; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CsGy3G044280 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome

Gene IDCsGy3G044280
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Descriptionprotein LOL1-like
Genome locationGy14Chr3:41021167..41025335
RNA-Seq ExpressionCsGy3G044280
SyntenyCsGy3G044280
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR005735 - Zinc finger, LSD1-type
IPR040319 - LSD1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004148490.1 protein LOL1 [Cucumis sativus]5.46e-5665.99Show/hide
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XP_008465951.1 PREDICTED: protein LOL1 [Cucumis melo]8.99e-5565.31Show/hide
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XP_022952054.1 protein LOL1-like [Cucurbita moschata]6.34e-5564.63Show/hide
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XP_028762498.1 protein LOL1 isoform X2 [Prosopis alba]2.62e-5866.03Show/hide
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XP_038887483.1 protein LOL1 isoform X2 [Benincasa hispida]2.57e-5463.95Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEE4 Uncharacterized protein2.64e-5665.99Show/hide
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A0A1S3CQ35 protein LOL14.35e-5565.31Show/hide
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A0A5A7T554 Protein LOL12.21e-5466.21Show/hide
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A0A6J1GKN9 protein LOL1-like3.07e-5564.63Show/hide
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A0A6J1I7B6 protein LOL1-like2.12e-5364.19Show/hide
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        MPPVPLAPYPTPPA PY+QP+NATQSQLVCSGCRNLLLYPVGATSVCCAVCNAVTAVPPPG                                       
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P94077 Protein LSD11.5e-1641.38Show/hide
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        Q QLVC GCRNLL+YP GA++V CA+CN +  VPPP     P P                                       +MA ++CGGC T+LMY 
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        RGA+SV+CSCC T NL
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Q0J7V9 Protein LSD11.7e-3657.24Show/hide
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        PVPLAPYPTPP P+T P N  QSQLVCSGCRNLL+YP GATSVCCAVC+ VTAVP P                                           
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          GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+E  +++
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Q2QMB3 Protein LOL21.4e-1743.1Show/hide
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        QSQ+VC GCRN+LLYP GA SVCCAVC+AV++  P                                              G ++A L+CGGC TLLMY 
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        R ATSV+CSCC TVNL
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Q6ASS2 Protein LOL34.0e-1742.24Show/hide
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        QSQ+VC GCR++L YP GA SVCCA+C A+T VPPP   +                                           EMA L+CGGC TLLMY 
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        R A +V+CSCC TVNL
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Q93ZB1 Protein LOL12.7e-3757.79Show/hide
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        PVPLAPYPTPPAP   PS  T         QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                  
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                   GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALE  +++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32540.1 lsd one like 15.3e-3357.81Show/hide
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        S + QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                             GTEMAQLVCGGCHTL
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AT1G32540.2 lsd one like 11.9e-3857.79Show/hide
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        PVPLAPYPTPPAP   PS  T         QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                  
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                   GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALE  +++
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AT1G32540.3 lsd one like 11.9e-3857.79Show/hide
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        PVPLAPYPTPPAP   PS  T         QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                  
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AT4G20380.2 LSD1 zinc finger family protein1.1e-1741.38Show/hide
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        Q QLVC GCRNLL+YP GA++V CA+CN +  VPPP     P P                                       +MA ++CGGC T+LMY 
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        RGA+SV+CSCC T NL
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AT4G20380.8 LSD1 zinc finger family protein6.3e-1841.18Show/hide
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        Q QLVC GCRNLL+YP GA++V CA+CN +  VPPP     P P                                       +MA ++CGGC T+LMY 
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        RGA+SV+CSCC T NL  E
Subjt:  RGATSVQCSCCHTVNLALE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCACCAGTTCCTCTTGCTCCATATCCAACCCCTCCAGCTCCCTATACACAACCTTCTAATGCCACACAGAGCCAACTTGTGTGCTCAGGATGCAGAAACCTTTTACT
TTATCCTGTTGGGGCAACCTCTGTTTGCTGTGCTGTTTGTAATGCAGTTACTGCTGTACCGCCACCCGGTATATTTGTTCTTCCTCTTCCTTTTCACCATCTAGCTCGTG
CCAATGCTAAATTTGAAATTTCTGTTGGAGAATTCTGTTGTTTTTTGTTTAGAAGAAAGATTGGAAGTTTTAGTAACTTTTTGTGTAAAACAGGCACAGAAATGGCACAA
TTGGTGTGTGGAGGCTGCCACACTCTTCTCATGTACATCCGTGGTGCCACGAGTGTCCAATGTTCTTGTTGCCACACTGTCAACTTAGCTTTGGAAGGTATGGAAATCTC
AGTAACTTTCAAAAACTCCAATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTTTCCCTTAACATCGTACAACCAAATTGGACCCCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCTTTTAGCTTATCTCTTCTCTCTCGCTTTCTCCCTTCTCTTGGTGAAAAAG
GTGAAAAAGGTGAAAAAGGCCACAGATCTAACACCACTTTCTGAAATAACGAGAAAAACCAAGTAATCCCCTTTACATACAGATCAATTTGGATGAAAACTGATAACACA
TCTCACGTACCAACAACCTCTCTGATTCCTTTCCAGACAACCCAAATTTTCTGTGATGAAAATATGGTTGACAACTCCCTACAAATGGCAACCGGGAAAAGGTAGATTAT
GGGGGAGAAGCATGGAAGAGAAGTGTAGGAAAAAGTTCATCTCCACAAACTTGTTTCCATGGAGGAAGTAGCTGGTTTTGTCTGAGCTTTTGAGAGCTTGGTTTGAAGAT
AGAGATAAAGAAAAAGAAAAGTTAGGAAAGATTTTGCTTTATCAAAGCTGCAAAATGCCACCAGTTCCTCTTGCTCCATATCCAACCCCTCCAGCTCCCTATACACAACC
TTCTAATGCCACACAGAGCCAACTTGTGTGCTCAGGATGCAGAAACCTTTTACTTTATCCTGTTGGGGCAACCTCTGTTTGCTGTGCTGTTTGTAATGCAGTTACTGCTG
TACCGCCACCCGGTATATTTGTTCTTCCTCTTCCTTTTCACCATCTAGCTCGTGCCAATGCTAAATTTGAAATTTCTGTTGGAGAATTCTGTTGTTTTTTGTTTAGAAGA
AAGATTGGAAGTTTTAGTAACTTTTTGTGTAAAACAGGCACAGAAATGGCACAATTGGTGTGTGGAGGCTGCCACACTCTTCTCATGTACATCCGTGGTGCCACGAGTGT
CCAATGTTCTTGTTGCCACACTGTCAACTTAGCTTTGGAAGGTATGGAAATCTCAGTAACTTTCAAAAACTCCAATTGAAATAACGTTAGACATCCGGAACAAATCTTGG
TAGATTGCGTAGGCTGTTTAGAACAATTCATTCCTAGCTAACTCCCATCATGAGTAGCAACATTATGTTATTGATTGATTCACTATTCACTAAAATTAGCATATCGTTAG
AAAATAGTTTAGAGCTACAAACCTTTGTTTGGTAAGGCAATACTCATGTGAATCGAGCAATAAATCCATACTGTTTCAGCGAATCAGGTGGCGCACGTTAGCTGCGGGAA
CTGCAGGATGCTACTGATGTATCAATATGGAGCACGATCAGTGAAATGTGCAGTATGCAATTTTGTAACATCAGTTGGGGTAAGTAAGAAAAAAAAACTTCTTTTTGTTG
AACTCTCTTTTTCTATACGAGCATTGTTGAACTCTCTTTGTCCATATGAACATGAACTTGGAATAAAGTCATTCGATCTAAATCATCGGGTTGTTTAAGAATTAACGAAA
GCTTAGAACATTAAACATGGCTCTGATAGGACTCAAAATTCTTTAATCTATGCTTTTAAAGTTTTAACTCTATCTTTCCATTGTCATTTCTTACTTGAATATGAAGTGAA
ACCATACATTCTAGTATCTCACATTATCAATGTCTTTCATTGTAGATGTCAACGAGTGCAATCGATCAAAAAGCATAATAGCTAAAGTTATCATAAACATGGTTGTCCAA
AATTCGACAACTGCGGCTTTGCCCAATATTTGTAATGCCCTCGAGGGTGTTTGTCTTGACTTGACAAACGGAGGTTCCTCATCATATTCACTTGTATAGAGCTGTATTTC
TGCACGTGAACTTTAAATGTTGCTATTTTCTTCATCTTCACAGTGGTTTGATGAATGCTTTAAGTAGTTTTGAGAAAATATATATAAATATGGTAGAGAGACAAGTTCTT
ATACTGTCTTGAGTGTAATATAACTGTTGGATAAAAATGGATTTTGGCTTGTTTTTTTTTTTTTGCTTTTTCTTCCCCCCTTTTTACCCTCTCTTTGTGAATTGCATAAA
ACGGTTTATATCAGATATTAGCTTTTTGACATGTCAACCTACTTGCTTCATTATCACTACATAATGCTTTGCAGTCAATTCAGATTCTAAATGACCTGATCCATGTGAGT
TATGTTCAATTGGGACCAAGAGAGAGATAGATAGATAGAGAATAGGACTAAGCTACAACCTTTGCATTTAAAGGAAATCCACTCTTCATCTCTTCAAGATTTGAGAATAA
TACTCATTTAGAAGTGTTTGGCCCACCAGCTATATAGAAAGGTGTTAAATAATTCATCTTTAATTGTATTTACTCTTTAAGTTTACACATTTATCGAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPPVPLAPYPTPPAPYTQPSNATQSQLVCSGCRNLLLYPVGATSVCCAVCNAVTAVPPPGIFVLPLPFHHLARANAKFEISVGEFCCFLFRRKIGSFSNFLCKTGTEMAQ
LVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEGMEISVTFKNSN