; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CsaV3_4G031880 (gene) of Cucumber (Chinese Long) v3 genome

Gene IDCsaV3_4G031880
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationchr4:22447960..22454500
RNA-Seq ExpressionCsaV3_4G031880
SyntenyCsaV3_4G031880
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008465435.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis melo]3.0e-19798.09Show/hide
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A0A1S3CPA3 serine/arginine-rich splicing factor SR451.4e-19798.09Show/hide
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A0A6J1C2C4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X12.5e-18192.77Show/hide
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A0A6J1FEP9 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like1.0e-17991.89Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q15287 RNA-binding protein with serine-rich domain 11.2e-1843.02Show/hide
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDS
          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 18.0e-2044.19Show/hide
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        +R RRS  SGS+SSSRSRS S S S S S S S S S S S S SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR      KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDS
          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B5.2e-1943.41Show/hide
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        ++ RRS  SGS+SSSRSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR      KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDS
          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q5XG24 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-A8.9e-1943.02Show/hide
Query:  SRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRPSPPPAKRSSPPPRKPSPVR
        ++ RRS  SGS+SSS SR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR      KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R   + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDS
          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR452.2e-11067.91Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R P PPP+K +S P
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Query:  PRKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
         +K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
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Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    S
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Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR+
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR

Query:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        +  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 451.6e-11167.91Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R P PPP+K +S P
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Query:  PRKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
         +K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
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Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    S
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Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR+
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR

Query:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        +  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.2 arginine/serine-rich 451.5e-10967.29Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSR-PSPPPAKRSSPP
        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R P PPP+K +S P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSR-PSPPPAKRSSPP

Query:  PRKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
         +K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
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Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPL
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   R+    PR +  SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    SP 
Subjt:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPL

Query:  ARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV-
         RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR++ 
Subjt:  ARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV-

Query:  -SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
         SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  -SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 452.5e-10966.14Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSR-PSPPPAKRSSPP
        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R P PPP+K +S P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSR-PSPPPAKRSSPP

Query:  PRKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
         +K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
Subjt:  PRKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT

Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP  RR   PPRRRPASP RG    S
Subjt:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPF-RRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS

Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSA
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+          G  G AGRRGRSSSYS+
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSA

Query:  SPSPRKVPRRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        SPSPR++PR++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  SPSPRKVPRRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGCTCAGCTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCATTCTCCGGCTCTGATTCCCGTTCCAGTTCCCGTTCGCGCTC
CAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCAGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGAGGTCTCGTCCTTCACCTCCTCCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAATCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTCAGTAATTTTGGTGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCC
TAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGACGCTGAAAAAGCCCAAGTGTACATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACAC
TGCCTCAAAGACAAAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGAAAACCTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCTCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGATTCTCCACGTCG
TCGTCCGGACTCTCCTCCACGCCGCCGCATAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGGGGTGGCCGTTCCCCATCGC
CTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGA
CGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCGCCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCGTTTTCACCACGGAGAGGTCG
GCCAGGCGCTGCCGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGTCCCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAA
GAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCACCTCGTAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCAGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGAGGTCTCGTCCTTCACCTCCTCCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAATCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTCAGTAATTTTGGTGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCC
TAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGACGCTGAAAAAGCCCAAGTGTACATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACAC
TGCCTCAAAGACAAAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGAAAACCTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCTCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGATTCTCCACGTCG
TCGTCCGGACTCTCCTCCACGCCGCCGCATAGAATCTCCTTTTCGTCGCGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGGGGTGGCCGTTCCCCATCGC
CTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGA
CGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCGCCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCGTTTTCACCACGGAGAGGTCG
GCCAGGCGCTGCCGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGTCCCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAA
GAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCACCTCGTAAGCCATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSASSSRSRSFSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRPSPPPAKRSSPPPRKPSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDM
KRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPDSPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPR
RARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP