; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cucsat.G13040 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome

Gene IDCucsat.G13040
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
Descriptionprotein LOL1
Genome locationctg1838:9506667..9509675
RNA-Seq ExpressionCucsat.G13040
SyntenyCucsat.G13040
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_008465951.1 PREDICTED: protein LOL1 [Cucumis melo]1.13e-8975.66Show/hide
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XP_022952054.1 protein LOL1-like [Cucurbita moschata]3.23e-8974.07Show/hide
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XP_028762498.1 protein LOL1 isoform X2 [Prosopis alba]1.52e-8771.57Show/hide
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XP_038887483.1 protein LOL1 isoform X2 [Benincasa hispida]1.31e-8874.07Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEE4 Uncharacterized protein3.30e-9176.19Show/hide
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A0A1S3CQ35 protein LOL15.46e-9075.66Show/hide
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A0A6J1ET02 protein LOL11.50e-8773.02Show/hide
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A0A6J1GKN9 protein LOL1-like1.56e-8974.07Show/hide
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A0A6J1I7B6 protein LOL1-like1.09e-8773.68Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P94077 Protein LSD12.3e-3044.44Show/hide
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        Q QLVC GCRNLL+YP GA++V CA+CN +  VPPP     P P                                       +MA ++CGGC T+LMY 
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        RGA+SV+CSCC T NL    +NQVAH        ++CG+CR  LMY YGA SVKCAVC FVT+V MS   +
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Q0J7V9 Protein LSD12.0e-5866.13Show/hide
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        PVPLAPYPTPP P+T P N  QSQLVCSGCRNLL+YP GATSVCCAVC+ VTAVP P                                           
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          GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLA+EANQVAHV+CGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG S    DQK
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Q2QMB3 Protein LOL21.3e-3345.91Show/hide
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        QSQ+VC GCRN+LLYP GA SVCCAVC+AV++  P                                              G ++A L+CGGC TLLMY 
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        R ATSV+CSCC TVNL    + +AH++CG C+ +LMY YGA SVKCA+CNF+T+ GM+T
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Q6ASS2 Protein LOL37.5e-3446.58Show/hide
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        QSQ+VC GCR++L YP GA SVCCA+C A+T VPPP   +                                           EMA L+CGGC TLLMY 
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Query:  RGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGMSTSA
        R A +V+CSCC TVNL    N +AHVSCG CR  LMY YGA SVKCA+C+++T+ GM+T A
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Q93ZB1 Protein LOL13.6e-6066.15Show/hide
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        PVPLAPYPTPPAP   PS  T         QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                  
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                   GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG STS  D K
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32540.1 lsd one like 15.5e-5667.46Show/hide
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        S + QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                             GTEMAQLVCGGCHTL
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        LMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG STS  D K
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AT1G32540.2 lsd one like 12.5e-6166.15Show/hide
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        PVPLAPYPTPPAP   PS  T         QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                  
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                   GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG STS  D K
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AT1G32540.3 lsd one like 12.5e-6166.15Show/hide
Query:  PVPLAPYPTPPAPYTQPSNAT---------QSQLVCSGCRNLLLYPVGATSVCCAVCNAVTAVPPPGIFVLPLPFHHLARANAKFEISVGEFCCFLFRRK
        PVPLAPYPTPPAP   PS  T         QSQLVCSGCRNLL+YPVGATSVCCAVCNAVTAVPPP                                  
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Query:  IGSFSNFLCKTGTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHVSCGNCRMLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVGMSTSAIDQK
                   GTEMAQLVCGGCHTLLMYIRGATSVQCSCCHTVNLALEANQVAHV+CGNC MLLMYQYGARSVKCAVCNFVTSVG STS  D K
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AT4G20380.1 LSD1 zinc finger family protein1.6e-3144.44Show/hide
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        Q QLVC GCRNLL+YP GA++V CA+CN +  VPPP     P P                                       +MA ++CGGC T+LMY 
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        RGA+SV+CSCC T NL    +NQVAH        ++CG+CR  LMY YGA SVKCAVC FVT+V MS   +
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AT4G20380.2 LSD1 zinc finger family protein1.6e-3144.44Show/hide
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        Q QLVC GCRNLL+YP GA++V CA+CN +  VPPP     P P                                       +MA ++CGGC T+LMY 
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        RGA+SV+CSCC T NL    +NQVAH        ++CG+CR  LMY YGA SVKCAVC FVT+V MS   +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCACCAGTTCCTCTTGCTCCATATCCAACCCCTCCAGCTCCCTATACACAACCTTCTAATGCCACACAGAGCCAACTTGTGTGCTCAGGATGCAGAAACCTTTTACT
TTATCCTGTTGGGGCAACCTCTGTTTGCTGTGCTGTTTGTAATGCAGTTACTGCTGTACCGCCACCCGGTATATTTGTTCTTCCTCTTCCTTTTCACCATCTAGCTCGTG
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCCACCAGTTCCTCTTGCTCCATATCCAACCCCTCCAGCTCCCTATACACAACCTTCTAATGCCACACAGAGCCAACTTGTGTGCTCAGGATGCAGAAACCTTTTACT
TTATCCTGTTGGGGCAACCTCTGTTTGCTGTGCTGTTTGTAATGCAGTTACTGCTGTACCGCCACCCGGTATATTTGTTCTTCCTCTTCCTTTTCACCATCTAGCTCGTG
CCAATGCTAAATTTGAAATTTCTGTTGGAGAATTCTGTTGTTTTTTGTTTAGAAGAAAGATTGGAAGTTTTAGTAACTTTTTGTGTAAAACAGGCACAGAAATGGCACAA
TTGGTGTGTGGAGGCTGCCACACTCTTCTCATGTACATCCGTGGTGCCACGAGTGTCCAATGTTCTTGTTGCCACACTGTCAACTTAGCTTTGGAAGCGAATCAGGTGGC
GCACGTTAGCTGCGGGAACTGCAGGATGCTACTGATGTATCAATATGGAGCACGATCAGTGAAATGTGCAGTATGCAATTTTGTAACATCAGTTGGGATGTCAACGAGTG
CAATCGATCAAAAAGCATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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