGGTCGTAGAAGGGACCTGCCAAC
AAGTCTTTTGGTTAGGAACTTGAGGCACGACTGCAGGCCAGAGGACCTACGAGGATTATTTGGGCGGTTTGGTCCCCTTAAGGACATTTACTTGCCACGAGATTATTATT
CTGGAGAACCGCGTGGTTTTGGATTTGTTCAGTTCGTTGATGCTGCTGATGCTGCTGATGCCAAGTATGAATTGGATGGCCAAGTTCTCCTGGGTCATGAACTAACTGTT
GTGTTTGCTGAGGAAAACAGGAAGAGACCTGAAGAGATGAGAGCACGGGACTCATCAAGGGGTCGGTCCTACAGTTACAGCCACCGGCATTCACCATTGCGATATTCACA
ATCACCACACTATGATCGAAAATATTCACGTTGTCCAGAGTATTATTCCCCTGCACGGTCCAGACGATATTCAAGGTCGCCTAGGGGTCCGAGGTACAGGGAGCAATCGT
ACTCAAGGTCACCATCTGATCCAAGGGGCCGCAGTTACAGCCGAAGCAGGAGCCGTAGCTATAGCCGAAGTTATTCTAGGGCTATCTTCGCATTAGACCATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TCTCGAACATAAAAAGGACGTTCGTGGTAGAGAAAGGTGAAACCAAAGGAACATCCAACAATTTTGATCTTCCAGTTTGAACGAAGCGGCTCCCTTCGCTTTATCGGTTC
TCCTATTCTCAGGAAATCGAAAATGAGAGGTAGAAGCTACAGTTACAGTCCATCACCACCAAGAAGTTATGGCAGGAGATATCGTAGCCCTAGTCCAAGGGGTCGTGGAG
GTCGTAGAAGGGACCTGCCAACAAGTCTTTTGGTTAGGAACTTGAGGCACGACTGCAGGCCAGAGGACCTACGAGGATTATTTGGGCGGTTTGGTCCCCTTAAGGACATT
TACTTGCCACGAGATTATTATTCTGGAGAACCGCGTGGTTTTGGATTTGTTCAGTTCGTTGATGCTGCTGATGCTGCTGATGCCAAGTATGAATTGGATGGCCAAGTTCT
CCTGGGTCATGAACTAACTGTTGTGTTTGCTGAGGAAAACAGGAAGAGACCTGAAGAGATGAGAGCACGGGACTCATCAAGGGGTCGGTCCTACAGTTACAGCCACCGGC
ATTCACCATTGCGATATTCACAATCACCACACTATGATCGAAAATATTCACGTTGTCCAGAGTATTATTCCCCTGCACGGTCCAGACGATATTCAAGGTCGCCTAGGGGT
CCGAGGTACAGGGAGCAATCGTACTCAAGGTCACCATCTGATCCAAGGGGCCGCAGTTACAGCCGAAGCAGGAGCCGTAGCTATAGCCGAAGTTATTCTAGGGCTATCTT
CGCATTAGACCATTGACTTATGCATTATACAATTCCAAGCTGATGAGTTGTACAAATGTTTCACGATCACTTCTCTTAGTTTTGTAACCAAATATAATGTTGCATATACT
GTTGAATTTTCATCCATTTCCATAAATTCAAAAATGGATTTGTAAGAGAAACATTGTAATTTCATTGTAAATATTTGACAAAAATTCTTACTTAGACATCAATTAAAGTC
TAAAACACTGAAATTTTTGTTGGTTGAATTGGCCATCCAATAGACCCAAATAAAGTTTTCTAACTCATTCTTATAGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSPRGRGGRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAADAADAKYELDGQVLLGHELTV
VFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSQSPHYDRKYSRCPEYYSPARSRRYSRSPRGPRYREQSYSRSPSDPRGRSYSRSRSRSYSRSYSRAIFALDH