; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CsGy3G042170 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome

Gene IDCsGy3G042170
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like
Genome locationGy14Chr3:39314152..39319447
RNA-Seq ExpressionCsGy3G042170
SyntenyCsGy3G042170
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037569.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]7.10e-11795.03Show/hide
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XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]1.95e-124100Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]3.99e-11895.58Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]5.21e-11996.13Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.66e-11795.58Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein9.43e-125100Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.93e-11895.58Show/hide
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A0A5D3E624 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X13.69e-11795.03Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.52e-11996.13Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like5.06e-11795.03Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.2e-6874.5Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A6.3e-6273.91Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+       G GGR R G S+ KCYECGE 
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.5e-6071.98Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS         GGR R GGS++KCYECGE 
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        GHFARECRLR G GG G G      R RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRSVSP RGRS+SRSP  RGR   PYA+G
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ232.0e-5564.73Show/hide
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Query:  EEIPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A7.6e-6875.63Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G          GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 215.3e-5664.5Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR            G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRSV+P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 215.3e-5664.5Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR            G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRSV+P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein5.4e-6975.63Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G          GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 228.4e-7074.5Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R           GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 228.4e-7074.5Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R           GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
CCCAGGTTATGCCTTCATAGATTTCGACGACCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCCGGTGGATCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGT
GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGCGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCCCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCC
CCGTGGAAGATCTCCAAGACGTCGCAGTGTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGATACCTTATGCCAACGGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTTAAAAAGTTCAAGGCTCCAACCTAAATTCGTAGGAGATATAAAAGCATTCCCGTAGTACTCGAAACCCAAAATATCTGAACCTCGAAGAGAGAATCACGTTGTGCTG
CTAGGGTTTTTTCCGGTACGTGCTTCATCGCCTCCGATCTCTTCGTACGCCTCCTCCAACTTGTTTTCTTATCTAATTTCATGCTTGCCTTCAAGTAAATTATCATCTTG
GAAGATATTTGTTTTCCCCTCCTCAAGCCTCCGGTCATTTTCCTGATATCGGATTGTTACCCGTTTCCTGGCAAGCAATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCG
AGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACCCCCAGGTTATGCCTTCATAGATTTCGACGACCC
CAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAGGTGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGAGGGGGTCGTG
GTCGTTCCGGTGGATCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGC
GGCGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCCCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTCCAAGACGTCGCAGTGTGTC
ACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGATACCTTATGCCAACGGGTGAGGCTCTTCACAAATATTTTTCCTTTGGTAGATTTAGT
TTCTTCTACATGAATTTGTCTGCCTAGCCTGCATGCTCTATAGTTGCAGCAAAAGATGTGCTTCAAGTTTAGAAATGGCATAAAGGACCGGCGCCGGAGCAGGAGCTGAA
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