CuGenDBv2

Gene ID	CsGy5G005690
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Description	DNA polymerase delta subunit 4
Genome location	Gy14Chr5:3742534..3744109
RNA-Seq Expression	CsGy5G005690
Synteny	CsGy5G005690
Gene Ontology terms	GO:0000731 - DNA synthesis involved in DNA repair (biological process) GO:0006261 - DNA-dependent DNA replication (biological process) GO:0043625 - delta DNA polymerase complex (cellular component) GO:0003887 - DNA-directed DNA polymerase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR007218 - DNA polymerase delta, subunit 4

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6605696.1 DNA polymerase delta subunit 4, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

7.16e-63

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MAS RGG+KDFYKQRK+SG+SK   SKPSSRKTKS ANSA+L SDAVQPAAL+SHGSLDL+DDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRM RWE A  LGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPK+I +LLK GKVQLECLW SR+
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

XP_004143634.1 uncharacterized protein LOC101209940 [Cucumis sativus]

1.98e-83

100

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

XP_008467236.1 PREDICTED: DNA polymerase delta subunit 4 [Cucumis melo]

6.38e-80

96.8

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGS+AVQPAALVSHGSLDLQDDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRMARWERACSLGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

XP_022957680.1 uncharacterized protein LOC111459143 [Cucurbita moschata]

7.16e-63

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MAS RGG+KDFYKQRK+SG+SK   SKPSSRKTKS ANSA+L SD VQPAAL+SHGSLDL+DDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRM RWE A  LGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPK+I TLLK GKVQLECLW SR+
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

XP_038875328.1 DNA polymerase delta subunit 4 [Benincasa hispida]

7.07e-73

89.76

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKA--KASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSL
        MAS RGGLKDFYKQRK+SGISKA  KASKPSSRK KSPANSASLGSDAVQPAAL+SHGSLDLQDDYG  EN LRQFDMN AYGPCLGMTRMARWERAC+L
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKA--KASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSL

Query:  GLNPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        GLNPPKDI TLLKA KVQLECLWDSRV
Subjt:  GLNPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KND6 Uncharacterized protein

9.58e-84

100

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

A0A1S3CT23 DNA polymerase delta subunit 4

3.09e-80

96.8

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGS+AVQPAALVSHGSLDLQDDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRMARWERACSLGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

A0A5A7UNL0 DNA polymerase delta subunit 4

3.09e-80

96.8

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGS+AVQPAALVSHGSLDLQDDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRMARWERACSLGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

A0A6J1H180 uncharacterized protein LOC111459143

3.47e-63

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MAS RGG+KDFYKQRK+SG+SK   SKPSSRKTKS ANSA+L SD VQPAAL+SHGSLDL+DDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRM RWE A  LGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPK+I TLLK GKVQLECLW SR+
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

A0A6J1K4T3 uncharacterized protein LOC111491182

2.34e-61

78.4

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MAS RGG+KDFYKQRK+SG+SK   SKPSS KTKS A+SA+L SD VQPAAL+SHGSLDL+DDYG SEN LRQFDMN AYGPCLGMTRM RWE A  LGL
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPPK+I TLLK GKVQLECLW SR+
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O59835 DNA polymerase delta subunit 4

1.2e-06

53.49

Show/hide

Query:  ENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLL
        E  L  FD    YGP LGMTRM RW+RA +  LNPP+ +G +L
Subjt:  ENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLL

Q3T0X9 DNA polymerase delta subunit 4

1.4e-07

46.3

Show/hide

Query:  LRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLLKA--GKVQLEC-LW
        LRQFD+   YGPC G+TR+ RW RA  +GL PP ++  +L++  G  + +C LW
Subjt:  LRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLLKA--GKVQLEC-LW

Q9CWP8 DNA polymerase delta subunit 4

3.0e-07

54.76

Show/hide

Query:  LRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLLKA
        LRQFD+   YGPC G+TR+ RW RA  +GL PP ++  +LKA
Subjt:  LRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLLKA

Q9HCU8 DNA polymerase delta subunit 4

1.0e-07

42.19

Show/hide

Query:  QDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLLKA--GKVQLEC-LW
        +D+       LRQFD+   YGPC G+TR+ RW RA  +GL PP ++  +LK   G  + +C LW
Subjt:  QDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLLKA--GKVQLEC-LW

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G09815.1 polymerase delta 4

1.1e-36

60.8

Show/hide

Query:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL
        MA+T   LK FYKQ KS+       SKPSSRK  +P ++A+ GSD  QPAAL+SHGS+DL +DY   E  LRQFDMN  YGPCLGMTR+ RWERA  LG+
Subjt:  MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGL

Query:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV
        NPP +I  LLK GKVQ +CLW  RV
Subjt:  NPPKDIGTLLKAGKVQLECLWDSRV

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCATCAACGCGAGGAGGGTTGAAAGATTTCTACAAGCAAAGGAAAAGCAGTGGAATCTCCAAGGCAAAGGCTTCAAAGCCCTCTTCTAGGAAAACTAAATCTCCGGC
CAACTCTGCATCTTTGGGCTCCGATGCCGTCCAACCGGCTGCTCTCGTTTCTCACGGATCCCTCGACCTTCAAGATGATTATGGCGTGTCTGAGAATACGCTGAGGCAAT
TTGATATGAACACGGCATATGGACCTTGCCTCGGAATGACCAGAATGGCACGGTGGGAGCGTGCCTGTAGTCTTGGTCTGAACCCTCCAAAAGACATTGGGACACTCTTA
AAGGCTGGAAAAGTGCAGTTGGAGTGCTTATGGGATTCTCGAGTTTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CAACAACAAGAACAAATTTGAAATTTGAAATTCCGAAGTCGATCGATCGCAGAGAAGGAGCAAAATCAAAAATGGCATCAACGCGAGGAGGGTTGAAAGATTTCTACAAG
CAAAGGAAAAGCAGTGGAATCTCCAAGGCAAAGGCTTCAAAGCCCTCTTCTAGGAAAACTAAATCTCCGGCCAACTCTGCATCTTTGGGCTCCGATGCCGTCCAACCGGC
TGCTCTCGTTTCTCACGGATCCCTCGACCTTCAAGATGATTATGGCGTGTCTGAGAATACGCTGAGGCAATTTGATATGAACACGGCATATGGACCTTGCCTCGGAATGA
CCAGAATGGCACGGTGGGAGCGTGCCTGTAGTCTTGGTCTGAACCCTCCAAAAGACATTGGGACACTCTTAAAGGCTGGAAAAGTGCAGTTGGAGTGCTTATGGGATTCT
CGAGTTTAAACTTGTATGCTTGGTGTGTTATTTTTGTTTAACGTATGAAGTGCATGCTGTGCTTTTGCTTTTGGACAAAATGTTCAGCCCCTAGCTGAAACAATATAATC
ACTTTTCCTGTGATGTGAATGGGGTTAGAATGTTTGCTGATGACAGCTCCCCTAGTTATTTACATCTTACTTATGTTGAAAACTTATAACAAGTAGTTGTATAGTTAAAT
TTGGTGATATTTTCCTTTCCTAGTGTTGTTACACTTGAACTTGATATGATGTGTGAAACCGTGATTAACGACACCTTTTGATTCCCAATAATTGAAAAGGGAGGGATATT
TGTGTAGATA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MASTRGGLKDFYKQRKSSGISKAKASKPSSRKTKSPANSASLGSDAVQPAALVSHGSLDLQDDYGVSENTLRQFDMNTAYGPCLGMTRMARWERACSLGLNPPKDIGTLL
KAGKVQLECLWDSRV

CsGy5G005690 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome