; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CsGy5G022320 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome

Gene IDCsGy5G022320
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationGy14Chr5:27723272..27727763
RNA-Seq ExpressionCsGy5G022320
SyntenyCsGy5G022320
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.48e-11995.31Show/hide
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TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.27e-12197.88Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]7.88e-12397.89Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]3.47e-12498.95Show/hide
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XP_023004543.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita maxima]3.72e-11996.34Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.82e-12397.89Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X16.13e-12297.88Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X15.82e-11894.76Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.38e-11895.29Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.80e-11996.34Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ225.8e-5870.85Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.6e-6370.44Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.9e-5364.77Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.1e-5163.54Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.9e-5667.69Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.1e-6470.44Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.1e-6470.44Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.4e-6268.97Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 224.1e-5970.85Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 224.1e-5970.85Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACGGAGAGGGATCTCGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCC
TCCAGGATATGCGTTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTAGATGGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAG
GTGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTT
GCTCGTGAATGCCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTTGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAG
GAGTAACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTT
CACCTTATGCTAATGGAGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTGACTGTCACCTTCTGCAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGACGGACGGCGTTCTTTTCATTCCTTATCACCTGCTAATCTCTTCCTACTCTTTGTCGA
TTCGGCGAGATCTTTGTCTTGGCGGTTCTTCGCTCATTTGTTACAATGACTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACGGAGAGGGATCTCGAAGATGAATT
TCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCGTTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTAG
ATGGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT
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CTCT
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