CuGenDBv2

Gene ID	Cucsat.G12426
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	ctg1837:2247763..2250149
RNA-Seq Expression	Cucsat.G12426
Synteny	Cucsat.G12426
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

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SwissProt top hits

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Q40106 Tubulin beta-2 chain

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Arabidopsis top hits

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AT2G29550.1 tubulin beta-7 chain

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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

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        WAKGHYTEGAELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
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Query:  VLDNEALYDICFRTLKLSTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMM
        VLDNEALYDICFRTLKL+TPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYR+LTVPELTQQMWD+KNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFLGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
        CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA+++  Y+++E GE
Subjt:  EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDDEYYDEDEVGE

Sequences

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CDS sequence

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TGGGGATTCTGATCTTCAACTTGACCGGATTAATGTATATTACAATGAAGCCAGTTGTGGACGGTTTGTTCCTCGTGCTGTGCTTATGGATCTTGAGCCTGGTGTTATGG
ATAGTATCAGATCTGGACCTTATGGTCAGGTTTTCAGACCTGATAACTTTGTTTTTGGTCAGTCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCTAAAGGTCATTACACCGAAGGTGCC
GAGCTTATTGATTCTGTTCTTGATGTTGTTCGTAAGGAGGCTGAGAACTGTGACTGCTTGCAAGGGTTTCAGGTGTGCCATTCTTTGGGAGGAGGGACTGGATCTGGAAT
GGGAACTCTTTTGATTTCCAAGATCAGAGAAGAGTACCCTGATAGAATGATGCTTACGTTCTCTGTTTTCCCATCTCCTAAAGTTTCTGATACTGTTGTTGAGCCTTACA
ACGCTACTCTCTCCGTTCATCAATTGGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTACTTGATAACGAGGCTCTCTACGATATTTGCTTCCGGACCTTGAAGCTCTCCACTCCA
AGCTTCGGTGATCTGAACCATCTGATTTCTGCGACTATGTCCGGTGTTACCTGCTGTTTGCGATTCCCGGGACAGCTCAACTCAGATCTTAGGAAGCTTGCTGTCAATCT
TATCCCATTCCCGCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCACTCACTTCCCGTGGATCTCAGCAATACAGAGCTCTTACAGTACCTGAGCTCACTCAACAAATGT
GGGATGCGAAGAACATGATGTGTGCTGCTGATCCAAGACATGGTCGGTATCTTACTGCCTCTGCTATGTTTAGGGGTAAGATGAGCACCAAGGAAGTTGATGAACAGATG
ATCAATGTTCAAAACAAGAACTCGTCATACTTTGTAGAATGGATCCCCAACAACGTGAAATCTACAGTTTGTGACATTCCTCCAACTGGGTTGAAAATGGCTTCCACTTT
CCTTGGGAACTCAACATCGATCCAAGAGATGTTTCGCCGTGTTAGTGAGCAGTTTACTGCTATGTTTAGGAGGAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAGGGTATGG
ATGAGATGGAGTTCACTGAGGCTGAAAGCAATATGAATGATTTGGTTTCTGAGTATCAGCAATATCAAGACGCTACGGCTGAAGATGATGAATACTACGATGAAGATGAA
GTTGGTGAACCTGATGACTGA

mRNA sequence

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ELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLSTP
SFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM
INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFLGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDDEYYDEDE
VGEPDD

Cucsat.G12426 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome