; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cucsat.G13500 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome

Gene IDCucsat.G13500
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22A
Genome locationctg1838:7789172..7793731
RNA-Seq ExpressionCucsat.G13500
SyntenyCucsat.G13500
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]6.96e-132100Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]1.43e-12595.83Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]2.65e-12695.83Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]5.31e-12494.79Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.35e-12495.31Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein3.37e-132100Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A6.91e-12695.83Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.28e-12695.83Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.57e-12494.79Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like8.02e-12393.75Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.7e-7374.88Show/hide
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        NG+K+RRRSRS
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.1e-6172.31Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.3e-6170.47Show/hide
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ233.5e-5564.73Show/hide
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Query:  EEIPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.2e-7275.96Show/hide
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        KD RRSRS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.2e-5564.5Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR            G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRSV+P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.2e-5564.5Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR            G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRSV+P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein2.2e-7375.96Show/hide
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        KD RRSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.2e-7474.88Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.2e-7474.88Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R           GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANG
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        NG+K+RRRSRS
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGCGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCCCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCC
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TAAAGGACCGGCGCCGGAGCAGGAGCTGA
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ATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
CCCAGGTTATGCCTTCATAGATTTCGACGACCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCCGGTGGATCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGCCGTTTACGT
GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGCGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCCCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCC
CCGTGGAAGATCTCCAAGACGTCGCAGTGTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGATACCTTATGCCAACGGAAATGGCA
TAAAGGACCGGCGCCGGAGCAGGAGCTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGGGGRGGGGRGRSGGSDLKCYECGEPGHFARECRLR
GGGGGGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSVSPRGRSFSRSPPYRGREEIPYANGNGIKDRRRSRS