CuGenDBv2

Gene ID	CsGy7G013980
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. Gy14 (Cucumber (Gy14) v2.1)
Description	RING-type E3 ubiquitin transferase
Genome location	Gy14Chr7:18025742..18026432
RNA-Seq Expression	CsGy7G013980
Synteny	CsGy7G013980
Gene Ontology terms	GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0016740 - transferase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0059624.1 U-box domain-containing protein 3 [Cucumis melo var. makuwa]

7.26e-38

72.03

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHLTSNQELLK+TIAVEKERI+AE NNA EELHHI QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

KAE8646287.1 hypothetical protein Csa_016777 [Cucumis sativus]

2.11e-67

85.27

Show/hide

Query:  ELNAVTNSKLFTSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVD
        E N +  S   +  +    E   KCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVD
Subjt:  ELNAVTNSKLFTSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVD

Query:  LIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS
        LIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS
Subjt:  LIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS

XP_008451242.1 PREDICTED: U-box domain-containing protein 3 [Cucumis melo]

2.57e-37

71.19

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHLTSNQELLK+TIAVEKERI+AE NNA +ELHHI QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

XP_011659243.1 U-box domain-containing protein 3 [Cucumis sativus]

4.82e-37

71.19

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHLTSNQELLK+TIAVEKERI+A  NNA EELHHI QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

XP_038897885.1 U-box domain-containing protein 3 isoform X3 [Benincasa hispida]

1.50e-36

69.49

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHL SNQELLK+TIA+EKERI+A  NNA EELHH+ QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         FRGINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0K4T7 Uncharacterized protein

2.53e-81

92.81

Show/hide

Query:  FQELNAVTNSKLFTSDLRDCLEVVG--------KCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATE
        FQELNAVTNSKLFTSDLRDCLEVVG        KC  GLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATE
Subjt:  FQELNAVTNSKLFTSDLRDCLEVVG--------KCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATE

Query:  ELHHIIQIVDLIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS
        ELHHIIQIVDLIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS
Subjt:  ELHHIIQIVDLIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS

A0A0A0K726 RING-type E3 ubiquitin transferase

2.33e-37

71.19

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHLTSNQELLK+TIAVEKERI+A  NNA EELHHI QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

A0A1S3BS34 RING-type E3 ubiquitin transferase

1.24e-37

71.19

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHLTSNQELLK+TIAVEKERI+AE NNA +ELHHI QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

A0A5D3C862 RING-type E3 ubiquitin transferase

3.51e-38

72.03

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSEHL    +ALHLTSNQELLK+TIAVEKERI+AE NNA EELHHI QI+DLIIRI        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

A0A6J1GQL0 RING-type E3 ubiquitin transferase

6.43e-35

67.8

Show/hide

Query:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------
        L  V KC EGLQSLKQER + S E ALISQRS IGPNSE L    +ALHL SNQELLK+TIA+EKERIDAE N+A EELH I QI+DLIIR+        
Subjt:  LEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRS-IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIRIP-------

Query:  -FRGINGVSVPSYFHCPI
         F GINGVSVPSYF CP+
Subjt:  -FRGINGVSVPSYFHCPI

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q8GWV5 U-box domain-containing protein 3

8.4e-09

32.28

Show/hide

Query:  TSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIR
        +S +   ++ V +C +  +S KQE T     E AL +Q+      ++ HL    Q L L SNQ+LLK++I VEKERI ++++ + E++    Q+++L++ 
Subjt:  TSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIR

Query:  IP--------FRGINGVSVPSYFHCPI
        I              G+S+P YF CP+
Subjt:  IP--------FRGINGVSVPSYFHCPI

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G54790.1 ARM repeat superfamily protein

5.9e-10

32.28

Show/hide

Query:  TSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIR
        +S +   ++ V +C +  +S KQE T     E AL +Q+      ++ HL    Q L L SNQ+LLK++I VEKERI ++++ + E++    Q+++L++ 
Subjt:  TSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIR

Query:  IP--------FRGINGVSVPSYFHCPI
        I              G+S+P YF CP+
Subjt:  IP--------FRGINGVSVPSYFHCPI

AT3G54790.2 ARM repeat superfamily protein

5.9e-10

32.28

Show/hide

Query:  TSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIR
        +S +   ++ V +C +  +S KQE T     E AL +Q+      ++ HL    Q L L SNQ+LLK++I VEKERI ++++ + E++    Q+++L++ 
Subjt:  TSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARS-TEAALISQRS--IGPNSEHL----QALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHIIQIVDLIIR

Query:  IP--------FRGINGVSVPSYFHCPI
        I              G+S+P YF CP+
Subjt:  IP--------FRGINGVSVPSYFHCPI

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGAATTAGCTGGCCGTTCTTTGTCTGTGGCTGTTAGATTTCAAGAGCTGAATGCTGTGACAAATTCAAAGCTCTTCACAAGTGACCTGCGAGATTGTTTGGAAGTTGT
TGGAAAATGTCCTGAAGGTCTTCAATCATTGAAACAAGAAAGGACAGCTAGATCTACAGAAGCGGCTCTAATTAGTCAAAGAAGCATTGGCCCAAACTCTGAACATCTTC
AAGCACTTCATTTGACGTCAAATCAAGAACTTCTGAAAAAGACTATAGCTGTTGAAAAGGAGAGAATCGATGCTGAATCCAACAATGCGACGGAGGAACTACATCACATC
ATCCAGATTGTGGATCTAATTATCCGTATACCATTCCGTGGGATAAATGGTGTCTCGGTTCCTTCCTATTTCCATTGCCCAATTGTCATTGGAGCTGATTCTTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MELAGRSLSVAVRFQELNAVTNSKLFTSDLRDCLEVVGKCPEGLQSLKQERTARSTEAALISQRSIGPNSEHLQALHLTSNQELLKKTIAVEKERIDAESNNATEELHHI
IQIVDLIIRIPFRGINGVSVPSYFHCPIVIGADS

CsGy7G013980 (gene) of Cucumber (Gy14) v2.1 genome